图7.7一个12个含有残基的多肽链的(a)二维和(b)三维H-P模型表示。疏水 残基表示为黑色,极性残基表示为白色。 H-P模型是根据疏水残基之间的接触来进行打分的。为了评价H-P模型中一个特定的构 象,我们要计算出网格中疏水残基H和H接触的数目。在这里,除了多肽链一级结构中相 邻的H和H接触外(由于多肽链一级结构中相邻的H和H接触在每一个可能的构象中都存 在,因此,为了简单起见,这些H和H接触就被去除),其它每一个H和H的接触对能量 的贡献都设为—1。最优的构象就是所有可能的构象中具有最多H和H接触的那个构象。 般来说,要获得最大的H和H接触的数目通常需要先形成一个疏水核心,这个疏水核心必 须含有尽可能多的H残基,同时要将P残基转移至多肽链的表面。图77中的二维和三维构 象的得分都是一3。有了网格模型及构象能量计算方法,下一个任务就是搜索能量全局最小 的构象。在设计搜索算法时,一个主要问题就是如何表示一个特定的构象。一个最简单的方 法就是将第一个残基放在网格的(0,0)或(0,0,0)格点上,然后描述前面一个残基到 下一个残基的移动方向。二维模型运用这种绝对方向表示法时,每一个位置上可选择的方向 包括上、右、左和下(U、R、L、D):而对于三维模型,每一个位置上可选择的方向包括 上、右、左、下、后和前(U、R、L、D、B、F)。通过这种绝对方向表示法,可以将图 77中的二维构象表示成(R,R,D,L,D,L,U,L,U,U,R),而图77中的三维构 象可以表示成(R,B,U,F,L,U,R,B,L,L,F)。相对方向表示法则利用每个氨 基酸残基主链的转动方向来表示每个位置上的残基的方向,这种表示方法能够减少每个位置 上可选择的方向数。这种情况下,对一个二维正方形的网格模型,第二个残基以后的每个残 基位置上可选择的方向有三个,左、右和前(通常表示为L、R和F):对一个三维正方体 的网格模型,每个残基位置上可选择的方向有左、右、前、上和下(L、R、F、U、D)。 在这种表示方法中,我们不但要清楚当前的位置,同时还要清楚当前残基“面对”的方向。对 于二维模型,第一个残基位于网格的(0,0)位上,它所面对的方向为右。也就是说,如果 第一个移动方向是F,那么第二个残基就应该位于网格的(1,0)位上。因此,图77中的H-P 模型是根据疏水残基之间的接触来进行打分的。为了评价 H-P 模型中一个特定的构 象，我们要计算出网格中疏水残基 H 和 H 接触的数目。在这里，除了多肽链一级结构中相 邻的 H 和 H 接触外（由于多肽链一级结构中相邻的 H 和 H 接触在每一个可能的构象中都存 在，因此，为了简单起见，这些 H 和 H 接触就被去除），其它每一个 H 和 H 的接触对能量 的贡献都设为－1。最优的构象就是所有可能的构象中具有最多 H 和 H 接触的那个构象。一 般来说，要获得最大的 H 和 H 接触的数目通常需要先形成一个疏水核心，这个疏水核心必 须含有尽可能多的 H 残基，同时要将 P 残基转移至多肽链的表面。图 7.7 中的二维和三维构 象的得分都是－3。有了网格模型及构象能量计算方法，下一个任务就是搜索能量全局最小 的构象。在设计搜索算法时，一个主要问题就是如何表示一个特定的构象。一个最简单的方 法就是将第一个残基放在网格的（0，0）或（0，0，0）格点上，然后描述前面一个残基到 下一个残基的移动方向。二维模型运用这种绝对方向表示法时，每一个位置上可选择的方向 包括上、右、左和下（U、R、L、D）；而对于三维模型，每一个位置上可选择的方向包括 上、右、左、下、后和前（U、R、L、D、B、F）。通过这种绝对方向表示法，可以将图 7.7 中的二维构象表示成（R，R，D，L，D，L，U，L，U，U，R），而图 7.7 中的三维构 象可以表示成（R，B，U，F，L，U，R，B，L，L，F）。相对方向表示法则利用每个氨 基酸残基主链的转动方向来表示每个位置上的残基的方向，这种表示方法能够减少每个位置 上可选择的方向数。这种情况下，对一个二维正方形的网格模型，第二个残基以后的每个残 基位置上可选择的方向有三个，左、右和前（通常表示为 L、R 和 F）；对一个三维正方体 的网格模型，每个残基位置上可选择的方向有左、右、前、上和下（L、R、F、U、D）。 在这种表示方法中，我们不但要清楚当前的位置，同时还要清楚当前残基“面对”的方向。对 于二维模型，第一个残基位于网格的（0，0）位上，它所面对的方向为右。也就是说，如果 第一个移动方向是 F，那么第二个残基就应该位于网格的（1，0）位上。因此，图 7.7 中的