SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列,序列提交可以在其Web页面上完成。 SWISS-PROT的网址是:http://www.ebi.ac.uk/swissprot/. 3. PROSITE PR0SITE数据库收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式,并能根据这些位点和模式快速和可靠 地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下,某个蛋白质与已知功能蛋白 质的整体序列相似性很低,但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式,这样就可能通过 PROSITE 的搜索找到隐含的功能 motif,因此是序列分析的有效工具。 PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点 配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等:除了 序列模式之外, PROSITE还包括由多序列比对构建的 profile,能更敏感地发现序列与 profile的相似性。 R0SITE的主页上提供各种相关检索服务。 PROSITE的网址是:htp://w. expasy.ch/ prosite/。 4. PDB 蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库,由美国 Brookhaven国家实验室建立 PDB收集的数据来源于X光晶体衍射和核磁共振(NMR)的数据,经过整理和确认后存档而成。目前PDB数据 库的维护由结构生物信息学研究合作组织(RCSB)负责。RCSB的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据 库的检索和下载服务,以及关于PDB数据文件格式和其它文档的说明,PDB数据还可以从发行的光盘获得 使用 Rasmol等软件可以在计算机上按PDB文件显示生物大分子的三维结构 RCSB的PDB数据库网址是http://www.rcsb.org/pdb/o 蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了己知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次:家族,描 述相近的进化关系:超家族,描述远源的进化关系:折叠子(fold),描述空间几何结构的关系;折叠类, 所有折叠子被归于全a、全β、a/B、q+β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的 ASTRAIL序列库,这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外,SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列 库,通过与这个库中序列的两两比对,可以找到与未知结构序列远缘的己知结构序列。 SCOP的网址是:http://scop.mrc-imb.camac.uk/scop/. 蛋白质直系同源簇(0Gs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白,根据系统进化 关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用 COGNITOR程序,可以把某个蛋白质与所有CoGs中的蛋白质进行比对,并把它归入适当的COG簇。COG库提 供了对CG分类数据的检索和査询,基于Web的c0 GNITOR服务,系统进化模式的查询服务等 CG库的网址是:http://www.ncbinlmnihgov/cog-. 下载CG库和 OGNITOR程序在:ftp://ncbi,nlm,nih,gov/pub/OGSWISS-PROT 只接受直接测序获得的蛋白质序列，序列提交可以在其 Web 页面上完成。 SWISS-PROT的网址是： http://www.ebi.ac.uk/swissprot/ 。 3. PROSITE PROSITE 数据库收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠 地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白 质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过 PROSITE 的搜索找到隐含的功能 motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE 中涉及的序列模式包括酶的催化位点、 配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；除了 序列模式之外，PROSITE 还包括由多序列比对构建的 profile，能更敏感地发现序列与 profile 的相似性。 PROSITE 的主页上提供各种相关检索服务。 PROSITE的网址是： http://www.expasy.ch/prosite/ 。 4. PDB 蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，由美国 Brookhaven 国家实验室建立。 PDB 收集的数据来源于 X 光晶体衍射和核磁共振(NMR)的数据，经过整理和确认后存档而成。目前 PDB 数据 库的维护由结构生物信息学研究合作组织(RCSB)负责。RCSB 的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据 库的检索和下载服务，以及关于 PDB 数据文件格式和其它文档的说明，PDB 数据还可以从发行的光盘获得。 使用 Rasmol 等软件可以在计算机上按 PDB 文件显示生物大分子的三维结构。 RCSB的PDB数据库网址是： http://www.rcsb.org/pdb/ 。 5. SCOP 蛋白质结构分类 (SCOP) 数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次：家族，描 述相近的进化关系；超家族，描述远源的进化关系；折叠子 (fold) ，描述空间几何结构的关系；折叠类， 所有折叠子被归于全 α、全 β、α / β、α＋β 和多结构域等几个大类。 SCOP 还提供一个非冗余的 ASTRAIL 序列库，这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外， SCOP 还提供一个 PDB-ISL 中介序列 库，通过与这个库中序列的两两比对，可以找到与未知结构序列远缘的已知结构序列。 SCOP 的网址是： http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ 。 6. COG 蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的 21 个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化 关系分类构建而成。COG 库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用 COGNITOR 程序，可以把某个蛋白质与所有 COGs 中的蛋白质进行比对，并把它归入适当的 COG 簇。COG 库提 供了对 COG 分类数据的检索和查询，基于 Web 的 COGNITOR 服务，系统进化模式的查询服务等。 COG库的网址是： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG 。 下载COG库和COGNITOR程序在： ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG