33功能数据库 1. KEGG 京都基因和基因组百科全书(KEG)是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库。基因组信 息存储在 GENES数据库里,包括完整和部分测序的基因组序列:更高级的功能信息存储在 PATHWAY数据库 里,包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期,还包括同系保守的子通路等信息 KEGG的另一个数据库是 LIGANI,包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。KEGG提供了Java的图形工 具来访问基因组图谱,比较基因组图谱和操作表达图谱,以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具, 可以免费获取 KEG的网址是http://www.genomead.jp/kegg/o 2. DIP 相互作用的蛋白质数据库OIP)收集了由实验验证的蛋白质一蛋白质相互作用。数据库包括蛋白质的信息、 相互作用的信息和检测相互作用的实验技术三个部分。用户可以根据蛋白质、生物物种、蛋白质超家族 关键词、实验技术或引用文献来查询DIP数据库 DIP的网址是http://dip.doe-mbi.uclaedu 3. ASDB 可变剪接数据库(ASDB)包括蛋白质库和核酸库两部分。ASDB(蛋白质)部分来源于 SWISS-PROT蛋白质序列 库,通过选取有可变剪接注释的序列,搜索相关可变剪接的序列,经过序列比对、筛选和分类构建而成 ASDB(核酸)部分来自 Genbank中提及和注释的可变剪接的完整基因构成。数据库提供了方便的搜索服务 ASDB的网址是http://cbcg.nersc.gov/asdb. 4. TRRD 转录调控区数据库(TRRD)是在不断积累的真核生物基因调控区结构一功能特性信息基础上构建的。每一个 TR的条目里包含特定基因各种结构一功能特性:转录因子结合位点、启动子、增强子、静默子、以及基 因表达调控模式等。TRD包括五个相关的数据表: TRRDGENES(包含所有TRRD库基因的基本信息和调控单 元信息): TRRDSITES(包括调控因子结合位点的具体信息): TRRDFACTORS(包括TRD中与各个位点结合的调 控因子的具体信息): TRRDEXP(包括对基因表达模式的具体描述): TRRDBIB(包括所有注释涉及的参考文献) TRD主页提供了对这几个数据表的检索服务。 TRRD的网址是http://wwwmgs.bionetnscru/mgs/dbases/trrd4/. TRANSFAC数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的 profiles的数据库。由SITE GENE、 FACTOR、 CLASS、 MATRIX、 CELLS、 METHOD和 REFERENCE等数据表构成。此外,还有几个与 TRANSFAC 密切相关的扩展库: PATHODB库收集了可能导致病态的突变的转录因子和结合位点:S/ MART DB收集了与染 色体结构变化相关的蛋白因子和位点的信息: TRANSPATH库用于描述与转录因子调控相关的信号传递的网3.3 功能数据库 1. KEGG 京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。基因组信 息存储在 GENES 数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列；更高级的功能信息存储在 PATHWAY 数据库 里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息； KEGG 的另一个数据库是 LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。KEGG 提供了 Java 的图形工 具来访问基因组图谱，比较基因组图谱和操作表达图谱，以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具， 可以免费获取。 KEGG的网址是： http://www.genome.ad.jp/kegg/ 。 2. DIP 相互作用的蛋白质数据库(DIP)收集了由实验验证的蛋白质－蛋白质相互作用。数据库包括蛋白质的信息、 相互作用的信息和检测相互作用的实验技术三个部分。用户可以根据蛋白质、生物物种、蛋白质超家族、 关键词、实验技术或引用文献来查询 DIP 数据库。 DIP的网址是： http://dip.doe-mbi.ucla.edu/ 。 3. ASDB 可变剪接数据库(ASDB)包括蛋白质库和核酸库两部分。ASDB(蛋白质)部分来源于 SWISS-PROT 蛋白质序列 库，通过选取有可变剪接注释的序列，搜索相关可变剪接的序列，经过序列比对、筛选和分类构建而成。 ASDB(核酸)部分来自 Genbank 中提及和注释的可变剪接的完整基因构成。数据库提供了方便的搜索服务。 ASDB的网址是： http://cbcg.nersc.gov/asdb 。 4. TRRD 转录调控区数据库(TRRD)是在不断积累的真核生物基因调控区结构－功能特性信息基础上构建的。每一个 TRRD 的条目里包含特定基因各种结构－功能特性：转录因子结合位点、启动子、增强子、静默子、以及基 因表达调控模式等。TRRD 包括五个相关的数据表：TRRDGENES(包含所有 TRRD 库基因的基本信息和调控单 元信息)；TRRDSITES(包括调控因子结合位点的具体信息)；TRRDFACTORS(包括 TRRD 中与各个位点结合的调 控因子的具体信息)；TRRDEXP(包括对基因表达模式的具体描述)；TRRDBIB(包括所有注释涉及的参考文献)。 TRRD 主页提供了对这几个数据表的检索服务。 TRRD的网址是： http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ 。 5. TRANSFAC TRANSFAC 数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与 DNA 结合的 profiles 的数据库。由 SITE、 GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD 和 REFERENCE 等数据表构成。此外，还有几个与 TRANSFAC 密切相关的扩展库：PATHODB 库收集了可能导致病态的突变的转录因子和结合位点；S/MART DB 收集了与染 色体结构变化相关的蛋白因子和位点的信息；TRANSPATH 库用于描述与转录因子调控相关的信号传递的网