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第九章系统发育分析 页码,18/32 开发PAUP( Swofford,1997)的目的是为系统发育分析提供一个简单的,带有菜单界面的, 与平台无关的,拥有多种功能(包括进化树图)的程序。在苹果机( Maci tosh)上使用过 PAUP程序(版本3)的人对这个程序的菜单界面都会很熟悉,虽然这个版本已经不再发行了。 PAUP3.0只建立于MP相关的进化树及其分析功能;而PAUP4.0已经可以针对核苷酸数据进行 与距离方法和ML方法相关的分析功能,以及其它一些特色 获取和编译程序 在商业版本发行之前,现行的出版物中,有成打的分析使用了PAUP4.0测试版本(由原作者 通过 bl ueaonyx. si,edu提供)。菜单界面的测试版本已经在 Maci ntos68K、PRC计算机 和微软的视窗操作系统上编译通过。命令行版本已经在 Sun Sparc、 Supersparc、 DEC Al pha (0SF1和0 PENVMS)、SG(32位和64位)以及 linux上编译通过 初学的用户应该将其中一个菜单版本浏览一遍。在这些版本中也可以使用命令行,这样会使 得命令教程会变得容易一些。通常而言,命令都有缩写。比如,要执行启发式进化树搜索的 命令可以键入"hs[ earch](大小写不敏感;括弧内的字符为选项)。而且,因为文件在各 个平台之间都是可移植的,菜单版本可以用来测试数据文件。如果希望在一个很快的Unix机 器上跑一个分析程序,这个协议就显得非常重要。如果文件格式出错,菜单版本不仅仅报告 文件格式的错误,而且还会打开文件,将错误的地方高亮度显示 数据格式 PAUP使用一种称为NEⅫUS的数据格式,这种格式还可以被 MACCLADE程序使用,当然PAUP也可以 输入 PHYLIP,GCG-MSF,NBRF-PIR,HENG86数据格式以及文本比对(形如“{name}<tab or space>{same- I ength sequences}<ret>"的列表,以“;<ret>end"结束) Sequencher(基因密码有限公司)和 Sequi n程序可以输出NEⅪUS格式。其它格式的比对序列 ( CLUSTAL, FASTA,GDE等等)可以通过 ReadSeq程序将其转化为 NEXUS格式。如果使用 ReadSeq程序,必须为每个单独的序列(分类单元)设计一个不超过八个字符的名字,因为程 序会自动截取过长的名字。PAUP中的名字可以无限长,但是每一个名字必须唯一。比对块 比方说,就像MSF文件)可以由空格分开,作为更好的跟踪序列的位置。比对可以是连续 的,也可以是较差存取的。PAUP文件中可以在方括号中写明注解和注释(比方说,比对中基 本位置的标记)。PAP可以识别 I UPAC核苷酸的模糊密码,但是这些密码在进行距离和M分析 时被看作是丢失的数据 PAUP文件中的数据块可以包含附加的最优化信息,比如特征符和序列标签,丢失数据的定义 以及特征符集和特征符权重集的定义;其语法同PAUP3.0相同,并且可以通过帮助文档进行 交互式査询。一个PAUP文件还可以包含假定和进化树块。这些块的格式同 MACCLADE程序所使 用的格式基本相同,只有若干差异( Maddi son and maddi son,1992);举个例子, MACCLADE 不能识别空位模式,而空位模式在MP分析中将会把空位看作是附加的特征符状态 (FORMAT<Space>GAP= character <space> GAPMODE=newstate<space> other format options}:)。同样地,PAUP会忽略一些 MACCLADE数据选项。 在某些情况下,很南对数据进行手工格式化,这时就可以用菜单界面或者交互式的 MACCLADE 程序输出正确的格式文件。举个例子,可以通过PAUP菜单界面创建“假定集”。假定中可以 包含一个外围集团的说明规范、特定分类群的排除以及特征符,如果是M分析,还可以包含 特征符权重和特征符类型的说明规范。假定还可以存储为一个合适的格式文件;打开一个数 据文件的时候,就可以加载这个文件,或者,可以把注释粘贴到一个早先创建的文件中,以 避免在并发的通话中需要将其加载。 PAUP也可以读取 PHYLIP进化树的描述(从PHYL|P或者 CLUSTAL输出),其中所提供的数据将被 粘贴到一个 NEXUS文件中的一个PAUP格式( begin trees;<ret> utree tree name < space>{ tree descri pti on};< ret>end:)的进化树块中。但是,PAUP数据文件必须被激 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第九章系统发育分析.htm 2005-1-18ᓔথPAUP˄Swofford, 1997˅ⱘⳂⱘᰃЎ㋏㒳থ㚆ߚᵤᦤկϔϾㅔऩⱘˈᏺ᳝㦰ऩ⬠䴶ⱘˈ Ϣᑇৄ᮴݇ⱘˈᢹ᳝⾡ࡳ㛑˄ࣙᣀ䖯࣪˅ᷥⱘᑣDŽ㣍ᵰᴎ˄Macintosh˅ϞՓ⫼䖛 PAUPᑣ˄⠜ᴀ˅ⱘҎᇍ䖭Ͼᑣⱘ㦰ऩ⬠䴶䛑Ӯᕜ❳ᙝˈ㱑✊䖭Ͼ⠜ᴀᏆ㒣ϡݡথ㸠њDŽ PAUP 3.0াᓎゟѢMPⳌ݇ⱘ䖯࣪ᷥঞ݊ߚᵤࡳ㛑˗㗠PAUP 4.0Ꮖ㒣ৃҹ䩜ᇍḌ㣋䝌᭄䖯㸠 Ϣ䎱⾏ᮍ⊩MLᮍ⊩Ⳍ݇ⱘߚᵤࡳ㛑ˈҹঞ݊ᅗϔѯ⡍㡆DŽ 㦋প㓪䆥ᑣ ଚϮ⠜ᴀথ㸠Пࠡˈ⦄㸠ⱘߎ⠜⠽Ёˈ᳝៤ᠧⱘߚᵤՓ⫼њPAUP 4.0⌟䆩⠜ᴀ˄⬅ॳ㗙 䗮䖛 blue@onyx.si.eduᦤկ˅DŽ㦰ऩ⬠䴶ⱘ⌟䆩⠜ᴀᏆ㒣Macintosh 68K ǃPRC 䅵ㅫᴎ ᖂ䕃ⱘ㾚に᪡㋏㒳Ϟ㓪䆥䗮䖛DŽੑҸ㸠⠜ᴀᏆ㒣Sun SparcǃSupersparcǃDEC Alpha ˄OSF1OPENVMS˅ǃSGI˄32ԡ64ԡ˅ҹঞlinuxϞ㓪䆥䗮䖛DŽ ߱ᄺⱘ⫼᠋ᑨ䆹ᇚ݊ЁϔϾ㦰ऩ⠜ᴀ⌣㾜ϔ䘡DŽ䖭ѯ⠜ᴀЁгৃҹՓ⫼ੑҸ㸠ˈ䖭ḋӮՓ ᕫੑҸᬭӮবᕫᆍᯧϔѯDŽ䗮ᐌ㗠㿔ˈੑҸ䛑᳝㓽ݭDŽ↨བˈ㽕ᠻ㸠ਃথᓣ䖯࣪᧰ᷥ㋶ⱘ ੑҸৃҹ䬂ܹ“hs[earch]”˄ᇣݭϡᬣᛳ˗ᣀᓻݙⱘᄫヺЎ䗝乍˅DŽ㗠ϨˈЎ᭛ӊ ϾᑇৄП䯈䛑ᰃৃ⿏ỡⱘˈ㦰ऩ⠜ᴀৃҹ⫼ᴹ⌟䆩᭄᭛ӊDŽབᵰᏠᳯϔϾᕜᖿⱘUnixᴎ ఼Ϟ䎥ϔϾߚᵤᑣˈ䖭Ͼण䆂ህᰒᕫ䴲ᐌ䞡㽕DŽབᵰ᭛ӊḐᓣߎ䫭ˈ㦰ऩ⠜ᴀϡҙҙਞ ᭛ӊḐᓣⱘ䫭䇃ˈ㗠Ϩ䖬Ӯᠧᓔ᭛ӊˈᇚ䫭䇃ⱘഄᮍ催҂ᑺᰒ⼎DŽ ᭄Ḑᓣ PAUPՓ⫼ϔ⾡⿄ЎNEXUSⱘ᭄Ḑᓣˈ䖭⾡Ḑᓣ䖬ৃҹ㹿MACCLADEᑣՓ⫼ˈᔧ✊PAUPгৃҹ 䕧ܹPHYLIP, GCG-MSF, NBRF-PIR, HENNIG86᭄Ḑᓣҹঞ᭛ᴀ↨ᇍ˄ᔶབ“{ name } <tab or space> { same-length sequences } <ret>”ⱘ߫㸼ˈҹ“;<ret> end”㒧ᴳ˅DŽ Sequencher˄ᆚⷕ᳝䰤݀ৌ˅Sequinᑣৃҹ䕧ߎNEXUSḐᓣDŽ݊ᅗḐᓣⱘ↨ᇍᑣ߫ ˄CLUSTAL, FASTA, GDEㄝㄝ˅ৃҹ䗮䖛ReadSeqᑣᇚ݊䕀࣪ЎNEXUSḐᓣDŽབᵰՓ⫼ ReadSeqᑣˈᖙ乏Ў↣Ͼऩ⣀ⱘᑣ߫˄ߚ㉏ऩܗ˅䆒䅵ϔϾϡ䍙䖛ܿϾᄫヺⱘৡᄫˈЎ ᑣӮ㞾ࡼপ䖛䭓ⱘৡᄫDŽPAUPЁⱘৡᄫৃҹ᮴䰤䭓ˈԚᰃ↣ϔϾৡᄫᖙ乏ଃϔDŽ↨ᇍഫ ˄↨ᮍ䇈ˈህڣMSF᭛ӊ˅ৃҹ⬅ぎḐߚᓔˈЎདⱘ䎳䏾ᑣ߫ⱘԡ㕂DŽ↨ᇍৃҹᰃ䖲㓁 ⱘˈгৃҹᰃ䕗ᏂᄬপⱘDŽPAUP᭛ӊЁৃҹᮍᣀোЁݭ⊼ᯢ㾷⊼䞞˄↨ᮍ䇈ˈ↨ᇍЁ ᴀԡ㕂ⱘᷛ䆄˅DŽPAUPৃҹ䆚߿IUPACḌ㣋䝌ⱘ㊞ᆚⷕˈԚᰃ䖭ѯᆚⷕ䖯㸠䎱⾏MLߚᵤ ᯊ㹿ⳟᰃ϶༅ⱘ᭄DŽ PAUP᭛ӊЁⱘ᭄ഫৃҹࣙ䰘ࡴⱘ᳔Ӭֵ࣪ᙃˈ↨བ⡍ᕕヺᑣ߫ᷛㅒˈ϶༅᭄ⱘᅮН ҹঞ⡍ᕕヺ䲚⡍ᕕヺᴗ䞡䲚ⱘᅮН˗݊䇁⊩ৠPAUP 3.0ⳌৠˈᑊϨৃҹ䗮䖛ᐂࡽ᭛ḷ䖯㸠 ѸѦᓣᶹ䆶DŽϔϾPAUP᭛ӊ䖬ৃҹࣙ؛ᅮ䖯࣪ᷥഫDŽ䖭ѯഫⱘḐᓣৠMACCLADEᑣ᠔Փ ⫼ⱘḐᓣᴀⳌৠˈা᳝㢹ᑆᏂᓖ˄Maddison and Maddison, 1992˅˗ВϾ՟ᄤˈMACCLADE ϡ㛑䆚߿ぎԡᓣˈ㗠ぎԡᓣMPߚᵤЁᇚӮᡞぎԡⳟᰃ䰘ࡴⱘ⡍ᕕヺ⢊ᗕ ˄FORMAT<space>GAP= { character } <space> GAPMODE=newstate<space> { other format options };˅DŽৠḋഄˈPAUPӮᗑ⬹ϔѯMACCLADE᭄䗝乍DŽ ᶤѯᚙމϟˈᕜफᇍ᭄䖯㸠ᎹḐᓣ࣪ˈ䖭ᯊህৃҹ⫼㦰ऩ⬠䴶㗙ѸѦᓣⱘMACCLADE ᑣ䕧ߎℷ⹂ⱘḐᓣ᭛ӊDŽВϾ՟ᄤˈৃҹ䗮䖛PAUP㦰ऩ⬠䴶߯ᓎĀ؛ᅮ䲚āDŽ؛ᅮЁৃҹ ࣙϔϾೈ䲚ಶⱘ䇈ᯢ㾘㣗ǃ⡍ᅮߚ㉏㕸ⱘᥦ䰸ҹঞ⡍ᕕヺˈབᵰᰃMPߚᵤˈ䖬ৃҹࣙ ⡍ᕕヺᴗ䞡⡍ᕕヺ㉏ൟⱘ䇈ᯢ㾘㣗DŽ؛ᅮ䖬ৃҹᄬټЎϔϾড়䗖ⱘḐᓣ᭛ӊ˗ᠧᓔϔϾ᭄ ᭛ӊⱘᯊˈህৃҹࡴ䕑䖭Ͼ᭛ӊˈ㗙ˈৃҹᡞ⊼䞞㉬䌈ࠄϔϾᮽܜ߯ᓎⱘ᭛ӊЁˈҹ 䙓ܡᑊথⱘ䗮䆱Ё䳔㽕ᇚ݊ࡴ䕑DŽ PAUPгৃҹ䇏পPHYLIP䖯࣪ᷥⱘᦣ䗄˄ҢPHYLIP㗙CLUSTAL䕧ߎ݊ˈ˅Ё᠔ᦤկⱘ᭄ᇚ㹿 ㉬䌈ࠄϔϾNEXUS᭛ӊЁⱘϔϾPAUPḐᓣ˄begin trees; <ret>utree= { tree name } <space> { tree description };<ret>end;˅ⱘ䖯࣪ᷥഫЁDŽԚᰃˈPAUP᭄᭛ӊᖙ乏㹿▔ бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ 义ⷕˈ18/32 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com