第九章系统发育分析 页码,19/32 活,并且在 PHYLIP树中必须包含确切的分类群。PAUP会输入拓扑结构,以及优化的 PHYLIP&#0:或者 CLUSTAL&#0:衍生的树枝长度(命令为: gett[ trees]/fie i treefile) st[ oredbrlens ] 建立进化树 目前PAUP中的进化树建立功能包括MP方法,如果是针对核苷酸序列,还有距离方法以及ML方 法,使用的是 fast DNAm算法(0 i sen et al.,1994)。而且,PAUP执行Lake′s不变式方法 ( Swofford et al.,1996a;Li,1997)。每一种建树程序都允许使用多种的选项。M选项 包括任意特征符权重方案的说明规范。距离选项包括对№,ME,FM(见PAUP发行附注re: PHYLIP)和 UPGMA程序的选择。全范围的选项和他们的当前树枝可以通过菜单或者命令行进行 查询(节约方法键入:pse[ ttings]?;距离方法键入:dse[ ttings]?;似然方法键 入:Ise[ ttings]?;)。距离方法和M方法都有关于取代模型的详细的说明规范(取代 数值, gamma,以及不变位点的参数,假定相等,或者指定数值,或者经验的碱基频率)。任 何进化树的这些参数都可以得到评估,只要设置参数数值为“est[ i mate]”,并且用内存 中一个期望使用的进化树执行“des[ cri be tree”命令(图9.7)。 根据同PAUP4.0测试版本一起发行的附注所说的,“PAUP*所找到的进化树的似然值通常都会 同 PHYLIP的一样高甚至更高[也就是说,更加女 (这不仅是因为PAUP对进化树进行重新 排布时更加广泛,而且也是因为因为它对树枝长度的迭代的收敛标准更加严格)。 不管使用哪一种建树方法,PAUP都提供了多种的进化树搜索选项。这些选项包括产生初始进 化树(启动进化树)的算法规范:NJ,逐步相加,或者输入进化树。逐步相加的算法也提供 大量的选项,包括分类群“原态”的加和(分类群按照文件顺序相加):最接近的,最遥远 的,或者对任意数目的复制品都是随机的。所有逐步相加算法的选项都考虑到了部分进化树 的任意的最大数目,这些部分进化树是要保留下来并且在分类单元相加时进行扩建的。增大 这个数目(比方说,增大到100)也就意味着增大了起始拓扑结构的多样性,即使他们并不是 随机的。 一个随机的相加策略是默认的搜索策略的有用的补充(最近的相加,TBR交换,保存所有最好 的进化树)。在随机搜索中,有大量的复制品可以同较快的N交换算法相结合。对于MP分 析,可能存在这大量的长度相等的进化树,因此搜索时应该指定从每一个复制品中只保有 部分进化树,这些进化树同较慢的搜索的分值相当或者更好。而且,次优化的进化树的数目 (这些进化树将会被交换,以寻找更好的进化树)应该受到限制,可以通过设定 MAXTREES将 其降至一个较小的数目(比方说,10)。通过这个策略,我们在浏览“进化树空间”区域时 (这些区域很可能在较慢的搜索中被丢失),有时候会找到一些较好的进化树或者找到额外 的唯一的最优化的进化树。可以指定随机相加的种子,但是默认值总是一样的。因此,除非 更换种子,重复随机相加的搜索只能得到同样的结果 评估进化树 对于距离方法、MP方法和ML方法,PAUP执行无参数的自引导方法和对折方法,在执行过程中 用到了这些建树方法的所有可用的选项。除非另外指定,所有的自引导方法都才能够同样的 种子开始(也就是说,重复同样的自引导分析,其结果相同)。如果自引导数值大于50%,则 数值将会被绘制在进化树上;如果自引导数值处于50%和任何指定的下界之间,则这些数值将 从表格输出中决定。 MP方法进行自引导分析或者对折分析时, MAXTREES应该设为10和不超过100之间的一个数。 这时因为,M进化树中分解性较差的那部分在用重新取样得到的数据进行操作时,其分解性 通常会更差;因此,一个复制品所找到的相同长度的进化树的数目很可能是一个天文数字 因为那些并不能够被全套数据集很好地支持的进化树树枝的自引导数值或者对折数值不会很 高,所以,对 MAXTREES加以限制(即便是有一些)不会对结果带来多少负荷,尤其是当复制 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第九章系统发育分析.htm 2005-1-18⌏ˈᑊϨ೼PHYLIPᷥЁᖙ乏ࣙ⹂৿ߛⱘߚ㉏㕸DŽPAUPӮ䕧ܹᢧᠥ㒧ᵘˈҹঞӬ࣪ⱘ PHYLIP�៪㗙CLUSTAL�㸡⫳ⱘᷥᵱ䭓ᑺ˄ੑҸЎ˖gett[ trees ] /file- { treefile } st [ oredbrlens ]˅DŽ ᷥ࣪ᓎゟ䖯 ⳂࠡPAUPЁⱘ䖯࣪ᷥᓎゟࡳ㛑ࣙᣀMPᮍ⊩ˈབᵰᰃ䩜ᇍḌ㣋䝌ᑣ߫ˈ䖬᳝䎱⾏ᮍ⊩ҹঞMLᮍ ⊩ˈՓ⫼ⱘᰃfastDNAmlㅫ⊩˄Olsen et al., 1994˅DŽ㗠ϨˈPAUPᠻ㸠Lake’sϡবᓣᮍ⊩ ˄Swofford et al., 1996a; Li, 1997˅DŽ↣ϔ⾡ᓎᷥ⿟ᑣ䛑ܕ䆌Փ⫼໮⾡ⱘ䗝乍DŽMP䗝乍 ࣙᣀӏᛣ⡍ᕕヺᴗ䞡ᮍḜⱘ䇈ᯢ㾘㣗DŽ䎱⾏䗝乍ࣙᣀᇍNJ, ME, FM˄㾕PAUPথ㸠䰘⊼ re: PHYLIP˅੠UPGMA⿟ᑣⱘ䗝ᢽDŽܼ㣗ೈⱘ䗝乍੠ҪӀⱘᔧࠡᷥᵱৃҹ䗮䖛㦰ऩ៪㗙ੑҸ㸠䖯㸠 ᶹ䆶˄㡖㑺ᮍ⊩䬂ܹ˖pse [ ttings ] ?˗䎱⾏ᮍ⊩䬂ܹ˖dse [ ttings ] ?˗Ԑ✊ᮍ⊩䬂 ܹ˖lse [ ttings ] ?˗˅DŽ䎱⾏ᮍ⊩੠MLᮍ⊩䛑᳝݇Ѣপҷ῵ൟⱘ䆺㒚ⱘ䇈ᯢ㾘㣗˄পҷ ᭄ؐˈgamma, ҹঞϡবԡ⚍ⱘখ᭄ˈ؛ᅮⳌㄝˈ៪㗙ᣛᅮ᭄ؐˈ៪㗙㒣偠ⱘ⺅෎乥⥛˅DŽӏ ԩ䖯࣪ᷥⱘ䖭ѯখ᭄䛑ৃҹᕫࠄ䆘Ԅˈা㽕䆒㕂খ᭄᭄ؐЎ“est [ imate ]”, ᑊϨ⫼ݙᄬ ЁϔϾᳳᳯՓ⫼ⱘ䖯࣪ᷥᠻ㸠“des [ cribe tree ]”ੑҸ˄೒9.7˅DŽ ḍ᥂ৠPAUP 4.0⌟䆩⠜ᴀϔ䍋থ㸠ⱘ䰘⊼᠔䇈ⱘˈ“PAUP*᠔ᡒࠄⱘ䖯࣪ᷥⱘԐ✊ؐ䗮ᐌ䛑Ӯ ৠPHYLIPⱘϔḋ催⫮㟇᳈催[ гህᰃ䇈ˈ᳈ࡴད ]”˄䖭ϡҙᰃ಴ЎPAUPᇍ䖯࣪ᷥ䖯㸠䞡ᮄ ᥦᏗᯊ᳈ࡴᑓ⊯ˈ㗠Ϩгᰃ಴Ў಴Ўᅗᇍᷥᵱ䭓ᑺⱘ䗁ҷⱘᬊᬯᷛޚ᳈ࡴϹḐ˅DŽ ϡㅵՓ⫼ાϔ⾡ᓎᷥᮍ⊩ˈPAUP䛑ᦤկњ໮⾡ⱘ䖯࣪᧰ᷥ㋶䗝乍DŽ䖭ѯ䗝乍ࣙᣀѻ⫳߱ྟ䖯 ࣪˄ᷥਃࡼ䖯࣪˅ᷥⱘㅫ⊩㾘㣗˖NJ, 䗤ℹⳌࡴ៪ˈ㗙䕧ܹ䖯࣪ᷥDŽ䗤ℹⳌࡴⱘㅫ⊩гᦤկ ໻䞣ⱘ䗝乍ˈࣙᣀߚ㉏㕸Āॳᗕāⱘࡴ˄੠ߚ㉏㕸ᣝ✻᭛ӊ乎ᑣⳌࡴ᥹᳔˖˅䖥ⱘˈ᳔䘹䖰 ⱘˈ៪㗙ᇍӏᛣ᭄Ⳃⱘ໡ࠊક䛑ᰃ䱣ᴎⱘDŽ᠔᳝䗤ℹⳌࡴㅫ⊩ⱘ䗝乍䛑㗗㰥ࠄњ䚼ߚ䖯࣪ᷥ ⱘӏᛣⱘ᳔໻᭄Ⳃˈ䖭ѯ䚼ߚ䖯࣪ᷥᰃ㽕ֱ⬭ϟᴹᑊϨ೼ߚ㉏ऩܗⳌࡴᯊ䖯㸠ᠽᓎⱘDŽ๲໻ 䖭Ͼ᭄Ⳃ˄↨ᮍ䇈ˈ๲໻ࠄ100˅гህᛣੇⴔ๲໻њ䍋ྟᢧᠥ㒧ᵘⱘ໮ḋᗻˈेՓҪӀᑊϡᰃ 䱣ᴎⱘDŽ ϔϾ䱣ᴎⱘⳌࡴㄪ⬹ᰃ咬䅸ⱘ᧰㋶ㄪ⬹ⱘ᳝⫼ⱘ㸹ܙ᳔˄䖥ⱘⳌࡴˈTBRѸᤶˈֱᄬ᠔᳔᳝ད ⱘ䖯࣪˅ᷥDŽ೼䱣ᴎ᧰㋶Ёˈ᳝໻䞣ⱘ໡ࠊકৃҹৠ䕗ᖿⱘNNIѸᤶㅫ⊩Ⳍ㒧ড়DŽᇍѢMPߚ ᵤˈৃ㛑ᄬ೼䖭໻䞣ⱘ䭓ᑺⳌㄝⱘ䖯࣪಴ˈᷥℸ᧰㋶ᯊᑨ䆹ᣛᅮҢ↣ϔϾ໡ࠊકЁাֱᄬϔ 䚼ߚ䖯࣪ˈᷥ䖭ѯ䖯࣪ᷥৠ䕗᜶ⱘ᧰㋶ⱘߚؐⳌᔧ៪㗙᳈དDŽ㗠Ϩˈ⃵Ӭ࣪ⱘ䖯࣪ᷥⱘ᭄Ⳃ ˄䖭ѯ䖯࣪ᷥᇚӮ㹿Ѹᤶˈҹᇏᡒ᳈དⱘ䖯࣪˅ᷥᑨ䆹ফࠄ䰤ࠊৃˈҹ䗮䖛䆒ᅮMAXTREESᇚ ݊䰡㟇ϔϾ䕗ᇣⱘ᭄Ⳃ˄↨ᮍ䇈ˈ10˅DŽ䗮䖛䖭Ͼㄪ⬹ˈ៥Ӏ೼⌣㾜Ā䖯࣪ᷥぎ䯈āऎඳᯊ ˄䖭ѯऎඳᕜৃ㛑೼䕗᜶ⱘ᧰㋶Ё㹿϶༅˅ˈ᳝ᯊ׭Ӯᡒࠄϔѯ䕗དⱘ䖯࣪៪ᷥ㗙ᡒࠄ乱໪ ⱘଃϔⱘ᳔Ӭ࣪ⱘ䖯࣪ᷥDŽৃҹᣛᅮ䱣ᴎⳌࡴⱘ⾡ᄤˈԚᰃ咬䅸ؐᘏᰃϔḋⱘDŽ಴ℸˈ䰸䴲 ᳈ᤶ⾡ᄤˈ䞡໡䱣ᴎⳌࡴⱘ᧰㋶া㛑ᕫࠄৠḋⱘ㒧ᵰDŽ ᷥ࣪䆘Ԅ䖯 ᇍѢ䎱⾏ᮍ⊩ǃMPᮍ⊩੠MLᮍ⊩ˈPAUPᠻ㸠᮴খ᭄ⱘ㞾ᓩᇐᮍ⊩੠ᇍᡬᮍ⊩ˈ೼ᠻ㸠䖛⿟Ё ⫼ࠄњ䖭ѯᓎᷥᮍ⊩ⱘ᠔᳝ৃ⫼ⱘ䗝乍DŽ䰸䴲঺໪ᣛᅮˈ᠔᳝ⱘ㞾ᓩᇐᮍ⊩䛑ᠡ㛑໳ৠḋⱘ ⾡ᄤᓔྟ˄гህᰃ䇈ˈ䞡໡ৠḋⱘ㞾ᓩᇐߚᵤˈ݊㒧ᵰⳌৠ˅DŽབᵰ㞾ᓩᇐ᭄ؐ໻Ѣ50%ˈ߭ ᭄ؐᇚӮ㹿㒬ࠊ೼䖯࣪ᷥϞ˗བᵰ㞾ᓩᇐ᭄ؐ໘Ѣ50%੠ӏԩᣛᅮⱘϟ⬠П䯈ˈ߭䖭ѯ᭄ؐᇚ Ң㸼Ḑ䕧ߎЁއᅮDŽ ᇍMPᮍ⊩䖯㸠㞾ᓩᇐߚᵤ៪㗙ᇍᡬߚᵤᯊˈMAXTREESᑨ䆹䆒Ў10੠ϡ䍙䖛100П䯈ⱘϔϾ᭄DŽ 䖭ᯊ಴ЎˈMP䖯࣪ᷥЁߚ㾷ᗻ䕗Ꮒⱘ䙷䚼ߚ⫼೼䞡ᮄপḋᕫࠄⱘ᭄᥂䖯㸠᪡԰ᯊˈ݊ߚ㾷ᗻ 䗮ᐌӮ᳈Ꮒ˗಴ℸˈϔϾ໡ࠊક᠔ᡒࠄⱘⳌৠ䭓ᑺⱘ䖯࣪ᷥⱘ᭄Ⳃᕜৃ㛑ᰃϔϾ໽᭛᭄ᄫDŽ ಴Ў䙷ѯᑊϡ㛑໳㹿ܼ༫᭄᥂䲚ᕜདഄᬃᣕⱘ䖯࣪ᷥᷥᵱⱘ㞾ᓩᇐ᭄ؐ៪㗙ᇍᡬ᭄ؐϡӮᕜ 催ˈ᠔ҹˈᇍMAXTREESࡴҹ䰤ࠊ֓े˄ᰃ᳝ϔѯ˅ϡӮᇍ㒧ᵰᏺᴹ໮ᇥ䋳㥋ˈᇸ݊ᰃᔧ໡ࠊ ㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ 义ⷕˈ19/32 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com