第九章系统发育分析 页码,20/32 的数目增大到比方说1000的时候。 另外,PAUP执行 Ki shin&#0; Hasegawa实验以比较MP或者M进化树(见发行附注 PHYLIP);计算多个进化树的四种类型的一致性(通常是对多个长度相等的MP进化树进行操 作);计算MP进化树的逐步差异;评估指定分区之间的位点的信号冲突(比方说,在总和分 析中,核内序列数据和细胞器序列数据) 在PAUP中有不同的方法来确定一个约束进化树,但是最简单的方法是使用“oa[d constraints]”命令,从任何进化树文件或者任何数据文件中的进化树块中把一个或者多个 进化树的定义输入到约束进化树缓冲中去。选择约束进化树要限定“hs[ earch]”命令。如 果使用菜单,这个过程会很简单;也可以通过“ hel p Ioa[ constr]”和“ hel p hs [ earch]”命令查询命令行的语法。 其它特色 许多(但不是所有的)PAUP命令选项都是触发开关,因此在一次通话中一个已经设定的选项 保持激活状态。在执行一个新命令或者程序之前,特别是在执行一个包含很多不同程序和数 据集的复杂的会话之前,查询当前的设置是非常有用的;查询可以使用菜单,也可以在合适 的地方直接键入命令“{ command- name y< space>?”。 PAUP拥有一额外的附加的特色,在这里我们之涉及到其中的一部分:(1)、为画图、打印或 者将PCT文件进化树(包括PHYL|P或者 CLUSTAL进化树;见图9.1)输出为若干种格式(但 是,遗憾的是,不包括 RedrAw、 PHYLODENDR0N和 TREEVIEW的辐射图)的基本的图形特色; 2)、一个能够编辑数据文件和日志文件的文字编辑器,这个编辑器可以分成四个面板,以 浏览一个很长的比对或者日志的不同部分;(3)、将输出存入一个新的日志文件,或者将输 出附加到一个已经存在的文件中去;(4)、使用外围集团、指定的祖先、指定的祖先状态或 者中点方法确定进化树的树根;(5)、计算MP和M方法中特征符状态的重新构建(如果这个 程序使用ML,精确度可能会好一些,但是非常慢,而且对于超过100个不同位点和50个分类群 的数据集,几乎是不可实现的;输出结果可以被用来对一个进化树的变化进行手工标记); (6)、序列之间双重碱基差异的总和(现在叫做“二核苷酸频率”,当然以后的版本可能会 用其它名字) 其它程序 除了PAUP和 PHYLIP以外,还有其它一些系统发育程序,这些程序有一些独到之处,但是程序 在处理过程和可移植性方面通常都有很多限制。这些程序包括 FastDNAml, MACCLADE,MEGA pl us METREE, MOLPHY和PAML。 FastDNAml FastDNAml( ol sen et al.,1994)是一个独立的最大似然建树程序。虽然它还没有成为当前 版本的 PHYLIP软件包中的一员,但是它的输入输出约定同 PHYLIP在很大程度上都是相同的 而且 FastDNAm|和PHYL|P′ S DNAML的结果非常相似,甚至完全一样。 FastDNAm可以在并行处 理机上运行,而且它还自带了大量有用的脚本(尤其是关于自引导以及打乱序列输入顺序的 脚本)。要想充分利用这个程序,就必须有一定的Unix知识。 REP Web站点公布了Unix和 VAX/wMS平台的程序源码,而通过FTP可以获得 Power macintosh版本的程序源码(见本章结尾 的列表) MACCLADE MACCLADE( Maddi son and maddi son,1992)是一个交互式的 Maci tosh程序,能够对进化树 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第九章系统发育分析.htm 2005-1-18કⱘ᭄Ⳃ๲໻ࠄ↨ᮍ䇈1000ⱘᯊ׭DŽ ঺໪ˈPAUPᠻ㸠Kishino&#0;Hasegawaᅲ偠ҹ↨䕗MP៪㗙ML䖯࣪˄ᷥ㾕থ㸠䰘⊼ re: PHYLIP˅˗䅵ㅫ໮Ͼ䖯࣪ᷥⱘಯ⾡㉏ൟⱘϔ㟈ᗻ˄䗮ᐌᰃᇍ໮Ͼ䭓ᑺⳌㄝⱘMP䖯࣪ᷥ䖯㸠᪡ ԰˅˗䅵ㅫMP䖯࣪ᷥⱘ䗤ℹᏂᓖ˗䆘ԄᣛᅮߚऎП䯈ⱘԡ⚍ⱘֵোކさ˄↨ᮍ䇈ˈ೼ᘏ੠ߚ ᵤЁˈḌݙᑣ᭄߫᥂੠㒚㚲఼ᑣ᭄߫᥂˅DŽ ೼PAUPЁ᳝ϡৠⱘᮍ⊩ᴹ⹂ᅮϔϾ㑺ᴳ䖯࣪ˈᷥԚᰃ᳔ㅔऩⱘᮍ⊩ᰃՓ⫼“loa [ d constraints ]”ੑҸˈҢӏԩ䖯࣪ᷥ᭛ӊ៪㗙ӏԩ᭄᥂᭛ӊЁⱘ䖯࣪ᷥഫЁᡞϔϾ៪㗙໮Ͼ 䖯࣪ᷥⱘᅮН䕧ܹࠄ㑺ᴳ䖯࣪ᷥ㓧ކЁএDŽ䗝ᢽ㑺ᴳ䖯࣪ᷥ㽕䰤ᅮ“hs [earch ]”ੑҸDŽབ ᵰՓ⫼㦰ऩˈ䖭Ͼ䖛⿟Ӯᕜㅔऩ˗гৃҹ䗮䖛“help loa [ dconstr ]”੠“help hs [earch ]”ੑҸᶹ䆶ੑҸ㸠ⱘ䇁⊩DŽ ݊ᅗ⡍㡆 䆌໮˄Ԛϡᰃ᠔᳝ⱘ˅PAUPੑҸ䗝乍䛑ᰃ㾺থᓔ݇ˈ಴ℸ೼ϔ⃵䗮䆱ЁϔϾᏆ㒣䆒ᅮⱘ䗝乍 ֱᣕ▔⌏⢊ᗕDŽ೼ᠻ㸠ϔϾᮄੑҸ៪㗙⿟ᑣПࠡˈ⡍߿ᰃ೼ᠻ㸠ϔϾࣙ৿ᕜ໮ϡৠ⿟ᑣ੠᭄ ᥂䲚ⱘ໡ᴖⱘӮ䆱Пࠡˈᶹ䆶ᔧࠡⱘ䆒㕂ᰃ䴲ᐌ᳝⫼ⱘ˗ᶹ䆶ৃҹՓ⫼㦰ऩˈгৃҹ೼ড়䗖 ⱘഄᮍⳈ᥹䬂ܹੑҸ“{ command-name }<space>?”DŽ PAUPᢹ᳝ϔ乱໪ⱘ䰘ࡴⱘ⡍㡆ˈ೼䖭䞠៥ӀП⍝ঞࠄ݊Ёⱘϔ䚼ߚ˅˄˖ǃЎ⬏೒ǃᠧॄ៪ 㗙ᇚPICT᭛ӊ䖯࣪˄ᷥࣙᣀPHYLIP៪㗙CLUSTAL䖯࣪ ;ᷥ㾕೒9.1˅䕧ߎЎ㢹ᑆ⾡Ḑᓣ˄Ԛ ᰃˈ䘫ធⱘᰃˈϡࣙᣀTreeDrawǃPHYLODENDRON੠TREEVIEWⱘ䕤ᇘ೒˅ⱘ෎ᴀⱘ೒ᔶ⡍㡆˗ ˄˅ǃϔϾ㛑໳㓪䕥᭄᥂᭛ӊ੠᮹ᖫ᭛ӊⱘ᭛ᄫ㓪䕥఼ˈ䖭Ͼ㓪䕥఼ৃҹߚ៤ಯϾ䴶ᵓˈҹ ⌣㾜ϔϾᕜ䭓ⱘ↨ᇍ៪㗙᮹ᖫⱘϡৠ䚼ߚ˅˄˗ǃᇚ䕧ߎᄬܹϔϾᮄⱘ᮹ᖫ᭛ӊˈ៪㗙ᇚ䕧 ߎ䰘ࠄࡴϔϾᏆ㒣ᄬ೼ⱘ᭛ӊЁএ˗˄˅ǃՓ⫼໪ೈ䲚ಶǃᣛᅮⱘ⼪ܜǃᣛᅮⱘ⼪ܜ⢊ᗕ៪ 㗙Ё⚍ᮍ⊩⹂ᅮ䖯࣪ᷥⱘᷥḍ˗˄˅ǃ䅵ㅫMP੠MLᮍ⊩Ё⡍ᕕヺ⢊ᗕⱘ䞡ᮄᵘᓎ˄བᵰ䖭Ͼ ⿟ᑣՓ⫼MLˈ㊒⹂ᑺৃ㛑ӮདϔѯˈԚᰃ䴲ᐌ᜶ˈ㗠ϨᇍѢ䍙䖛100Ͼϡৠԡ⚍੠50Ͼߚ㉏㕸 ⱘ᭄᥂䲚ˈ޴Тᰃϡৃᅲ⦄ⱘ˗䕧ߎ㒧ᵰৃҹ㹿⫼ᴹᇍϔϾ䖯࣪ᷥⱘব࣪䖯㸠᠟Ꮉᷛ䆄˅˗ ˄˅ǃᑣ߫П䯈ঠ䞡⺅෎Ꮒᓖⱘᘏ੠˄⦄೼িخĀѠḌ㣋䝌乥⥛āˈᔧ✊ҹৢⱘ⠜ᴀৃ㛑Ӯ ⫼݊ᅗৡᄫ˅DŽ ݊ᅗ⿟ᑣ 䰸њPAUP੠PHYLIPҹ໪ˈ䖬᳝݊ᅗϔѯ㋏㒳থ㚆⿟ᑣˈ䖭ѯ⿟ᑣ᳝ϔѯ⣀ࠄП໘ˈԚᰃ⿟ᑣ ೼໘⧚䖛⿟੠ৃ⿏ỡᗻᮍ䴶䗮ᐌ䛑᳝ᕜ໮䰤ࠊDŽ䖭ѯ⿟ᑣࣙᣀFastDNAml, MACCLADE, MEGA plus METREE, MOLPHY੠PAMLDŽ FastDNAml FastDNAml˄Olsen et al., 1994˅ᰃϔϾ⣀ゟⱘ᳔໻Ԑ✊ᓎᷥ⿟ᑣDŽ㱑✊ᅗ䖬≵᳝៤Ўᔧࠡ ⠜ᴀⱘPHYLIP䕃ӊࣙЁⱘϔਬˈԚᰃᅗⱘ䕧ܹ䕧ߎ㑺ᅮৠPHYLIP೼ᕜ໻⿟ᑺϞ䛑ᰃⳌৠⱘˈ 㗠ϨFastDNAml੠PHYLIP’s DNAMLⱘ㒧ᵰ䴲ᐌⳌԐˈ⫮㟇ᅠܼϔḋDŽFastDNAmlৃҹ೼ᑊ㸠໘ ⧚ᴎϞ䖤㸠ˈ㗠Ϩᅗ䖬㞾ᏺњ໻䞣᳝⫼ⱘ㛮ᴀ˄ᇸ݊ᰃ݇Ѣ㞾ᓩᇐҹঞᠧхᑣ߫䕧ܹ乎ᑣⱘ 㛮ᴀ˅DŽ㽕ᛇ߽ߚܙ⫼䖭Ͼ⿟ᑣˈህᖙ乏᳝ϔᅮⱘUnixⶹ䆚DŽREP Webキ⚍݀ᏗњUnix੠ VAX/VMSᑇৄⱘ⿟ᑣ⑤ⷕˈ㗠䗮䖛FTPৃҹ㦋ᕫPower Macintosh⠜ᴀⱘ⿟ᑣ⑤ⷕ˄㾕ᴀゴ㒧ሒ ⱘ߫㸼˅DŽ MACCLADE MACCLADE˄Maddison and Maddison, 1992˅ᰃϔϾѸѦᓣⱘMacintosh⿟ᑣˈ㛑໳ᇍ䖯࣪ᷥ ㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ 义ⷕˈ20/32 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com