第九章系统发育分析 页码,21/32 和数据进行操作,能够研究特征符的系统发育行为。程序使用的是№EⅪUS格式,它也能够读取 PAUP格式的数据和进化树文件。PAUP文件中的一些信息会被 MACCLADE忽略(比如, gapmode, 空位模式),但是PAUP“假定”块中的信息将会被输入,其中包括特征符权重和特征符集以 及分类群集。PAUP和 MACCLADE文件仍然存在着一些细微的差别;因此,用 MACCLADE编辑PAUP 文件或者用PAUP编辑 MACCLADE文件时,需要将文件保存为一个新文件,从而保留原文件,使 之不被改动。 MACCLADE还可以读取 PHYLIP文件、NBRF-PR文件以及文本文件(见上)。可以 使用任何方法产生进化树,但是 MACCLADE的功能是严格地基于节约方法的。举个例子,程序 允许使用者追踪任意进化树上的每一个单独特征符的进化轨迹。不管怎么说,MP和M重新构 建的功能是不同的,而且ML功能据称更加实际一些( Swofford et al.,1996a)。进化树的 拓扑结构可以通过拖动树枝进行操作,而点击树枝则会在进化树的对称性上产生审美的修 饰 MACCLADE包括如下一些同序列分析相关的附加的特色 1.能够方便地编辑模糊区域的数据编辑器,因为序列块可能会被转变为丢失的数据符号。 2.RNA或者DNA翻译成氨基酸数据 3.识别IPAC核苷酸的模糊密码。 4.以特征符数目和进化树上变化的数目为维度的图表,通过这张图,可以直观地观察位点 内部的速率差异性 5.一个MP进化树的各种碱基之间相互转变的总量的图表(“状态转变和统计”图表:其中 有些数据可能是在文献中被错误地报告为取代“速率”,但是对于树枝长度或者位点内 部的速率差异完全没有修正)。 6.根据四种不同的规则将状态转变和统计数值转化为一个权重矩阵, 7.计算密码子位点。 8.为制图功能以及从数据集中切除位点选择密码子位置 9.一个基本的比对编辑器,允许拖拉被选的序列块。 能够输出同 PRETTY格式相似的数据,其中的序列块由空格分开,并且与第一个序列相匹 配的碱基标记为“.”。 11.同PAUP相似的一个进化树图形编辑器,同样允许在每一个数值上对特征符变化作出标 12.为PAUP分析定义约束进化树的简单方法(仅仅是简单地瓦解那些非约束的节点,然后将 进化树存储为一个文件)。 MEGa plus METREE MEGA( Kumar et al.,1994)是一个关于序列分析以及比较统计的D0S程序的软件包,其中包 括有距离建树方法和M建树方法。对于M建树方法,将执行分支定理和启发式算法;对于距 离建树方法,MEθA提供了PAP中的取代模型的一个子集,也提供了NJ建树算法。在其捆绑的 METREE程序( Rzhetsky and Nei,1994)中提供了一个ME搜索。现在还无法比较MEGA和PAUP 或者 PHYLIP中的搜索算法的效率和可靠性。针对核苷酸数据建立进化树,MEGA的效果不如 PAUP( Lewis and lewi s,1995)或者 PHYLIP。举几个例子:其格式不允许在数据文件中存储 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第九章系统发育分析.htm 2005-1-18੠᭄᥂䖯㸠᪡԰ˈ㛑໳ⷨお⡍ᕕヺⱘ㋏㒳থ㚆㸠ЎDŽ⿟ᑣՓ⫼ⱘᰃNEXUSḐᓣˈᅗг㛑໳䇏প PAUPḐᓣⱘ᭄᥂੠䖯࣪ᷥ᭛ӊDŽPAUP᭛ӊЁⱘϔѯֵᙃӮ㹿MACCLADEᗑ⬹˄↨བˈgapmodeˈ ぎԡ῵ᓣ˅ˈԚᰃPAUP“؛ᅮāഫЁⱘֵᙃᇚӮ㹿䕧ܹˈ݊Ёࣙᣀ⡍ᕕヺᴗ䞡੠⡍ᕕヺ䲚ҹ ঞߚ㉏㕸䲚DŽPAUP੠MACCLADE᭛ӊҡ✊ᄬ೼ⴔϔѯ㒚ᖂⱘᏂ߿಴˗ℸˈ⫼MACCLADE㓪䕥PAUP ᭛ӊ៪㗙⫼PAUP㓪䕥MACCLADE᭛ӊᯊˈ䳔㽕ᇚ᭛ӊֱᄬЎϔϾᮄ᭛ӊˈҢ㗠ֱ⬭ॳ᭛ӊˈՓ Пϡ㹿ᬍࡼDŽMACCLADE䖬ৃҹ䇏পPHYLIP᭛ӊǃNBRF-PIR᭛ӊҹঞ᭛ᴀ᭛ӊ˄㾕Ϟ˅DŽৃҹ Փ⫼ӏԩᮍ⊩ѻ⫳䖯࣪ˈᷥԚᰃMACCLADEⱘࡳ㛑ᰃϹḐഄ෎Ѣ㡖㑺ᮍ⊩ⱘDŽВϾ՟ᄤˈ⿟ᑣ ܕ䆌Փ⫼㗙䗑䏾ӏᛣ䖯࣪ᷥϞⱘ↣ϔϾऩ⣀⡍ᕕヺⱘ䖯࣪䔼䗍DŽϡㅵᗢМ䇈ˈMP੠ML䞡ᮄᵘ ᓎⱘࡳ㛑ᰃϡৠⱘˈ㗠ϨMLࡳ㛑᥂⿄᳈ࡴᅲ䰙ϔѯ˄Swofford et al., 1996a˅DŽ䖯࣪ᷥⱘ ᢧᠥ㒧ᵘৃҹ䗮䖛ᢪࡼᷥᵱ䖯㸠᪡԰ˈ㗠⚍ߏᷥᵱ߭Ӯ೼䖯࣪ᷥⱘᇍ⿄ᗻϞѻ⫳ᅵ㕢ⱘׂ 佄DŽ MACCLADEࣙᣀབϟϔѯৠᑣ߫ߚᵤⳌ݇ⱘ䰘ࡴⱘ⡍㡆˖ 1. 㛑໳ᮍ֓ഄ㓪䕥῵㊞ऎඳⱘ᭄᥂㓪䕥఼ˈ಴Ўᑣ߫ഫৃ㛑Ӯ㹿䕀বЎ϶༅ⱘ᭄᥂ヺোDŽ 2. RNA៪㗙DNA㗏䆥៤⇼෎䝌᭄᥂DŽ 3. 䆚߿IUPACḌ㣋䝌ⱘ῵㊞ᆚⷕDŽ 4. ҹ⡍ᕕヺ᭄Ⳃ੠䖯࣪ᷥϞব࣪ⱘ᭄ⳂЎ㓈ᑺⱘ೒㸼ˈ䗮䖛䖭ᓴ೒ˈৃҹⳈ㾖ഄ㾖ᆳԡ⚍ ݙ䚼ⱘ䗳⥛ᏂᓖᗻDŽ 5. ϔϾMP䖯࣪ᷥⱘ৘⾡⺅෎П䯈ⳌѦ䕀বⱘᘏ䞣ⱘ೒㸼˄Ā⢊ᗕ䕀ব੠㒳䅵ā೒㸼˖݊Ё ᳝ѯ᭄᥂ৃ㛑ᰃ೼᭛⤂Ё㹿䫭䇃ഄ᡹ਞЎপҷĀ䗳⥛āˈԚᰃᇍѢᷥᵱ䭓ᑺ៪㗙ԡ⚍ݙ 䚼ⱘ䗳⥛Ꮒᓖᅠܼ≵ׂ᳝ℷ˅DŽ 6. ḍ᥂ಯ⾡ϡৠⱘ㾘߭ᇚ⢊ᗕ䕀ব੠㒳䅵᭄ؐ䕀࣪ЎϔϾᴗ䞡ⶽ䰉DŽ 7. 䅵ㅫᆚⷕᄤԡ⚍DŽ 8. Ўࠊ೒ࡳ㛑ҹঞҢ᭄᥂䲚Ёߛ䰸ԡ⚍䗝ᢽᆚⷕᄤԡ㕂DŽ 9. ϔϾ෎ᴀⱘ↨ᇍ㓪䕥఼ˈܕ䆌ᢪᢝ㹿䗝ⱘᑣ߫ഫDŽ 10. 㛑໳䕧ߎৠPRETTYḐᓣⳌԐⱘ᭄᥂ˈ݊Ёⱘᑣ߫ഫ⬅ぎḐߚᓔˈᑊϨϢ㄀ϔϾᑣ߫Ⳍऍ 䜡ⱘ⺅෎ᷛ䆄Ў“.”DŽ 11. ৠPAUPⳌԐⱘϔϾ䖯࣪೒ᷥᔶ㓪䕥఼ˈৠḋܕ䆌೼↣ϔϾ᭄ؐϞᇍ⡍ᕕヺব࣪԰ߎᷛ 䆄DŽ 12. ЎPAUPߚᵤᅮН㑺ᴳ䖯࣪ᷥⱘㅔऩᮍ⊩˄ҙҙᰃㅔऩഄ⪺㾷䙷ѯ䴲㑺ᴳⱘ㡖⚍ˈ✊ৢᇚ 䖯࣪ᷥᄬټЎϔϾ᭛ӊ˅DŽ MEGA plus METREE MEGA˄Kumar et al., 1994˅ᰃϔϾ݇Ѣᑣ߫ߚᵤҹঞ↨䕗㒳䅵ⱘDOS⿟ᑣⱘ䕃ӊࣙ݊ˈЁࣙ ᣀ᳝䎱⾏ᓎᷥᮍ⊩੠MPᓎᷥᮍ⊩DŽᇍѢMPᓎᷥᮍ⊩ˈᇚᠻ㸠ߚᬃᅮ⧚੠ਃথᓣㅫ⊩˗ᇍѢ䎱 ⾏ᓎᷥᮍ⊩ˈMEGAᦤկњPAUPЁⱘপҷ῵ൟⱘϔϾᄤ䲚ˈгᦤկњNJᓎᷥㅫ⊩DŽ೼݊ᤚ㒥ⱘ METREE⿟ᑣ˄Rzhetsky and Nei, 1994˅ЁᦤկњϔϾME᧰㋶DŽ⦄೼䖬᮴⊩↨䕗MEGA੠PAUP ៪㗙PHYLIPЁⱘ᧰㋶ㅫ⊩ⱘᬜ⥛੠ৃ䴴ᗻDŽ䩜ᇍḌ㣋䝌᭄᥂ᓎゟ䖯࣪ˈᷥMEGAⱘᬜᵰϡབ PAUP˄Lewis and Lewis, 1995˅៪㗙PHYLIPDŽВ޴Ͼ՟ᄤ˖݊Ḑᓣϡܕ䆌೼᭄᥂᭛ӊЁᄬټ ㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ 义ⷕˈ21/32 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com