二章鼠类和人类公用物理图谱数据库的使用 页码,3/1 B| Entrez中染色体图谱的使用 Entrez的基因组部分是最容易获得物理图谱信息的来源之一。此服务由NCBl所提供。 Entrez 试图以一种可理解的方式将几种遗传学图谱和物理图谱、DNA和蛋白序列信息、以及一个目录 型引用数据库和三维晶体结构信息融合起来。因为它的内部连接多,而且界面简单, Entrez 可作为搜索图谱的一个起始点。 Entrez信息补救系统在第5章详细介绍 任何支持网络浏览器,如 Netscape、 Mosai c或 Mi crosoft Internet Expl orer的计算机系统都 可以使用 Entrez。与 Internet的连接应支持TCP/P,通过一个 Internet服务提供器就会形成 个有用的网络连接或是一个拨号连接。因为图谱信息中图形很多,所以应能连接28800p或 更多信息。 首先,将浏览器连到 Entrez的主页所在的URL( UNI FORM RESOURCE L0CAT0R统一资源定位 器),这样就会下载一页,包含一系列与 Entrez中核酸、蛋白质、目录、基因组和三维结构 数据库的链接,以及一些文档和帮助。选择标有“搜索基因组数据库”的链接,这样就会弹 出来一个窗口,提供搜索的范围(如图12.3)和在其它范围中一系列生物种类的名称。每 个生物体名称旁边都有一个数字,说明在数据库中其图谱的数目。得到人类图谱列表最简单 的办法就是点击标有“ Homo Sapi ens"的链接,这样就会得到一个含25个染色体图的列表 (染色体Ⅰ至Ⅹ再加上线粒体染色体组的两个词条,Y型图谱现仍没有)。 现在再在感兴趣的染色体下选择标有“图示”( Graphi cal View)的链接。这就会得到与图 12.4中所示相似的一个图谱。它是由几个图组成的一张复合图。这类图对于各个染色体来说 并不同,但至少它们都含有 Gene thon和CHLc( Cooperati ve Human Li nkage Center合作性人 类链接中心)基因图谱( Murray et al.,1994: Dib et al.,1996)、 Whi tehead I nsti tute 放射性杂交图谱和STS含量图( Hudson et al.1995)、斯坦福大学放射性杂交图谱、细胞遗 传学图、和一个序列图。序列图基本上是一个定位器,即将已制成图的片段定位。对于这些 片段,序列分析中心希望能在十年内将其制造出来。存在于多个图谱中的标记物用绿线连接 了起来,好让读者能够互相比较并在从一个图谱转向另一个时保持正确的方位。出于比较和 图示的目的,每一个图谱均由一个公用坐标系统校正,该系统以物理距离(DNA碱基对)的值 为基础。稍一检査就会发现它们只是笼统地排成一条线,如在标记物的顺序上就有很多矛 盾,在图上表现为绿线有交叉点。 这些图可以用鼠标浏览,一对标有" Action”和“Zoom”的选项按钮( radi o button)能控 制图的大小。要想对图的一部分作更详细的观察,可选择Zoom按钮,并点中需放大的区域 如果选Zoom后直接点击图上的区域,一般默认为放大10%。另外也可以用图形上方的pop-u (复选框)菜单来改变放大率的值。在高放大率下,诸如单个标记物的名称、图示基因、YAC 序列群和图示克隆等特征都可以很容易地分辨。进而也可以选择“左、右、校正”(Left Ri ght、Aign)等按钮来调整图象至合适的尺寸(左右按钮在点击Zoom一次后将会出现), Overvi ew(全览)命令将显示图象返回其初始大小。 为得到一个具体标记的图中元素的信息,可选择标有″ Action"的选项按钮,然后再点击该 元素。注意该按钮非要使用一次Zoom才会出现,例如,单击一个STS的名称将会显示其在 Genebank中的词条,而此词条又包含着与其它部分,如 Entrez词条、核酸、蛋白质和三维结 构数据库等的链接 Entrez网同时也提供了一条简单的在图上定位一个特定标记物的途径。在标有 Search ene(基因査询)的两个小框中选一个,输入标记物的名称或 Gen Bank中的通道号,然后按旁 边的按钮。这样就会产生另外一张图,其中标记物以黄色着重标记。如果输入两个名称,则 它们之间的区域将会着重显示。在此功能中,除了名称,物理图谱上很少有元素对应着实际 的基因,大多数标记物都只是重名的序列或是基因多样性中简单的序列重复(在STS中有很多 例子)。 file://E:\wcb\生物信息学(中译本)\第十二章鼠类和人类公用物理图谱 2005-1-18NCBI EntrezЁᶧ㡆ԧ೒䈅ⱘՓ⫼ Entrezⱘ෎಴㒘䚼ߚᰃ᳔ᆍᯧ㦋ᕫ⠽⧚೒䈅ֵᙃⱘᴹ⑤ПϔDŽℸ᳡ࡵ⬅NCBI᠔ᦤկDŽEntrez 䆩೒ҹϔ⾡ৃ⧚㾷ⱘᮍᓣᇚ޴辵䘫Ӵᄺ೒䈅੠⠽⧚೒䈅ǃDNA੠㲟ⱑᑣֵ߫ᙃǃҹঞϔϾⳂᔩ ൟᓩ⫼᭄᥂ᑧ੠ϝ㓈᱊ԧ㒧ᵘֵᙃ㵡ড়䍋ᴹDŽ಴Ўᅗⱘݙ䚼䖲᥹໮ˈ㗠Ϩ⬠䴶ㅔऩˈEntrez ৃ԰Ў᧰㋶೒䈅ⱘϔϾ䍋ྟ⚍DŽEntrezֵᙃ㸹ᬥ㋏㒳೼㄀ゴ䆺㒚ҟ㒡DŽ ӏԩᬃᣕ㔥㒰⌣㾜఼ˈབNetscapeǃMosaic៪Microsoft Internet Explorerⱘ䅵ㅫᴎ㋏㒳䛑 ৃҹՓ⫼EntrezDŽϢInternetⱘ䖲᥹ᑨᬃᣕTCP/IPˈ䗮䖛ϔϾInternet᳡ࡵᦤկ఼ህӮᔶ៤ ϔϾ᳝⫼ⱘ㔥㒰䖲᥹៪ᰃϔϾᢼো䖲᥹DŽ಴Ў೒䈅ֵᙃЁ೒ᔶᕜ໮ˈ᠔ҹᑨ㛑䖲᥹28800bp៪ ᳈໮ֵᙃDŽ 佪ܜˈᇚ⌣㾜఼䖲ࠄEntrezⱘЏ义᠔೼ⱘURL˄UNIFORM RESOURCE LOCATOR㒳ϔ䌘⑤ᅮԡ ఼˅ˈ䖭ḋህӮϟ䕑ϔ义ˈࣙ৿ϔ㋏߫ϢEntrezЁḌ䝌ǃ㲟ⱑ䋼ǃⳂᔩǃ෎಴㒘੠ϝ㓈㒧ᵘ ᭄᥂ᑧⱘ䫒᥹ˈҹঞϔѯ᭛ḷ੠ᐂࡽDŽ䗝ᢽ᳝ᷛĀ᧰㋶෎಴㒘᭄᥂ᑧāⱘ䫒᥹ˈ䖭ḋህӮᔍ ߎᴹϔϾにষˈᦤկ᧰㋶ⱘ㣗ೈ˄བ೒12.3˅੠೼݊ᅗ㣗ೈЁϔ㋏߫⫳⠽⾡㉏ⱘৡ⿄DŽ↣ϔ Ͼ⫳⠽ԧৡ⿄ᮕ䖍䛑᳝ϔϾ᭄ᄫˈ䇈ᯢ೼᭄᥂ᑧЁ݊೒䈅ⱘ᭄ⳂDŽᕫࠄҎ㉏೒䈅߫㸼᳔ㅔऩ ⱘࡲ⫣ህᰃ⚍ߏ”᳝ᷛHomo Sapiens”ⱘ䫒᥹ˈ䖭ḋህӮᕫࠄϔϾ৿25Ͼᶧ㡆ԧ೒ⱘ߫㸼 ˄ᶧ㡆ԧĉ㟇ĒࡴݡϞ㒓㉦ԧᶧ㡆ԧ㒘ⱘϸϾ䆡ᴵˈ<ൟ೒䈅⦄ҡ≵᳝˅DŽ ⦄೼ݡ݈ᛳ೼䍷ⱘᶧ㡆ԧϟ䗝ᢽ᳝ᷛĀ೒⼎ā˄Graphical View˅ⱘ䫒᥹DŽ䖭ህӮᕫࠄϢ೒ 12.4Ё᠔⼎ⳌԐⱘϔϾ೒䈅DŽᅗᰃ⬅޴Ͼ೒㒘៤ⱘϔᓴ໡ড়೒DŽ䖭㉏೒ᇍѢ৘Ͼᶧ㡆ԧᴹ䇈 ᑊϡৠˈԚ㟇ᇥᅗӀ䛑৿᳝Genethon੠CHLC˄Cooperative Human Linkage Center ড়԰ᗻҎ ㉏䫒᥹Ёᖗ˅෎಴೒䈅˄Murray et al.,1994; Dib et al.,1996˅ǃWhitehead Institute ᬒᇘᗻᴖѸ೒䈅੠STS৿䞣೒˄Hudson et al.,1995˅ǃᮃഺ⽣໻ᄺᬒᇘᗻᴖѸ೒䈅ǃ㒚㚲䘫 Ӵᄺ೒ǃ੠ϔϾᑣ߫೒DŽᑣ߫೒෎ᴀϞᰃϔϾᅮԡ఼ˈेᇚᏆࠊ៤೒ⱘ⠛↉ᅮԡDŽᇍѢ䖭ѯ ⠛↉ˈᑣ߫ߚᵤЁᖗᏠᳯ㛑೼कᑈݙᇚ݊ࠊ䗴ߎᴹDŽᄬ೼Ѣ໮Ͼ೒䈅Ёⱘᷛ䆄⠽⫼㓓㒓䖲᥹ њ䍋ᴹˈད䅽䇏㗙㛑໳ѦⳌ↨䕗ᑊ೼ҢϔϾ೒䈅䕀৥঺ϔϾᯊֱᣕℷ⹂ⱘᮍԡDŽߎѢ↨䕗੠ ೒⼎ⱘⳂⱘˈ↣ϔϾ೒䈅ഛ⬅ϔϾ݀⫼തᷛ㋏㒳᷵ℷˈ䆹㋏㒳ҹ⠽⧚䎱⾏˄DNA⺅෎ᇍ˅ⱘؐ Ў෎⸔DŽ⿡ϔẔᶹህӮথ⦄ᅗӀাᰃㄐ㒳ഄᥦ៤ϔᴵ㒓ˈབ೼ᷛ䆄⠽ⱘ乎ᑣϞህ᳝ᕜ໮⶯ Ⳓˈ೼೒Ϟ㸼⦄Ў㓓㒓᳝Ѹঝ⚍DŽ 䖭ѯ೒ৃҹ⫼哴ᷛ⌣㾜ˈϔᇍ᳝ᷛ“Action”੠“Zoom”ⱘ䗝乍ᣝ䪂˄radio button˅㛑᥻ ࠊ೒ⱘ໻ᇣDŽ㽕ᛇᇍ೒ⱘϔ䚼ߚ᳈԰䆺㒚ⱘ㾖ᆳˈৃ䗝ᢽZoomᣝ䪂ˈᑊ⚍Ё䳔ᬒ໻ⱘऎඳDŽ བᵰ䗝ZoomৢⳈ᥹⚍ߏ೒Ϟⱘऎඳˈϔ㠀咬䅸Ўᬒ໻10%DŽ঺໪гৃҹ⫼೒ᔶϞᮍⱘpop-up ˄໡䗝Ḛ˅㦰ऩᴹᬍবᬒ໻⥛ⱘؐDŽ೼催ᬒ໻⥛ϟˈ䇌བऩϾᷛ䆄⠽ⱘৡ⿄ǃ೒⼎෎಴ǃYAC ᑣ߫㕸੠೒⼎ܟ䱚ㄝ⡍ᕕ䛑ৃҹᕜᆍᯧഄߚ䕼DŽ䖯㗠гৃҹ䗝ᢽĀᎺǃেǃ᷵ℷā˄Leftǃ RightǃAlign˅ㄝᣝ䪂ᴹ䇗ᭈ೒䈵㟇ড়䗖ⱘሎᇌ˄Ꮊেᣝ䪂೼⚍ߏZoomϔ⃵ৢᇚӮߎˈ˅⦃ Overview˄ܼ㾜˅ੑҸᇚᰒ⼎೒䈵䖨ಲ݊߱ྟ໻ᇣDŽ ЎᕫࠄϔϾ݋ᷛԧ䆄ⱘ೒Ёܗ㋴ⱘֵᙃˈৃ䗝ᢽ᳝ᷛ“Action”ⱘ䗝乍ᣝ䪂ˈ✊ৢݡ⚍ߏ䆹 ܗ㋴DŽ⊼ᛣ䆹ᣝ䪂䴲㽕Փ⫼ϔ⃵ZoomᠡӮߎˈ⦃՟བˈऩߏϔϾSTSⱘৡ⿄ᇚӮᰒ⼎݊೼ GenebankЁⱘ䆡ᴵˈ㗠ℸ䆡ᴵজࣙ৿ⴔϢ݊ᅗ䚼ߚˈབEntrez䆡ᴵǃḌ䝌ǃ㲟ⱑ䋼੠ϝ㓈㒧 ᵘ᭄᥂ᑧㄝⱘ䫒᥹DŽ Entrez㔥ৠᯊгᦤկњϔᴵㅔऩⱘ೼೒ϞᅮԡϔϾ⡍ᅮᷛ䆄⠽ⱘ䗨ᕘDŽ೼᳝ᷛSearch by gene˄෎಴ᶹ䆶˅ⱘϸϾᇣḚЁ䗝ϔϾˈ䕧ܹᷛ䆄⠽ⱘৡ⿄៪GenBankЁⱘ䗮䘧োˈ✊ৢᣝᮕ 䖍ⱘᣝ䪂DŽ䖭ḋህӮѻ⫳঺໪ϔᓴ೒ˈ݊Ёᷛ䆄⠽ҹ咘㡆ⴔ䞡ᷛ䆄DŽབᵰ䕧ܹϸϾৡ⿄ˈ߭ ᅗӀП䯈ⱘऎඳᇚӮⴔ䞡ᰒ⼎DŽ೼ℸࡳ㛑Ёˈ䰸њৡ⿄ˈ⠽⧚೒䈅Ϟᕜᇥ᳝ܗ㋴ᇍᑨⴔᅲ䰙 ⱘ෎಴ˈ໻໮᭄ᷛ䆄⠽䛑াᰃ䞡ৡⱘᑣ߫៪ᰃ෎಴໮ḋᗻЁㅔऩⱘᑣ߫䞡໡˄೼STSЁ᳝ᕜ໮ ՟ᄤ˅DŽ ㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅᭄᥂ᑧⱘՓ⫼ 义ⷕˈ3/18 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com