第十二章鼠类和人类公用物理图谱数据库的使用 页码,2/1 就会有一个更高的理论分辨率,但是覆盖基因组同样大小面积就需要更多的STS。虽然一般有 可能从STS含量图上得到标记物的相对顺序,但是相邻标记物之间的距离还是无法精确测得。 尽管如此,STS含量图还是有与克隆原相关的优点,并且可将其用于更进一步的硏究,如次级 克隆或DNA测序。到目前为止,STS含量图制图简单而使用最多的来源是巴黎的CEPH( centre d' etudes du pol ymorphi sme Humai n)中的YAC库。它是一个10×覆盖率的文库,平均插入 长度为-Mb。 放射性杂交图(图12.2;Cox,1992)对片段DNA的断点作图。在此技术中,一个人体细胞系 被致死性的gama射线照射,染色体DNA分成片段。然后该细胞系与一个仓鼠细胞系融合而被 救,并能繁殖几代。在这期间,人类细胞和仓鼠细胞的杂合体随机丢失其人类染色体片段。 这样一百个或更多的杂合细胞系克隆体中,每一个都有不同数量的染色体片段,筛选生长 后,就可以形成一套杂合组,供接下来的制图实验用了。 如果要在一个放射性杂交组中对一个STS作图,那就要将每种杂交组细胞系中的DNA进行STS的 PCR操作。细胞系中如果含有该STS的染色体片段,那么就能得到一个正的PCR信号。在基因组 中相邻很近的STS有相似的固位模式( retenti on pattern),因为放射性引起的断点落在它 们中间的几率很小。相邻较远的STS固位模式相似性降低,相邻很远的STS的固位模式将会截 然不同。与基因图谱所用方法类似,算法类的软件也能推出STS在放射性杂交图上的相对顺 序,并通过断点落在其中间的可能性,用某一距离系统计算相邻标记物之间的距离。放射性 杂交图还能提供一个标记物位于某一个特殊位点的可能值(优势对数值)。一个放射性杂交 图的分辨率依赖于杂交体片断的大小,而这又依赖于人体细胞系所受的辐射量。一般对基因 组大小作图的细胞系分辨率为~1M。 除STS含量图和放射性杂交图外还有几个方法可用于制作人类物理图谱。克隆图谱使用与STS 含量图不同的技术来决定克隆体的接近程度。例如, CEPH YAC图谱法( Chumakoy et a 1995)综合利用指纹法( fingerprinti ng)、间一Au产物杂交法( inter-Au product hybri di zati on)和STS含量图法来制作一张重叠的YAC克隆体图谱。缺失和体细胞杂交图依赖 于大型基因组重组(可以人工引进或由实验本身引起),从而将标记物放在由染色体断点所 限定的bin?中( Vol l rath et al.,1992)。FSH图谱( Li cher et a.,1990)使用一个荧 光信号来探测克隆体的间期DNA扩散时的杂交情况,从而以细胞遗传学图中一条带的位置定出 克隆体的位置 研究者捕捉致病基因时对转录序列图谱有特别的兴趣。这些序列是由已表达序列,和那些从 已转化成STS并置于传统物理图谱的已知基因衍生而来的。近来一些制作大量EST( Adams et al.1991: Houl gatte et al.1995; Hillier et al.,1996)的工程已经使制图实验室能 够得到数以万计的单一表达序列。一旦一个致病位点被鉴定出来后,这些转录序列图谱就能 明显加快对目标基因的研究速度。 YAC库可用于STS的排序,但其克隆体中的高嵌合率和高删除率使它们不能用于DNA测序。去年 高分辨率、可用于测序的质粒和BAC图谱则发展很快。因为它们所需的克隆工艺水平很低。除 了几个特例,如染色体19的 Lawrence li vemore实验室质粒图外,其它图谱都还只处在初级阶 段 大型公用数据库中的基因组范围图谱 人类基因组物理图谱信息的主要来源是由NCB|( Nati onal Center for Bi technol ogy I nformati on国家生物技术信息中心)和GDB( Genome Data Base基因组数据基地,见注释) 提供的大型公用数据库。这些数据库提供各种图谱的来源,使研究者能够用一个多用户界面 交互系统在图谱中进行比较。在一定程度下,这些数据库还能进行图谱的综合及分析。NCB Entrez和GDB将在本节介绍。由个体中心维持的数据库可提供更为详尽的信息,并将在下一节 “从个体来源的基因组范围的图谱”中介绍 file://E:\wcb\生物信息学(中译本)\第十二章鼠类和人类公用物理图谱 2005-1-18ህӮ᳝ϔϾ᳈催ⱘ⧚䆎ߚ䕼⥛ˈԚᰃ㽚Ⲫ෎಴㒘ৠḋ໻ᇣ䴶⿃ህ䳔㽕᳈໮ⱘSTSDŽ㱑✊ϔ㠀᳝ ৃ㛑ҢSTS৿䞣೒Ϟᕫࠄᷛ䆄⠽ⱘⳌᇍ乎ᑣˈԚᰃⳌ䚏ᷛ䆄⠽П䯈ⱘ䎱⾏䖬ᰃ᮴⊩㊒⹂⌟ᕫDŽ ሑㅵབℸˈSTS৿䞣೒䖬ᰃ᳝Ϣܟ䱚ॳⳌ݇ⱘӬ⚍ˈᑊϨৃᇚ݊⫼Ѣ᳈䖯ϔℹⱘⷨおˈབ⃵㑻 ܟ䱚៪DNA⌟ᑣDŽࠄⳂࠡЎℶˈSTS৿䞣೒ࠊ೒ㅔऩ㗠Փ⫼᳔໮ⱘᴹ⑤ᰃᏈ咢ⱘCEPH˄centre d’Etudes du Polymorphisme Humain˅ЁⱘYACᑧDŽᅗᰃϔϾ10×㽚Ⲫ⥛ⱘ᭛ᑧˈᑇഛᦦܹ 䭓ᑺЎ~1MbDŽ ᬒᇘᗻᴖѸ೒˄೒12.2˗Coxˈ1992˅ᇍ⠛↉DNAⱘᮁ⚍԰೒DŽ೼ℸᡔᴃЁˈϔϾҎԧ㒚㚲㋏ 㹿㟈⅏ᗻⱘgammaᇘ㒓✻ᇘˈᶧ㡆ԧDNAߚ៤⠛↉DŽ✊ৢ䆹㒚㚲㋏ϢϔϾҧ哴㒚㚲㋏㵡ড়㗠㹿 ᬥˈᑊ㛑㐕Ⅺ޴ҷDŽ೼䖭ᳳ䯈ˈҎ㉏㒚㚲੠ҧ哴㒚㚲ⱘᴖড়ԧ䱣ᴎ϶༅݊Ҏ㉏ᶧ㡆ԧ⠛↉DŽ 䖭ḋϔⱒϾ៪᳈໮ⱘᴖড়㒚㚲㋏ܟ䱚ԧЁˈ↣ϔϾ䛑᳝ϡৠ᭄䞣ⱘᶧ㡆ԧ⠛↉ˈㄯ䗝⫳䭓 ৢˈህৃҹᔶ៤ϔ༫ᴖড়㒘ˈկ᥹ϟᴹⱘࠊ೒ᅲ偠⫼њDŽ བᵰ㽕೼ϔϾᬒᇘᗻᴖѸ㒘ЁᇍϔϾSTS԰೒ˈ䙷ህ㽕ᇚ↣⾡ᴖѸ㒘㒚㚲㋏ЁⱘDNA䖯㸠STSⱘ PCR᪡԰DŽ㒚㚲㋏Ёབᵰ৿᳝䆹STSⱘᶧ㡆ԧ⠛↉ˈ䙷Мህ㛑ᕫࠄϔϾℷⱘPCRֵোDŽ೼෎಴㒘 ЁⳌ䚏ᕜ䖥ⱘSTS᳝ⳌԐⱘ೎ԡ῵ᓣ˄retention pattern˅ˈ಴Ўᬒᇘᗻᓩ䍋ⱘᮁ⚍㨑೼ᅗ ӀЁ䯈ⱘ޴⥛ᕜᇣDŽⳌ䚏䕗䖰ⱘSTS೎ԡ῵ᓣⳌԐᗻ䰡ԢˈⳌ䚏ᕜ䖰ⱘSTSⱘ೎ԡ῵ᓣᇚӮ៾ ✊ϡৠDŽϢ෎಴೒䈅᠔⫼ᮍ⊩㉏Ԑˈㅫ⊩㉏ⱘ䕃ӊг㛑᥼ߎSTS೼ᬒᇘᗻᴖѸ೒ϞⱘⳌᇍ乎 ᑣˈᑊ䗮䖛ᮁ⚍㨑೼݊Ё䯈ⱘৃ㛑ᗻˈ⫼ᶤϔ䎱⾏㋏㒳䅵ㅫⳌ䚏ᷛ䆄⠽П䯈ⱘ䎱⾏DŽᬒᇘᗻ ᴖѸ೒䖬㛑ᦤկϔϾᷛ䆄⠽ԡѢᶤϔϾ⡍⅞ԡ⚍ⱘৃ㛑ؐ˄Ӭ࢓ᇍ᭄ؐ˅DŽϔϾᬒᇘᗻᴖѸ ೒ⱘߚ䕼⥛ձ䌪ѢᴖѸԧ⠛ᮁⱘ໻ᇣˈ㗠䖭জձ䌪ѢҎԧ㒚㚲㋏᠔ফⱘ䕤ᇘ䞣DŽϔ㠀ᇍ෎಴ 㒘໻ᇣ԰೒ⱘ㒚㚲㋏ߚ䕼⥛Ў̚1MDŽ 䰸STS৿䞣೒੠ᬒᇘᗻᴖѸ೒໪䖬᳝޴Ͼᮍ⊩ৃ⫼Ѣࠊ԰Ҏ㉏⠽⧚೒䈅DŽܟ䱚೒䈅Փ⫼ϢSTS ৿䞣೒ϡৠⱘᡔᴃᴹއᅮܟ䱚ԧⱘ᥹䖥⿟ᑺDŽ՟བˈCEPH YAC೒䈅⊩˄Chumakov et al., 1995˅㓐ড়߽⫼ᣛ㒍⊩˄fingerprinting˅ǃ䯈ˉAluѻ⠽ᴖѸ⊩˄inter-Alu product hybridization˅੠STS৿䞣೒⊩ᴹࠊ԰ϔᓴ䞡঴ⱘYACܟ䱚ԧ೒䈅DŽ㔎༅੠ԧ㒚㚲ᴖѸ೒ձ䌪 Ѣ໻ൟ෎಴㒘䞡㒘˄ৃҹҎᎹᓩ䖯៪⬅ᅲ偠ᴀ䑿ᓩ䍋˅ˈҢ㗠ᇚᷛ䆄⠽ᬒ೼⬅ᶧ㡆ԧᮁ⚍᠔ 䰤ᅮⱘbin?Ё˄Vollrath et al., 1992˅DŽFISH೒䈅˄Licher et al., 1990˅Փ⫼ϔϾ㤻 ܝֵোᴹ᥶⌟ܟ䱚ԧⱘ䯈ᳳDNAᠽᬷᯊⱘᴖѸᚙމˈҢ㗠ҹ㒚㚲䘫Ӵᄺ೒Ёϔᴵᏺⱘԡ㕂ᅮߎ ܟ䱚ԧⱘԡ㕂DŽ ⷨお㗙ᤩᤝ㟈⮙෎಴ᯊᇍ䕀ᔩᑣ߫೒䈅᳝⡍߿ⱘ݈䍷DŽ䖭ѯᑣ߫ᰃ⬅Ꮖ㸼䖒ᑣ߫ˈ੠䙷ѯҢ Ꮖ䕀࣪៤STSᑊ㕂ѢӴ㒳⠽⧚೒䈅ⱘᏆⶹ෎಴㸡⫳㗠ᴹⱘDŽ䖥ᴹϔѯࠊ໻԰䞣EST˄Adams et al., 1991; Houlgatte et al., 1995; Hillier et al., 1996˅ⱘᎹ⿟Ꮖ㒣Փࠊ೒ᅲ偠ᅸ㛑 ໳ᕫࠄ᭄ҹϛ䅵ⱘऩϔ㸼䖒ᑣ߫DŽϔᮺϔϾ㟈⮙ԡ⚍㹿䡈ᅮߎᴹৢˈ䖭ѯ䕀ᔩᑣ߫೒䈅ህ㛑 ᯢᰒࡴᖿᇍⳂᷛ෎಴ⱘⷨお䗳ᑺDŽ YACᑧৃ⫼ѢSTSⱘᥦᑣˈԚ݊ܟ䱚ԧЁⱘ催ጠড়⥛੠催ߴ䰸⥛ՓᅗӀϡ㛑⫼ѢDNA⌟ᑣDŽএᑈ 催ߚ䕼⥛ǃৃ⫼Ѣ⌟ᑣⱘ䋼㉦੠BAC೒䈅߭থሩᕜᖿDŽ಴ЎᅗӀ᠔䳔ⱘܟ䱚Ꮉ㡎∈ᑇᕜԢDŽ䰸 њ޴Ͼ⡍՟ˈབᶧ㡆ԧ19ⱘLawrence Livemoreᅲ偠ᅸ䋼㉦೒໪ˈ݊ᅗ೒䈅䛑䖬া໘೼߱㑻䰊 ↉DŽ ໻ൟ݀⫼᭄᥂ᑧЁⱘ෎಴㒘㣗ೈ೒䈅 Ҏ㉏෎಴㒘⠽⧚೒䈅ֵᙃⱘЏ㽕ᴹ⑤ᰃ⬅NCBI˄National Center for Biotechnology Information೑ᆊ⫳⠽ᡔᴃֵᙃЁᖗ˅੠GDB˄Genome Data Base෎಴㒘᭄᥂෎ഄˈ㾕⊼䞞˅ ᦤկⱘ໻ൟ݀⫼᭄᥂ᑧDŽ䖭ѯ᭄᥂ᑧᦤկ৘⾡೒䈅ⱘᴹ⑤ˈՓⷨお㗙㛑໳⫼ϔϾ໮⫼᠋⬠䴶 ѸѦ㋏㒳೼೒䈅Ё䖯㸠↨䕗DŽ೼ϔᅮ⿟ᑺϟˈ䖭ѯ᭄᥂ᑧ䖬㛑䖯㸠೒䈅ⱘ㓐ড়ঞߚᵤDŽNCBI Entrez੠GDBᇚ೼ᴀ㡖ҟ㒡DŽ⬅ϾԧЁᖗ㓈ᣕⱘ᭄᥂ᑧৃᦤկ᳈Ў䆺ሑⱘֵᙃˈᑊᇚ೼ϟϔ㡖 ĀҢϾԧᴹ⑤ⱘ෎಴㒘㣗ೈⱘ೒䈅āЁҟ㒡DŽ ㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅᭄᥂ᑧⱘՓ⫼ 义ⷕˈ2/18 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com