第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 页码,1/12 第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 ACEDB的一般特点 背景 ACEDB(一种线虫C.e/ egans数据库)是一种被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具组。它 是在1991年由 Ri chard duri n和 Jean Thi erry-Mi eg首先提供的,他们发展它来支持和整理 C. elegans领域中的大范围序列和物理图谱的工作。在本章结尾所列出的因特网资源和资料中 可见1和2条。后续的程序由 Durbin和 Thierry- Mi eg编制和完善,还有许多其他人参与了代码 的编制。这一时期, ACEDB适用于许多动物和植物的基因组计划[3]。软件对于“非基因组 信息的计划仍然有效,诸如,民族植物学的数据、基因命名法、具体的文献等[4,5]。准确 估计基于 ACEDB资源的出版物很困难,1997年春的保守估计[3]是25-30种 ACEDB由于它的一些特性而流行起来。该软件是免费的,并且可运行在Unx和 Maci tosh0S系 统下, Wi ndows版本马上就会推出。数据库以丰富的图形界面提供信息,包括有具体显示的基 因图谱,物理图谱,新陈代谢的途径和序列等。界面依靠相关信息的超级文本连接,并可由 鼠标方便的完成操作。数据用流行的对象的形式进行组织,使用大家熟悉的类别如,相关的 文献,基因,描述,和克隆的DNA等。也许最重要的是, ACEDB能很容易的由于新信息而被重新 设定.简单的图解语言和快速数据装载的周期使 ACEDB适合一个”废弃( throwaway)”数据库的 建立,他可用于专用的数据分析,还可用于许多永久性数据的采集,而且使用者不需要经过专门 的计算机和数据库的训练就可以使用 ACEDB。对于资源有限的计划,这往往是决定使用 ACEDB 的关键因素。 本章主要把 ACEDB作为序列数据的管理工具来介绍,而不是当作一种提供数据的方法。这里并 不是把 ACEDB的每一部分都专门的介绍,而是主要集中在: ACEDB的早期的数据采集的作用, 和主要面向内部使用者的注释的过程。现在使用 ACEDB来管理序列数据和用于其他计划的有: 剑桥大学的 Sanger(英国),华盛顿大学的基因组中心,克罗拉多大学( Col orado State Ini versi ty)的 Aedes aegypti基因组计划, Massachusetts general医院的 Arabi dorsi s物 理图谱计划,和 Wal ter和 Eliza hal|研究院(WEHL)的疟疾基因组计划。 读者肯定会对有感于管理和提供生物学数据的软件的高速的发展速度。 ACEDB本身是基于Uni 系统开发的,并当作X- wi ndow的应用程序被首次展示出来的。现在,许多用户可通过万维网 ( Worl d wi de web)登陆到公共数据服务器上来使用它。将来,很可能由Java语言或其他网 络语言编写的有人们更熟悉界面的 ACEDB将出现。但本章主要介绍X- wi ndow版本(Xace4,3) 及与它相关的特性 界面 以下简写代表鼠标操作。 M:鼠标左键 M:鼠标中键 RM:鼠标右键 般的 ACEDB用户通过浏览超文本连接的文件来交互的操作 ACEDB。这种浏览方式的界面如图 13.1。这是从 Grai n gene(一个用于 Tri ti ceae的数据库)吸取来的包含有多个 ACEDB窗口的 阻合窗口。这些窗口是一系列鼠标操作产生的,如用户定位两种不同的信息内容。 ACEDB的主 窗口是位于图中左上的窗口,它在软件开始时就显示出来。其中列有数据类型用于查阅。点 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十三章 ACEDB一个基因组信息的数..2005-1-18㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ ACEDBⱘϔ㠀⡍⚍ 㚠᱃ ACEDB(ϔ⾡㒓㰿C.elegans᭄᥂ᑧᰃϔ⾡㹿ᑓ⊯ᑨ⫼ⱘㅵ⧚੠ᦤկ෎಴㒘᭄᥂ⱘᎹ݋㒘DŽᅗ ᰃ೼1991ᑈ⬅Richard Durbin੠Jean Thierry-Mieg佪ܜᦤկⱘˈҪӀথሩᅗᴹᬃᣕ੠ᭈ⧚ C.elegans乚ඳЁⱘ໻㣗ೈᑣ߫੠⠽⧚೒䈅ⱘᎹ԰DŽ೼ᴀゴ㒧ሒ᠔߫ߎⱘ಴⡍㔥䌘⑤੠䌘᭭Ё ৃ㾕੠ᴵDŽৢ㓁ⱘ⿟ᑣ⬅Durbin੠Thierry-Mieg㓪ࠊ੠ᅠ୘ˈ䖬᳝䆌໮݊ҪҎখϢњҷⷕ ⱘ㓪ࠊDŽ䖭ϔᯊᳳˈACEDB䗖⫼Ѣ䆌໮ࡼ⠽੠ỡ⠽ⱘ෎಴㒘䅵ߦ]3]DŽ䕃ӊᇍѢĀ䴲෎಴㒘” ֵᙃⱘ䅵ߦҡ✊᳝ᬜˈ䇌བˈ⇥ᮣỡ⠽ᄺⱘ᭄᥂ǃ෎಴ੑৡ⊩ǃ݋ԧⱘ᭛⤂ㄝ[4ˈ5]DŽޚ⹂ Ԅ䅵෎ѢACEDB䌘⑤ⱘߎ⠜⠽ᕜೄ䲒ˈ1997ᑈ᯹ⱘֱᅜԄ䅵[3]ᰃ25-30⾡DŽ ACEDB⬅Ѣᅗⱘϔѯ⡍ᗻ㗠⌕㸠䍋ᴹDŽ䆹䕃ӊᰃܡ䌍ⱘˈᑊϨৃ䖤㸠೼Unix੠Macintosh OS㋏ 㒳ϟˈWindows⠜ᴀ偀ϞህӮ᥼ߎDŽ᭄᥂ᑧҹЄᆠⱘ೒ᔶ⬠䴶ᦤկֵᙃˈࣙᣀ᳝݋ԧᰒ⼎ⱘ෎ ಴೒䈅ˈ⠽⧚೒䈅ˈᮄ䰜ҷ䇶ⱘ䗨ᕘ੠ᑣ߫ㄝDŽ⬠䴶ձ䴴Ⳍֵ݇ᙃⱘ䍙㑻᭛ᴀ䖲᥹ˈᑊৃ⬅ 哴ᷛᮍ֓ⱘᅠ៤᪡԰DŽ᭄᥂⫼⌕㸠ⱘᇍ䈵ⱘᔶᓣ䖯㸠㒘㒛ˈՓ⫼໻ᆊ❳ᙝⱘ㉏߿བˈⳌ݇ⱘ ᭛⤂ˈ෎಴ˈᦣ䗄ˈ੠ܟ䱚ⱘDNAㄝDŽг䆌᳔䞡㽕ⱘᰃ,ACEDB㛑ᕜᆍᯧⱘ⬅Ѣᮄֵᙃ㗠㹿䞡ᮄ 䆒ᅮㅔऩⱘ೒㾷䇁㿔੠ᖿ䗳᭄᥂㺙䕑ⱘ਼ᳳՓACEDB䗖ড়ϔϾāᑳᓗ(throwaway)”᭄᥂ᑧⱘ ᓎゟҪৃ⫼Ѣϧ⫼ⱘ᭄᥂ߚᵤ䖬ৃ⫼Ѣ䆌໮∌Йᗻ᭄᥂ⱘ䞛䲚㗠ϨՓ⫼㗙ϡ䳔㽕㒣䖛ϧ䮼 ⱘ䅵ㅫᴎ੠᭄᥂ᑧⱘ䆁㒗ህৃҹՓ⫼ACEDBDŽᇍѢ䌘⑤᳝䰤ⱘ䅵ߦˈ䖭ᕔᕔᰃއᅮՓ⫼ACEDB ⱘ݇䬂಴㋴DŽ ᴀゴЏ㽕ᡞACEDB԰Ўᑣ᭄߫᥂ⱘㅵ⧚Ꮉ݋ᴹҟ㒡ˈ㗠ϡᰃᔧ԰ϔ⾡ᦤկ᭄᥂ⱘᮍ⊩DŽ䖭䞠ᑊ ϡᰃᡞACEDBⱘ↣ϔ䚼ߚ䛑ϧ䮼ⱘҟ㒡ˈ㗠ᰃЏ㽕䲚Ё೼˖ACEDBⱘᮽᳳⱘ᭄᥂䞛䲚ⱘ԰⫼ˈ ੠Џ㽕䴶৥ݙ䚼Փ⫼㗙ⱘ⊼䞞ⱘ䖛⿟DŽ⦄೼Փ⫼ACEDBᴹㅵ⧚ᑣ᭄߫᥂੠⫼Ѣ݊Ҫ䅵ߦⱘ᳝˖ ࠥḹ໻ᄺⱘSanger˄㣅೑˅ˈढⲯ乓໻ᄺⱘ෎಴㒘Ёᖗˈܟ㔫ᢝ໮໻ᄺ(Colorado State University)ⱘ Aedes aegypti෎಴㒘䅵ߦ ˈMassachusetts General ए䰶ⱘArabidopsis⠽ ⧚೒䈅䅵ߦ ੠ˈWalter੠ Eliza Hallⷨお䰶(WEHL)ⱘ⭳⮒෎಴㒘䅵ߦDŽ 䇏㗙㚃ᅮӮᇍ᳝ᛳѢㅵ⧚੠ᦤկ⫳⠽ᄺ᭄᥂ⱘ䕃ӊⱘ催䗳ⱘথሩ䗳ᑺDŽACEDBᴀ䑿ᰃ෎ѢUnix ㋏㒳ᓔথⱘˈᑊᔧ԰X-windowⱘᑨ⫼⿟ᑣ㹿佪⃵ሩ⼎ߎᴹⱘDŽ⦄೼ˈ䆌໮⫼᠋ৃ䗮䖛ϛ㓈㔥 ˄World Wide Web˅ⱏ䰚ࠄ᭄݅݀᥂᳡ࡵ఼ϞᴹՓ⫼ᅗDŽᇚᴹˈᕜৃ㛑⬅Java䇁㿔៪݊Ҫ㔥 㒰䇁㿔㓪ݭⱘ᳝ҎӀ᳈❳ᙝ⬠䴶ⱘACEDBᇚߎ⦃DŽԚᴀゴЏ㽕ҟ㒡X-window⠜ᴀ˄Xace 4,3˅ ঞϢᅗⳌ݇ⱘ⡍ᗻDŽ ⬠䴶 ҹϟㅔݭҷ㸼哴ᷛ᪡԰DŽ LM˖哴ᷛᎺ䬂 MM˖哴ᷛЁ䬂 RM˖哴ᷛে䬂 ϔ㠀ⱘACEDB⫼᠋䗮䖛⌣㾜䍙᭛ᴀ䖲᥹ⱘ᭛ӊᴹѸѦⱘ᪡԰ACEDBDŽ䖭⾡⌣㾜ᮍᓣⱘ⬠䴶བ೒ 13.1DŽ䖭ᰃҢGrain Gene˄ϔϾ⫼ѢTriticeaeⱘ᭄᥂ᑧ˅਌পᴹⱘࣙ໮᳝৿ϾACEDBにষⱘ 䰏ড়にষDŽ䖭ѯにষᰃϔ㋏߫哴ᷛ᪡԰ѻ⫳ⱘˈབ⫼᠋ᅮԡϸ⾡ϡৠⱘֵᙃݙᆍDŽACEDBⱘЏ にষᰃԡѢ೒ЁᎺϞⱘにষˈᅗ೼䕃ӊᓔྟᯊህᰒ⼎ߎᴹDŽ݊Ё᭄᳝߫᥂㉏ൟ⫼Ѣᶹ䯙DŽ⚍ ㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ1/12 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com