第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 页码,2/12 Reference类型(双击LM)打开一个 KeySet窗口,其中列出了许多 Reference类型的成员, 这些成员被称为对象。点击一个 reference对象,如BCG-28-487,则打开了第三个窗口(右下 窗口)显示文献的细节,如作者,题目等。点击任何粗体字都可打开相应的窗口。 图13.1 图13.1还包括一个遗传图谱(左下)。这是在 reference窗口下,点击ocus下的iBg弹出 的。这是众多的用图形形式描述数据的方式中的一种。图中的 l ocus标记也是超文本连接的, 可通过点击(LM)把它击活。文本窗口中遗传图谱下的数据是可视的,就象在 reference窗口 中一样。在这种情况下,如果有适当的数据和图形,数据库管理员就把 locus标记设置成缺省 值,使它显示遗传图谱。 关于 ACEDB还有一些在线的教育。这里特别推荐在 Sydney的澳大利亚遗传信息中心的 Bruno Gaeta提供的一个[7]。 Cornel l大学的 Dave. Mat theos正准备提供一个关于遗传图谱显示的教 育内容[8]。后文还将更详细的介绍序列显示的特点。 数据模型 ACEDB的核心部分是“数据模型”(或图形),这将决定数据库中的数据是如何组织的。各个 模型可由简练的语言加以解释,这由数据库管理员来定义。各类数据可由如 sequence, gene, reference等类型来表示。各模型以如图13.2的形式保存在名为 model s.Wrm的文本文件 中,它存在数据库的 spec目录下。在文本框中,设定显示数据的模型有很强的灵活性,但在 其它的 ACEDB的显示中[9],需要各模型中包括有预先定义好的结构。这一内容将在后文的 “序列显示”中加以讨论。注意,更详细的模型介绍和 ACEDB中模型的问题可见[10]。读者可 查阅不同的数据库来了解模型的适用范围 //thi s shows parti al model s for the sequence //Locus and Paper cl ass ?Sequence DNA UNI QUE DNA UNI QUE Int Structure Length UNI QUE Int Properti es Pseudogene Genomi c canoni cal Locus LOCus XREF Sequence Paper ?Paper Remark Text ?Locus Sequence Sequence XREF Locus Paper ? Paper ?paper Ti tle Text file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十三章 ACEDB一个基因组信息的数..2005-1-18ߏReference㉏ൟ˄ঠߏLM˅ᠧᓔϔϾKeySetにষˈ݊Ё߫ߎњ䆌໮Reference㉏ൟⱘ៤ਬˈ 䖭ѯ៤ਬ㹿⿄Ўᇍ䈵DŽ⚍ߏϔϾreferenceᇍ䈵ˈབBCG-28-487ˈ߭ᠧᓔњ㄀ϝϾにষ˄েϟ にষ˅ᰒ⼎᭛⤂ⱘ㒚㡖ˈབ԰㗙ˈ乬ⳂㄝDŽ⚍ߏӏԩ㉫ԧᄫ䛑ৃᠧᓔⳌᑨⱘにষDŽ ೒13.1 ೒13.1䖬ࣙᣀϔϾ䘫Ӵ೒䈅˄Ꮊϟ˅DŽ䖭ᰃ೼referenceにষϟˈ⚍ߏlocusϟⱘiBglᔍߎ ⱘDŽ䖭ᰃӫ໮ⱘ⫼೒ᔶᔶᓣᦣ䗄᭄᥂ⱘᮍᓣЁⱘϔ⾡DŽ೒Ёⱘlocusᷛ䆄гᰃ䍙᭛ᴀ䖲᥹ⱘˈ ৃ䗮䖛⚍ߏ˄LM˅ᡞᅗߏ⌏DŽ᭛ᴀにষЁ䘫Ӵ೒䈅ϟⱘ᭄᥂ᰃৃ㾚ⱘˈህ䈵೼referenceにষ ЁϔḋDŽ೼䖭⾡ᚙމϟˈབᵰ᳝䗖ᔧⱘ᭄᥂੠೒ᔶˈ᭄᥂ᑧㅵ⧚ਬህᡞlocusᷛ䆄䆒㕂៤㔎ⳕ ؐˈՓᅗᰒ⼎䘫Ӵ೒䈅DŽ ݇ѢACEDB䖬᳝ϔѯ೼㒓ⱘᬭ㚆DŽ䖭䞠⡍߿᥼㤤೼Sydneyⱘ▇໻߽Ѯ䘫ӴֵᙃЁᖗⱘBruno GaetaᦤկⱘϔϾ[7]DŽCornell໻ᄺⱘDave.Matthecosℷޚ໛ᦤկϔϾ݇Ѣ䘫Ӵ೒䈅ᰒ⼎ⱘᬭ 㚆ݙᆍ[8]DŽৢ᭛䖬ᇚ᳈䆺㒚ⱘҟ㒡ᑣ߫ᰒ⼎ⱘ⡍⚍DŽ ᭄᥂῵ൟ ACEDBⱘḌᖗ䚼ߚᰃĀ᭄᥂῵ൟā˄៪೒ᔶ˅ˈ䖭ᇚއᅮ᭄᥂ᑧЁⱘ᭄᥂ᰃབԩ㒘㒛ⱘDŽ৘Ͼ ῵ൟৃ⬅ㅔ㒗ⱘ䇁㿔ࡴҹ㾷䞞ˈ䖭⬅᭄᥂ᑧㅵ⧚ਬᴹᅮНDŽ৘㉏᭄᥂ৃ⬅བsequenceˈ geneˈreferenceㄝ㉏ൟᴹ㸼⼎DŽ৘῵ൟҹབ೒13.2ⱘᔶᓣֱᄬ೼ৡЎmodels.wrmⱘ᭛ᴀ᭛ӊ Ёˈᅗᄬ೼᭄᥂ᑧⱘwspecⳂᔩϟDŽ೼᭛ᴀḚЁˈ䆒ᅮᰒ⼎᭄᥂ⱘ῵ൟ᳝ᕜᔎⱘ♉⌏ᗻˈԚ೼ ݊ᅗⱘACEDBⱘᰒ⼎Ё[9]ˈ䳔㽕৘῵ൟЁࣙᣀ᳝乘ܜᅮНདⱘ㒧ᵘDŽ䖭ϔݙᆍᇚ೼ৢ᭛ⱘ Āᑣ߫ᰒ⼎āЁࡴҹ䅼䆎DŽ⊼ᛣˈ᳈䆺㒚ⱘ῵ൟҟ㒡੠ACEDBЁ῵ൟⱘ䯂乬ৃ㾕[10]DŽ䇏㗙ৃ ᶹ䯙ϡৠⱘ᭄᥂ᑧᴹњ㾷῵ൟⱘ䗖⫼㣗ೈDŽ //this shows partial models for the Sequence, //Locus and Paper class ?Sequence DNA UNIQUE ?DNA UNIQUE Int Structure Length UNIQUE Int Properties Pseudogene CDS Genomic_canonical Locus ?Locus XREF Sequence Paper ?Paper Remark Text ?Locus Sequence ?Sequence XREF Locus Paper ?Paper ?paper Title Text ㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ2/12 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com