第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 页码,3/12 图13.2 modl es.wrm 为了展示一些模型的特点,我们先看为 sequence, l ocus,和 paper information这三种信息 的模型。这些例子并不能展示这种模型语言的全部功能,但能展示一些重要的特点。 模型有一个等级树的结构,就象概要图一样,数据开始于总括,然后沿许多支路进行处理 越分越细。从树的根开始,每一个支点都代表一类(阶层)数据的一个子分裂。每一支路开 始于一个标示符,或就此终结或带有许多字段,这里可填入数据, Structure,cDs,和 Paper 就是标示符的例子,Int,和? Paper是字段 从左上开始,向下处理。透过 Sequence模型的例子(图13.2),我们可以看出,这种模型可让 DNA序列的内容同一个DNA对象,它的长度,及序列性质的类型(这里的 Proper ties分支分为 三支)联系起来。还可知道序列的那一部分已被发布了,是否有一个位点与它对应,是否要 对它进行什麼特别的说明。 这一类的第一个字段(? Sequence)被存为一个对象名的存储器。对象名要能被唯一识别,许 多与序列相关的其他信息要通过对象名附加给对象的。其他类型的字段有:Text(接受自由 格式的文本), Float(用于浮点型数据),Date(用于日期),Int(用于整型数据) 种字段类型限制填入其中的数据类型。例如,一个长度型( I ength)中能填入100,但不能填 one hundred。作为缺省,一个字段可复制本身来接受多重数据的输入。这通常是有用的, 个序列会涉及到多重的论文( Paper),位点(loci),评论( remarks)。但是, UNI QUE限 制一个字段对每一个对象只能有一种输入类型。在本例中,一个 sequence对象只能有一个长 度,字段还有别的更复杂的限制,这里就不在涉及。 通过使用字段,它们接受对象名,把信息在 ACEDB内互连起来。“?”前缀识别这些字段。考 虑 sequence模型中的分支,它们把一个序列和一个出版物联系起来。 Paper pape 当为一个特定的序列把数据输入到? Paper字段后, Sequence对象和已命名的 Paper对象就会建 立起链接,该链接通过在用户界面中点击Link来操作。如图13.1所示。但是,这种链接是单 向的。虽然浏览者在 Sequence对象中能见可点击的粗体的 Paper字段,但相应的 Paper.对象却 不能回联到 Sequence中。不过,许多数据库管理员都愿向用户提供双向的链接。可通过使用 XREF( cross- reference)来自动建立。一个 Sequence模型中的XREF的例子是 Locus ?LoCus XREF Sequence 个XREF字段有两个部分,XREF前面的部分是“目标类( cl ass)”,这里是? LOCUS,这里它 必须是cass- XREFS而不能是nt,Text,Foat,或 DataType类型。XREF后面的是“目标标识 符( target tag)”,这个标识符说明在目标类中哪些字段可用于建立交互式的链接。为了 运行XREF, Locus类必须支持这种链接,这意味着在? Locus字段中,一个支路必须包括 Sequence目标标识符和有确定 regence对象的字段。这支路是: Sequence ?Sequence 为满足这个要求,当 Sequence对象中的? LOCUS字段一填入数据,XREF就建立交互式的链接, 对于数据库的管理员,这将大大简化双向链接的管理。更进一步的是建立全双向链接,使输 入任何字段的数据都能建立双向链接,要作到这一点,我们应如下修改 Locus模型 Sequence ?Sequence XREF Locus 可用标准形式//对模型进行注解,(当 models.wm文件被读入时,一行中//右侧的内容将被 忽略)。注解在编写 model s.Wm文件和数据文件时非常有用。 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十三章 ACEDB一个基因组信息的数..2005-1-18೒13.2 modles.wrm Ўњሩ⼎ϔѯ῵ൟⱘ⡍⚍ˈ៥ӀܜⳟЎsequenceˈlocusˈ੠paper information䖭ϝ⾡ֵᙃ ⱘ῵ൟDŽ䖭ѯ՟ᄤᑊϡ㛑ሩ⼎䖭⾡῵ൟ䇁㿔ⱘܼ䚼ࡳ㛑ˈԚ㛑ሩ⼎ϔѯ䞡㽕ⱘ⡍⚍DŽ ῵ൟ᳝ϔϾㄝ㑻ᷥⱘ㒧ᵘˈህ䈵ὖ㽕೒ϔḋˈ᭄᥂ᓔྟѢᘏᣀˈ✊ৢ⊓䆌໮ᬃ䏃䖯㸠໘⧚ˈ 䍞ߚ䍞㒚DŽҢᷥⱘḍᓔྟˈ↣ϔϾᬃ⚍䛑ҷ㸼ϔ㉏˄䰊ሖ˅᭄᥂ⱘϔϾᄤߚ㺖DŽ↣ϔᬃ䏃ᓔ ྟѢϔϾᷛ⼎ヺˈ៪ህℸ㒜㒧៪ᏺ᳝䆌໮ᄫ↉ˈ䖭䞠ৃ฿᭄ܹ᥂ˈStructureˈCDSˈ੠Paper ህᰃᷛ⼎ヺⱘ՟ᄤˈIntˈ੠?Paperᰃᄫ↉DŽ ҢᎺϞᓔྟ৥ϟ໘⧚DŽ䗣䖛Sequence῵ൟⱘ՟ᄤ˄೒13.2˅៥Ӏৃҹⳟߎˈ䖭⾡῵ൟৃ䅽 DNAᑣ߫ⱘݙᆍৠϔϾDNAᇍ䈵ˈᅗⱘ䭓ᑺˈঞᑣ߫ᗻ䋼ⱘ㉏ൟ˄䖭䞠ⱘProperitiesߚᬃߚЎ ϝᬃ˅㘨㋏䍋ᴹDŽ䖬ৃⶹ䘧ᑣ߫ⱘ䙷ϔ䚼ߚᏆ㹿থᏗњˈᰃ৺᳝ϔϾԡ⚍Ϣᅗᇍᑨˈᰃ৺㽕 ᇍᅗ䖯㸠Ҕ咑⡍߿ⱘ䇈ᯢDŽ 䖭ϔ㉏ⱘ㄀ϔϾᄫ↉˄?Sequence˅㹿ᄬЎϔϾᇍ䈵ৡⱘᄬټ఼DŽᇍ䈵ৡ㽕㛑㹿ଃϔ䆚߿ˈ䆌 ໮Ϣᑣ߫Ⳍ݇ⱘ݊Ҫֵᙃ㽕䗮䖛ᇍ䈵ৡ䰘ࡴ㒭ᇍ䈵ⱘDŽ݊Ҫ㉏ൟⱘᄫ↉᳝˖Text˄᥹ফ㞾⬅ Ḑᓣⱘ᭛ᴀ˅ˈFloat˄⫼Ѣ⍂⚍ൟ᭄᥂˅ˈDate˄⫼Ѣ᮹ᳳ˅ˈInt˄⫼Ѣᭈൟ᭄᥂˅DŽϔ ⾡ᄫ↉㉏ൟ䰤ࠊܹ݊฿Ёⱘ᭄᥂㉏ൟDŽ՟བˈϔϾ䭓ᑺൟ˄length˅Ё㛑฿ܹ100ˈԚϡ㛑฿ one hundredDŽ԰Ў㔎ⳕˈϔϾᄫ↉ৃ໡ࠊᴀ䑿ᴹ᥹ফ໮䞡᭄᥂ⱘ䕧ܹDŽ䖭䗮ᐌᰃ᳝⫼ⱘˈϔ Ͼᑣ߫Ӯ⍝ঞࠄ໮䞡ⱘ䆎᭛˄Paper˅ˈԡ⚍˄loci˅ˈ䆘䆎˄remarks˅DŽԚᰃˈUNIQUE䰤 ࠊϔϾᄫ↉ᇍ↣ϔϾᇍ䈵া㛑᳝ϔ⾡䕧ܹ㉏ൟDŽ೼ᴀ՟ЁˈϔϾsequenceᇍ䈵া㛑᳝ϔϾ䭓 ᑺˈᄫ↉䖬᳝߿ⱘ᳈໡ᴖⱘ䰤ࠊˈ䖭䞠ህϡ೼⍝ঞDŽ 䗮䖛Փ⫼ᄫ↉ˈᅗӀ᥹ফᇍ䈵ৡˈᡞֵᙃ೼ACEDBݙѦ䖲䍋ᴹDŽĀ˛āࠡ㓔䆚߿䖭ѯᄫ↉DŽ㗗 㰥sequence῵ൟЁⱘߚˈᬃᅗӀᡞϔϾᑣ߫੠ϔϾߎ⠜⠽㘨㋏䍋ᴹDŽ Paper ?paper ᔧЎϔϾ⡍ᅮⱘᑣ߫ᡞ᭄᥂䕧ܹࠄ?Paperᄫ↉ৢˈSequenceᇍ䈵੠ᏆੑৡⱘPaperᇍ䈵ህӮᓎ ゟ䍋䫒᥹ˈ䆹䫒᥹䗮䖛೼⫼᠋⬠䴶Ё⚍ߏLinkᴹ᪡԰DŽབ೒13.1᠔⼎DŽԚᰃˈ䖭⾡䫒᥹ᰃऩ ৥ⱘDŽ㱑✊⌣㾜㗙೼Sequenceᇍ䈵Ё㛑㾕ৃ⚍ߏⱘ㉫ԧⱘPaperᄫ↉ˈԚⳌᑨⱘPaperᇍ䈵ै ϡ㛑ಲ㘨ࠄSequenceЁDŽϡ䖛ˈ䆌໮᭄᥂ᑧㅵ⧚ਬ䛑ᜓ৥⫼᠋ᦤկঠ৥ⱘ䫒᥹DŽৃ䗮䖛Փ⫼ XREF˄cross-reference˅ᴹ㞾ࡼᓎゟDŽϔϾSequence῵ൟЁⱘXREFⱘ՟ᄤᰃ˖ Locus ?Locus XREF Sequence ϔϾXREFᄫ↉᳝ϸϾ䚼ߚˈXREFࠡ䴶ⱘ䚼ߚᰃĀⳂᷛ㉏˄class˅āˈ䖭䞠ᰃ?Locusˈ䖭䞠ᅗ ᖙ乏ᰃclass-XREFs㗠ϡ㛑ᰃIntˈTextˈFloatˈ៪DateType㉏ൟDŽXREFৢ䴶ⱘᰃĀⳂᷛᷛ䆚 ヺ˄target tag˅āˈ䖭Ͼᷛ䆚ヺ䇈ᯢ೼Ⳃᷛ㉏Ёાѯᄫ↉ৃ⫼ѢᓎゟѸѦᓣⱘ䫒᥹DŽЎњ 䖤㸠XREFˈLocus㉏ᖙ乏ᬃᣕ䖭⾡䫒᥹ˈ䖭ᛣੇⴔ೼?Locusᄫ↉ЁˈϔϾᬃ䏃ᖙ乏ࣙᣀ SequenceⳂᷛᷛ䆚ヺ੠᳝⹂ᅮseqenceᇍ䈵ⱘᄫ↉DŽ䖭ᬃ䏃ᰃ˖ Sequence ?Sequence Ў⒵䎇䖭Ͼ㽕∖ˈᔧSequenceᇍ䈵Ёⱘ?Locusᄫ↉ϔ฿᭄ܹ᥂ˈXREFህᓎゟѸѦᓣⱘ䫒᥹ˈ ᇍѢ᭄᥂ᑧⱘㅵ⧚ਬˈ䖭ᇚ໻໻ㅔ࣪ঠ৥䫒᥹ⱘㅵ⧚DŽ᳈䖯ϔℹⱘᰃᓎゟܼঠ৥䫒᥹ˈՓ䕧 ܹӏԩᄫ↉ⱘ᭄᥂䛑㛑ᓎゟঠ৥䫒᥹ˈ㽕԰ࠄ䖭ϔ⚍ˈ៥ӀᑨབϟׂᬍLocus῵ൟ˖ Sequence ?Sequence XREF Locus ৃ⫼ᷛޚᔶᓣ//ᇍ῵ൟ䖯㸠⊼㾷ˈ˄ᔧmodels.wrm᭛ӊ㹿䇏ܹᯊˈϔ㸠Ё//েջⱘݙᆍᇚ㹿 ᗑ⬹˅DŽ⊼㾷೼㓪ݭmodels.wrm᭛ӊ੠᭄᥂᭛ӊᯊ䴲ᐌ᳝⫼DŽ ㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ3/12 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com