第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 页码,4/12 效据输入 数据是以模型做为模板输入到 ACEDB中的。数据文件可通过Ⅹ- wi ndows界面或直接通过薮据库 中的命令行把数据输入给数据库的[12]。这个命令行界面,这里虽然不介绍,但在从其他处 理过程的自动收集数据操作中却很重要。还可在运行数据库时,直接建立个人的对象。选用 什麽方法取决于数据库管理员参数的选择,数据量的多少和数据的性质。要把大量数据从文 件中高效的输入,就很少会使用交互式的方法。当文件被调用时,直接使数据格式化,还有 个“段落”来描述这个对象(用空行来分开每一个段落),每段的第一行总是类名,接下 来是对象名,所以字段通过先于它们的标识符立刻被识别。为加入 sequence和 paper对象,我 们应如图13.3输入数据。 注意,我们不用填写每一个字段,标识符也不用同模型中显示的顺序一样。但是,标识符-字 段的组合必须符合模型,如果不符合,数据库就会认为是出错。所以, Genomi c canoni cal模 型后不能跟有字段。那些在同一行中标识符后跟有其他信息的输入数据也是错误的。更细致 的关于数据装载过程的讨论见[13],它包括有:大型数据文件的准备,数据的删除,及对象 更名等内容。 查询和表格 ACEDB用査询的语言来应用对象的性质和不同数据间的链接。有几个查询的界面:纯文本的形 式(这里不涉及),一个“原始”的査询工具,用户在查询时直接输入命令;“ query be exmpl e(范例式査询)”工具,它实现功能就象填表一样;“ query bui I der(查询创建 器)”,它帮助用户确切的建立复杂的查询。查询的响应是一系列符合具体标准的对象名 (技术上如图13.1中的 KeySet),査询的语法是固定的,合法的查询必须和模型的结构兼 容,因此 Find Sequence ATHF0O1: Fol l ow Locus 是一个合法的査询。如前所述,它对应于模型和数据,这个查询的回应将列出联系这一序列 的位点,但是查询, Find Sequence AGE>10 虽然符合语法,但是错误的,因为 Sequence类中没有Aqge标识符或相关的字段。如果,一定要 这样査询,可由数据库管理员修改模型,添加相应的字段 ACEDB中还包括有 Tabl eAker,一个用于创建相关表格的工具。它的界面很复杂,但功能很 强,它可让用户从内联的各类中引用和关联信息。相对于前述的査询, Tabl eAker能显示和 检索对象中的信息,而不只是列出对象名。关于查询和 Tabl eAker的教学内容见[14-16 te "AtTHFool Length 3879 Remark a very strange Arabi dopsi s thal i ana DNA Locus"FOOl Genomi c canoni cal Remark "a second remark LoCUs FOOl file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十三章 ACEDB一个基因组信息的数..2005-1-18᭄᥂䕧ܹ ᭄᥂ᰃҹ῵ൟخЎ῵ᵓ䕧ܹࠄACEDBЁⱘDŽ᭄᥂᭛ӊৃ䗮䖛X-windows⬠䴶៪Ⳉ᥹䗮䖛᭄᥂ᑧ ЁⱘੑҸ㸠ᡞ᭄᥂䕧ܹ㒭᭄᥂ᑧⱘ[12]DŽ䖭ϾੑҸ㸠⬠䴶ˈ䖭䞠㱑✊ϡҟ㒡ˈԚ೼Ң݊Ҫ໘ ⧚䖛⿟ⱘ㞾ࡼᬊ䲚᭄᥂᪡԰Ёैᕜ䞡㽕DŽ䖬ৃ೼䖤㸠᭄᥂ᑧᯊˈⳈ᥹ᓎゟϾҎⱘᇍ䈵DŽ䗝⫼ Ҕ咑ᮍ⊩পއѢ᭄᥂ᑧㅵ⧚ਬখ᭄ⱘ䗝ᢽˈ᭄᥂䞣ⱘ໮ᇥ੠᭄᥂ⱘᗻ䋼DŽ㽕ᡞ໻䞣᭄᥂Ң᭛ ӊЁ催ᬜⱘ䕧ܹˈህᕜᇥӮՓ⫼ѸѦᓣⱘᮍ⊩DŽᔧ᭛ӊ㹿䇗⫼ᯊˈⳈ᥹Փ᭄᥂Ḑᓣ࣪ˈ䖬᳝ ϔϾĀ↉㨑āᴹᦣ䗄䖭Ͼᇍ䈵˄⫼ぎ㸠ᴹߚᓔ↣ϔϾ↉㨑˅ˈ↣↉ⱘ㄀ϔ㸠ᘏᰃ㉏ৡˈ᥹ϟ ᴹᰃᇍ䈵ৡˈ᠔ҹᄫ↉䗮䖛ܜѢᅗӀⱘᷛ䆚ヺゟࠏ㹿䆚߿DŽЎࡴܹsequence੠paperᇍ䈵ˈ៥ Ӏᑨབ೒13.3䕧᭄ܹ᥂DŽ ⊼ᛣˈ៥Ӏϡ⫼฿ݭ↣ϔϾᄫ↉ˈᷛ䆚ヺгϡ⫼ৠ῵ൟЁᰒ⼎ⱘ乎ᑣϔḋDŽԚᰃˈᷛ䆚ヺᄫ ↉ⱘ㒘ড়ᖙ乏ヺড়῵ൟˈབᵰϡヺড়ˈ᭄᥂ᑧህӮ䅸Ўᰃߎ䫭DŽ᠔ҹˈGenomic_Canonical῵ ൟৢϡ㛑䎳᳝ᄫ↉DŽ䙷ѯ೼ৠϔ㸠Ёᷛ䆚ヺৢ䎳᳝݊Ҫֵᙃⱘ䕧᭄ܹ᥂гᰃ䫭䇃ⱘDŽ᳈㒚㟈 ⱘ݇Ѣ᭄᥂㺙䕑䖛⿟ⱘ䅼䆎㾕[13]ˈᅗࣙᣀ᳝˖໻ൟ᭄᥂᭛ӊⱘޚˈ໛᭄᥂ⱘߴ䰸ˈঞᇍ䈵 ᳈ৡㄝݙᆍDŽ ᶹ䆶੠㸼Ḑ ACEDB⫼ᶹ䆶ⱘ䇁㿔ᴹᑨ⫼ᇍ䈵ⱘᗻ䋼੠ϡৠ᭄᥂䯈ⱘ䫒᥹DŽ᳝޴Ͼᶹ䆶ⱘ⬠䴶˖㒃᭛ᴀⱘᔶ ᓣ˄䖭䞠ϡ⍝ঞ˅ˈϔϾĀॳྟāⱘᶹ䆶Ꮉ݋೼᠋⫼ˈᶹ䆶ᯊⳈ᥹䕧ܹੑҸ˗“query be exmple˄㣗՟ᓣᶹ䆶˅āᎹ݋ˈᅗᅲ⦄ࡳ㛑ህ䈵฿㸼ϔḋ˗“query builder˄ᶹ䆶߯ᓎ ఼˅āˈᅗᐂࡽ⹂᠋⫼ߛⱘᓎゟ໡ᴖⱘᶹ䆶DŽᶹ䆶ⱘડᑨᰃϔ㋏߫ヺড়݋ᷛԧޚⱘᇍ䈵ৡ ˄ᡔᴃϞབ೒13.1Ёⱘ KeySet˅ˈᶹ䆶ⱘ䇁⊩ᰃ೎ᅮⱘˈড়⊩ⱘᶹ䆶ᖙ乏੠῵ൟⱘ㒧ᵘݐ ᆍˈ಴ℸ Find Sequence ATHFOO1; Follow Locus ᰃϔϾড়⊩ⱘᶹ䆶DŽབࠡ᠔䗄ˈᅗᇍᑨѢ῵ൟ੠᭄᥂ˈ䖭Ͼᶹ䆶ⱘಲᑨᇚ߫ߎ㘨㋏䖭ϔᑣ߫ ⱘԡ⚍ˈԚᰃᶹ䆶ˈ Find Sequence AGE>10 㱑✊ヺড়䇁⊩ˈԚᰃ䫭䇃ⱘˈ಴ЎSequence㉏Ё≵᳝Ageᷛ䆚ヺ៪Ⳍ݇ⱘᄫ↉DŽབᵰˈϔᅮ㽕 䖭ḋᶹ䆶ˈৃ⬅᭄᥂ᑧㅵ⧚ਬׂᬍ῵ൟˈ⏏ࡴⳌᑨⱘᄫ↉DŽ ACEDBЁ䖬ࣙᣀ᳝TableMakerˈϔϾ⫼Ѣ߯ᓎⳌ݇㸼ḐⱘᎹ݋DŽᅗⱘ⬠䴶ᕜ໡ᴖˈԚࡳ㛑ᕜ ᔎˈᅗৃ䅽⫼᠋Ңݙ㘨ⱘ৘㉏Ёᓩ⫼੠݇㘨ֵᙃDŽⳌᇍѢࠡ䗄ⱘᶹ䆶ˈTableMaker㛑ᰒ⼎੠ Ẕ㋶ᇍ䈵Ёⱘֵᙃˈ㗠ϡাᰃ߫ߎᇍ䈵ৡDŽ݇Ѣᶹ䆶੠TableMakerⱘᬭᄺݙᆍ㾕[14-16]DŽ Sequence"ATHFOOI" Length 3879 Remark " a very strange Arabidopsis thaliana DNA." Locus "FOOI" Genomic_canonical Remark " a second remark" Locus "FOOI" ㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ4/12 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com