第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 页码,5/12 Paper "smi th_1997_aahmt 图13.3 ACEDB的数据文件 使用性和安装 ACEDB可从许多免费访问的FTP站点获得。在标准发布中带有为Unix系统的安装说明。还可为 那些需要重新编辑的用户提供资源代码。关于FTP与平台的详细内容可从前面已提到的FAQ中 找到[3]。本章的内容是关于版本4.3的 ACEDB,也是写作本书时的流行版本。新的内容会定期 的出版在 ACEDB的新闻组中[17] ACEDB中的序列分析 引论 图形格式的显示可让用户在 ACEDB中快速收集和分析遗传数据。虽然Map和 Cl one Gird显示, 它们支持遗传图谱和物理图谱项目,并且可用图形显示来代表生物化学的途径,但我们的重 点在序列分析 序列的显示是一种特征图谱( Feature Map,Fmap),它链接有许多工具,其中包括Gene Finder[18]; Blixen,一种 BLAST[19]多重比对观察器[20]:D0TTER,一种点-图程序[21]。 综合这些工具,为序列分析提供了丰富的图形环境。 虽然设计的一般性允许来自于主要模型系统,病原体,和人类的的序列用类似的方法进行分 析,但Fmap最初是为支持线虫(C. elegans)基因组序列计划而开发的。 特征图谱 特征图谱是一种高度可配置的显示格式,图13.4显示了一张来自于 Schi zosaccharomyces pombe的rhp6的己配置的显示样式。该图展现了这种显示形式的一般结构。顶部是按钮和文 字,下面是若干列,这些列从左到右用红色数字记数,下面从左到右加以解释: 1. Locator:绿色的框显示完整序列的蛋白质(黑色条)。移动操作通过:a) Zoom In, Zoom out,和 Whol e按钮;b)点击绿色框并滑动(LM);c)点击定位条中心的右侧 (MM),点击定位条的左侧(LM)可滚动和放缩。 2. Sequence and ends:全白色框和序列对象名(EM:250728),全白框表示几个 sequence(序列)对象重叠群的交叠部分(本例中没有交叠) 3. Summary:黄框中其他颜色条强调某些特性。兰色条界定了“活性区”。 4. Scale:用顶部的 Ori gin文本输入框,重定记数从序列中的强制点开始。 5. Genes:" Genes”这里表示完整的和部分的转录序列[如mRNA或编码序列(CDS:从转译 起始密码子到终止密码子),它决定着外显子结构]。外显子(兰色轮廓框)和内涵子 (线条联着外显子)被显示出 6. Features:暗红色框与除了能从EMBL特征表和 GeneBank记录中找到的基因以外的特征相 联系 7.AG:小黄色框代表着每个阅读框中的潜在的甲硫氨酸转译起始密码子,通过配置 GeneFi nder表,可建造其他的密码子。 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十三章 ACEDB一个基因组信息的数..2005-1-18Paper "smith_1997_aahmt" ೒13.3 ACEDBⱘ᭄᥂᭛ӊ Փ⫼ᗻ੠ᅝ㺙 ACEDBৃҢ䆌໮ܡ䌍䆓䯂ⱘFTPキ⚍㦋ᕫDŽ೼ᷛޚথᏗЁᏺ᳝ЎUnix㋏㒳ⱘᅝ㺙䇈ᯢDŽ䖬ৃЎ 䙷ѯ䳔㽕䞡ᮄ㓪䕥ⱘ⫼᠋ᦤկ䌘⑤ҷⷕDŽ݇ѢFTPϢᑇৄⱘ䆺㒚ݙᆍৃҢࠡ䴶ᏆᦤࠄⱘFAQЁ ᡒࠄ]3]DŽᴀゴⱘݙᆍᰃ݇Ѣ⠜ᴀ4.3ⱘACEDBˈгᰃݭ԰ᴀкᯊⱘ⌕㸠⠜ᴀDŽᮄⱘݙᆍӮᅮᳳ ⱘߎ⠜೼ACEDBⱘᮄ䯏㒘Ё[17]DŽ ACEDBЁⱘᑣ߫ߚᵤ ᓩ䆎 ೒ᔶḐᓣⱘᰒ⼎ৃ䅽⫼᠋೼ACEDBЁᖿ䗳ᬊ䲚੠ߚᵤ䘫Ӵ᭄᥂DŽ㱑✊Map੠Clone Girdᰒ⼎ˈ ᅗӀᬃᣕ䘫Ӵ೒䈅੠⠽⧚೒䈅乍ⳂˈᑊϨৃ⫼೒ᔶᰒ⼎ᴹҷ㸼⫳⠽࣪ᄺⱘ䗨ᕘˈԚ៥Ӏⱘ䞡 ⚍೼ᑣ߫ߚᵤDŽ ᑣ߫ⱘᰒ⼎ᰃϔ⾡⡍ᕕ೒䈅˄Feature Map,Fmap˅ˈᅗ䫒᥹᳝䆌໮Ꮉ݋݊ˈЁࣙᣀGene Finder[18]˗Blixemˈϔ⾡BLAST[19]໮䞡↨ᇍ㾖ᆳ఼[20]˗DOTTERˈϔ⾡⚍೒⿟ᑣ[21]DŽ 㓐ড়䖭ѯᎹ݋ˈЎᑣ߫ߚᵤᦤկњЄᆠⱘ೒ᔶ⦃๗DŽ 㱑✊䆒䅵ⱘϔ㠀ᗻܕ䆌ᴹ㞾ѢЏ㽕῵ൟ㋏㒳ˈ⮙ॳԧˈ੠Ҏ㉏ⱘⱘᑣ߫⫼㉏Ԑⱘᮍ⊩䖯㸠ߚ ᵤˈԚFmap᳔߱ᰃЎᬃᣕ㒓㰿˄C.elegans˅෎಴㒘ᑣ߫䅵ߦ㗠ᓔথⱘDŽ ⡍ᕕ೒䈅 ⡍ᕕ೒䈅ᰃϔ⾡催ᑺৃ䜡㕂ⱘᰒ⼎Ḑᓣˈ೒13.4ᰒ⼎њϔᓴᴹ㞾ѢSchizosaccharomyces pombeⱘrhp6ⱘᏆ䜡㕂ⱘᰒ⼎ḋᓣDŽ䆹೒ሩ⦄њ䖭⾡ᰒ⼎ᔶᓣⱘϔ㠀㒧ᵘDŽ乊䚼ᰃᣝ䪂੠᭛ ᄫˈϟ䴶ᰃ㢹ᑆ߫ˈ䖭ѯ߫ҢᎺࠄে⫼㑶㡆᭄ᄫ䆄᭄ˈϟ䴶ҢᎺࠄেࡴҹ㾷䞞˖ 1. Locator: 㓓㡆ⱘḚᰒ⼎ᅠᭈᑣ߫ⱘ㲟ⱑ䋼˄咥㡆ᴵ˅DŽ⿏ࡼ᪡԰䗮䖛˖a)Zoom Inˈ Zoom Outˈ੠Wholeᣝ䪂˗b)⚍ߏ㓓㡆Ḛᑊ⒥ࡼ˄LM˅˗c)⚍ߏᅮԡᴵЁᖗⱘেջ ˄MM˅ˈ⚍ߏᅮԡᴵⱘᎺջ˄LM˅ৃ⒮ࡼ੠ᬒ㓽DŽ 2. Sequence and ends˖ܼⱑ㡆Ḛ੠ᑣ߫ᇍ䈵ৡ˄EM˖250728˅ˈܼⱑḚ㸼⼎޴Ͼ sequence˄ᑣ߫˅ᇍ䈵䞡঴㕸ⱘѸ঴䚼ߚ˄ᴀ՟Ё≵᳝Ѹ঴˅DŽ 3. Summary˖咘ḚЁ݊Ҫ买㡆ᴵᔎ䇗ᶤѯ⡍ᗻDŽ݄㡆ᴵ⬠ᅮњĀ⌏ᗻऎāDŽ 4. Scale˖⫼乊䚼ⱘOrigin᭛ᴀ䕧ܹḚˈ䞡ᅮ䆄᭄Ңᑣ߫Ёⱘᔎࠊ⚍ᓔྟDŽ 5. Genes˖“Genes”䖭䞠㸼⼎ᅠᭈⱘ੠䚼ߚⱘ䕀ᔩᑣ߫>བmRNA៪㓪ⷕᑣ߫˄CDS˖Ң䕀䆥 䍋ྟᆚⷕᄤࠄ㒜ℶᆚⷕᄤ˅ˈᅗއᅮⴔ໪ᰒᄤ㒧ᵘ@DŽ໪ᰒᄤ˄݄㡆䕂ᒧḚ˅੠ݙ⎉ᄤ ˄㒓ᴵ㘨ⴔ໪ᰒᄤ˅㹿ᰒ⼎ߎDŽ 6. Features: ᱫ㑶㡆ḚϢ䰸њ㛑ҢEMBL⡍ᕕ㸼੠GeneBank䆄ᔩЁᡒࠄⱘ෎಴ҹ໪ⱘ⡍ᕕⳌ 㘨㋏DŽ 7. ATG˖ᇣ咘㡆Ḛҷ㸼ⴔ↣Ͼ䯙䇏ḚЁⱘ┰೼ⱘ⬆⸿⇼䝌䕀䆥䍋ྟᆚⷕᄤˈ䗮䖛䜡㕂 GeneFinder㸼ˈৃᓎ䗴݊ҪⱘᆚⷕᄤDŽ ㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ5/12 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com