第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 页码,6/12 8. ORFS:黑色水平线代表每个开放阅读框中的终止密码子。第二阅读框这里也被显示。 9. Gene Finder Codi ng Sequence:灰色框表示高概率蛋白编码的区域。 10. Codi ng Frame:兰色轮廓框表示阅读框,从中可得到每个外显子。 11. Pssearch:青色框表示相对PROS|TE数据库中一个基元的匹配。 12.BAS7K:兰色框代表局部最大成对节段( maxi mal segment pairs,MSPs)(在 BLAST中 称HSPs,见第七章)。它来自蛋白质序列中的 BLASTX查找。 13. Gene trans/ ati on:通过点击(RM)基因可动态转录和染色,这将击活一个菜单,选取 选项 Show trans| ati on和 Col or exons。 14. BLASIM:黄色框代表从核苷数据库的 BLASTN查找中查出的MSPs。 15./ NIRON HMM浅橘黄色框代表了一个内涵子预测程序的预测结果。 16. Gene Finder splice Si te:向上指的点线代表剪接受体,下指点线是剪接供体。(染 色的位点是在同一区段内),在基因预测时将用到绿色的特征(剪接位点,ATG密码子,和中 止密码子)。 17. DNA Sequence:核苷序列和其同等物。碱基(Base)1被设置为转译起始密码子A(甲硫 氨酸,ATG)。通过选择点击基因(RM)产生的菜单中的 Col or Exon选项,外显子高亮成黄 色,剪接的密码子成紫色,终止密码子成红色。序列从5′到3′端,点击Rev-Comp按钮 (LM)可显示相应的一列。Rev-Comp菜单(RM)中有选项来单独反转和补充序列 图134 Sequence(序列)对象的显示主要通过点击 Col umn按钮来配置,其中有很多触发器来打开或 关闭各列。图13.4中并没有显示全部序列,显示那些列由数据库的设置来决定。一些列是通 用的(ATG,ORFS,和DNA),一些取决于 GeneFi nder的安装(如 GEnerI nder Codi ng egments和 GeneFi nder Spl ice Si te),其他取决于特定数据库的监护( curati on)。管理 员还能加入代表外部程序分析序列结果的列(如 BLASTX, BLASTN, I NTRON,HM等)。 选取一个特征可把相应的序列高亮成粉色,相应特征的信息显示在顶部的兰色拦中。图13.4 中,CES的最后一个外显子被选种。如果所选的特征是一个数据库的对象的话,双击可产生 个文本窗口,可浏览Fmap显示下的数据 Efetch和B|ixem 选择一个代表 BLASTN和 BLASTX数据库查找结果的框,将击活一个带有两个选项 Efetch和 Anal yse in Bl i xem的菜单。 Efetch[22]是一个 ACEDB的外部程序,当需要数据库(如BMBL或 GeneBank)中的数据时,它开始检索,它还可以存储 ACEDB中是所有序列的记录。如果序列的 数量很大,大量的同源物会影响该选项在分配 ACEDB数据库时是灵敏性。如果,主序列数据库 已被使用,那取回的( Fetchi ng)记录也要去除用户系统中的多余数据。如果,序列数据库 同其他程序同被索引,诸如 Sequence Retrieval System(见第五章)。用简单的脚本, Efetch就能被仿效,如同程序文献资料提到的那样 菜单中的第二个选项可运行 Bli xm[20],一个用来显示 BLAST比对的程序。图13.5也是以部分 的S. pombe rhp6基因为例,来说明从 BLASTX框中击活的 BLI XEM窗口。在顶部,是以序列MsPs 的识别率的百分比来显示序列位置的,用若干平行的线条来代表MSPs,用高亮的框来限制比 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十三章 ACEDB一个基因组信息的数..2005-1-188. ORFs˖咥㡆∈ᑇ㒓ҷ㸼↣Ͼᓔᬒ䯙䇏ḚЁⱘ㒜ℶᆚⷕᄤDŽ㄀Ѡ䯙䇏Ḛ䖭䞠г㹿ᰒ⼎DŽ 9. Gene Finder Coding Sequence˖♄㡆Ḛ㸼⼎催ὖ⥛㲟ⱑ㓪ⷕⱘऎඳDŽ 10. Coding Frame˖݄㡆䕂ᒧḚ㸼⼎䯙䇏ḚˈҢЁৃᕫࠄ↣Ͼ໪ᰒᄤDŽ 11. Pssearch˖䴦㡆Ḛ㸼⼎ⳌᇍPROSITE᭄᥂ᑧЁϔϾ෎ܗⱘऍ䜡DŽ 12. BLASTX˖݄㡆Ḛҷ㸼ሔ䚼᳔໻៤ᇍ㡖↉˄maximal segment pairs,MSPs˅˄೼BLASTЁ ⿄HSPsˈ㾕㄀ϗゴ˅DŽᅗᴹ㞾㲟ⱑ䋼ᑣ߫ЁⱘBLASTXᶹᡒDŽ 13. Gene Translation˖䗮䖛⚍ߏ˄RM˅෎಴ৃࡼᗕ䕀ᔩ੠ᶧ㡆ˈ䖭ᇚߏ⌏ϔϾ㦰ऩˈ䗝প 䗝乍Show Translation੠Color ExonsDŽ 14. BLASTN˖咘㡆Ḛҷ㸼ҢḌ㣋᭄᥂ᑧⱘBLASTNᶹᡒЁᶹߎⱘMSPsDŽ 15. INTRON_HMM˖⌙‬咘㡆Ḛҷ㸼њϔϾݙ⎉ᄤ乘⌟⿟ᑣⱘ乘⌟㒧ᵰDŽ 16. Gene Finder Splice Site˖৥Ϟᣛⱘ⚍㒓ҷ㸼࠾᥹ফԧˈϟᣛ⚍㒓ᰃ࠾᥹կԧDŽ˄ᶧ 㡆ⱘԡ⚍ᰃ೼ৠϔऎ↉ݙ಴෎೼ˈ˅乘⌟ᯊᇚ⫼ࠄ㓓㡆ⱘ⡍ᕕ˄࠾᥹ԡ⚍ˈATGᆚⷕᄤˈ੠Ё ℶᆚⷕᄤ˅DŽ 17. DNA Sequence˖Ḍ㣋ᑣ߫੠݊ৠㄝ⠽DŽ⺅෎˄Base˅㹿䆒㕂Ў䕀䆥䍋ྟᆚⷕᄤ$˄⬆⸿ ⇼䝌ˈATG˅DŽ䗮䖛䗝ᢽ⚍ߏ˄಴෎RM˅ѻ⫳ⱘ㦰ऩЁⱘColor Exon䗝乍ˈ໪ᰒᄤ催҂៤咘 㡆ˈ࠾᥹ⱘᆚⷕᄤ៤㋿㡆ˈ㒜ℶᆚⷕᄤ៤㑶㡆DŽᑣ߫Ң5’ࠄ3’ッˈ⚍ߏRev-Compᣝ䪂 ˄LM˅ৃᰒ⼎Ⳍᑨⱘϔ߫DŽRev-Comp㦰ऩ˄RM˅Ё᳝䗝乍ᴹऩ⣀ড䕀੠㸹ܙᑣ߫DŽ ೒13.4 Sequence˄ᑣ߫˅ᇍ䈵ⱘᰒ⼎Џ㽕䗮䖛⚍ߏColumnᣝ䪂ᴹ䜡㕂ˈ݊Ё᳝ᕜ໮㾺থ఼ᴹᠧᓔ៪ ݇䯁৘߫DŽ೒13.4Ёᑊ≵᳝ᰒ⼎ܼ䚼ᑣ߫ˈᰒ⼎䙷ѯ߫⬅᭄᥂ᑧⱘ䆒㕂ᴹއᅮDŽϔѯ߫ᰃ䗮 ⫼ⱘ˄ATGˈORFsˈ੠DNA˅ˈϔѯপއѢGeneFinderⱘᅝ㺙˄བGeneFinder Coding Segments੠GeneFinder Splice Site˅ˈ݊ҪপއѢ⡍ᅮ᭄᥂ᑧⱘⲥᡸ˄curation˅DŽㅵ⧚ ਬ䖬㛑ࡴܹҷ㸼໪䚼⿟ᑣߚᵤᑣ߫㒧ᵰⱘ߫˄བBLASTXˈBLASTNˈINTRONˈHMMㄝ˅DŽ 䗝পϔϾ⡍ᕕৃᡞⳌᑨⱘᑣ߫催҂៤㉝㡆ˈⳌᑨ⡍ᕕⱘֵᙃᰒ⼎೼乊䚼ⱘ݄㡆ᢺЁDŽ೒13.4 ЁˈCESⱘ᳔ৢϔϾ໪ᰒᄤ㹿䗝⾡DŽབᵰ᠔䗝ⱘ⡍ᕕᰃϔϾ᭄᥂ᑧⱘᇍ䈵ⱘ䆱ˈঠߏৃѻ⫳ϔ Ͼ᭛ᴀにষˈৃ⌣㾜Fmapᰒ⼎ϟⱘ᭄᥂DŽ Efetch੠Blixem 䗝ᢽϔϾҷ㸼BLASTN੠BLASTX᭄᥂ᑧᶹᡒ㒧ᵰⱘḚˈᇚߏ⌏ϔϾᏺ᳝ϸϾ䗝乍Efetch੠ Analyse in Blixemⱘ㦰ऩDŽEfetch[22]ᰃϔϾACEDBⱘ໪䚼⿟ᑣˈᔧ䳔㽕᭄᥂ᑧ˄བBMBL៪ GeneBank˅Ёⱘ᭄᥂ᯊˈᅗᓔྟẔ㋶ˈᅗ䖬ৃҹᄬټACEDBЁᰃ᠔᳝ᑣ߫ⱘ䆄ᔩDŽབᵰᑣ߫ⱘ ᭄䞣ᕜ໻ˈ໻䞣ⱘৠ⑤⠽Ӯᕅડ䆹䗝乍೼ߚ䜡ACEDB᭄᥂ᑧᯊᰃ♉ᬣᗻDŽབᵰˈЏᑣ᭄߫᥂ᑧ Ꮖ㹿Փ⫼ˈ䙷পಲⱘ˄Fetching˅䆄ᔩг㽕এ䰸⫼᠋㋏㒳Ёⱘ໮ԭ᭄᥂DŽབᵰˈᑣ᭄߫᥂ᑧ ৠ݊Ҫ⿟ᑣৠ㹿㋶ᓩˈ䇌བSequence Retrieval System˄㾕㄀Ѩゴ˅DŽ⫼ㅔऩⱘ㛮ᴀˈ Efetchህ㛑㹿ӓᬜˈབৠ⿟ᑣ᭛⤂䌘᭭ᦤࠄⱘ䙷ḋDŽ 㦰ऩЁⱘ㄀ѠϾ䗝乍ৃ䖤㸠Blixm[20]ˈϔϾ⫼ᴹᰒ⼎BLAST↨ᇍⱘ⿟ᑣDŽ೒13.5гᰃҹ䚼ߚ ⱘS.pombe rhp6෎಴Ў՟ˈᴹ䇈ᯢҢBLASTXḚЁߏ⌏ⱘBLIXEMにষDŽ೼乊䚼ˈᰃҹᑣ߫MSPs ⱘ䆚߿⥛ⱘⱒߚ↨ᴹᰒ⼎ᑣ߫ԡ㕂ⱘˈ⫼㢹ᑆᑇ㸠ⱘ㒓ᴵᴹҷ㸼MSPsˈ⫼催҂ⱘḚᴹ䰤ࠊ↨ ㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ6/12 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com