第八章多序列比对的实际应用 页码,2/11 的关系,于是,基于邻近加入方法,这个矩阵被用来计算出一个系统发生辅助树。这个辅助 树,加权后可以证实极相近的序列,然后以双重比对极相近的序列开始,为组建比对提供基 础,然后重新比对下一个加入的比对,依次类推。如果加入的序列较多,那么毫无疑问,必 须加入空位以适应序列的差异,但是加入空位必须接受空位开放罚分和空位扩展罚分。在绝 大多数情况下,使用者不会在比对时加入结构信息,但是空位开放补偿利用了可以出现在a 螺旋或β-折叠末端的特殊残基以及空位罚分所偏好的残基,众所周知,这些残基更喜欢显示 这个特异性。已经存在的空位的扩展原则很简单,只是要在那些极有可能在结构中形成弯曲 的位点扩展空位,这些空位扩展罚分计算是有位置决定的 为了介绍基于UNX平台的 CLUSTAL W的使用,考虑一下从四种不同物种来源的UA蛋白(人 类,鼠,Ⅹ enopus I nevis和果蝇)。这四种输入序列放在一个单独的文件中,作成六种可以 接受的格式中的一种,然后在UNX提示符下执行 clustal w,用户必须执行命令才会看见主菜 单 大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大 太杰 CLUSTAL W(1.60) Mul ti pl e Sequence A| i gnments*水大 大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大★大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大大 1. Sequence Input From Di sc 2. Mul ti pl e Al i gnments 3. Profile/ structure al i gnments 4. Phyl ogenetic trees S. Execute a system command H. HELP X. EXIT (I eave program) Your choi ce: 1 选择菜单中的选项1( Sequence Input From Di sc)以输入要比对的序列,选择1后会出现序列 输入菜单 Sequences should al l be in 1 ti tle 6 formats accepted NBRF PIR, EMBl, Swi ssProt, Peat son(Fasta), GDE, Cl ustal, GCG MSF Enter the name of the sequence file: UIA segs 系统会提示用户有六种可以接受的格式,然后会提问输入序列的文件名,在这里序列输入文 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第八章多序列比对的实际应用.htm 2005-1-18ⱘ݇㋏ˈѢᰃˈ෎Ѣ䚏䖥ࡴܹᮍ⊩ˈ䖭Ͼⶽ䰉㹿⫼ᴹ䅵ㅫߎϔϾ㋏㒳থ⫳䕙ࡽᷥDŽ䖭Ͼ䕙ࡽ ᷥˈࡴᴗৢৃҹ䆕ᅲᵕⳌ䖥ⱘᑣ߫ˈ✊ৢҹঠ䞡↨ᇍᵕⳌ䖥ⱘᑣ߫ᓔྟˈЎ㒘ᓎ↨ᇍᦤկ෎ ⸔ˈ✊ৢ䞡ᮄ↨ᇍϟϔϾࡴܹⱘ↨ᇍˈձ⃵㉏᥼DŽབᵰࡴܹⱘᑣ߫䕗໮ˈ䙷М↿᮴⭥䯂ˈᖙ 乏ࡴܹぎԡҹ䗖ᑨᑣ߫ⱘᏂᓖˈԚᰃࡴܹぎԡᖙ乏᥹ফぎԡᓔᬒ㔮ߚ੠ぎԡᠽሩ㔮ߚDŽ೼㒱 ໻໮᭄ᚙމϟˈՓ⫼㗙ϡӮ೼↨ᇍᯊࡴܹ㒧ᵘֵᙃˈԚᰃぎԡᓔᬒ㸹߽ٓ⫼њৃҹߎ೼⦃Į- 㶎ᮟ៪ȕᡬ঴᳿ッⱘ⡍⅞⅟෎ҹঞぎԡ㔮ߚ᠔أདⱘ⅟෎ˈӫ᠔਼ⶹˈ䖭ѯ⅟෎᳈୰⃶ᰒ⼎ 䖭Ͼ⡍ᓖᗻDŽᏆ㒣ᄬ೼ⱘぎԡⱘᠽሩॳ߭ᕜㅔऩˈাᰃ㽕೼䙷ѯᵕ᳝ৃ㛑೼㒧ᵘЁᔶ៤ᔃ᳆ ⱘԡ⚍ᠽሩぎԡˈ䖭ѯぎԡᠽሩ㔮ߚ䅵ㅫᰃ᳝ԡ㕂އᅮⱘDŽ Ўњҟ㒡෎ѢUNIXᑇৄⱘCLUSTAL WⱘՓ⫼ˈ㗗㰥ϔϟҢಯ⾡ϡৠ⠽⾡ᴹ⑤ⱘUIA㲟ⱑ˄Ҏ ㉏ˈ哴ˈXenopus laevis੠ᵰ㴛˅DŽ䖭ಯ⾡䕧ܹᑣ߫ᬒ೼ϔϾऩ⣀ⱘ᭛ӊЁˈ԰៤݁⾡ৃҹ ᥹ফⱘḐᓣЁⱘϔ⾡ˈ✊ৢ೼UNIXᦤ⼎ヺϟᠻ㸠clustalwˈ⫼᠋ᖙ乏ᠻ㸠ੑҸᠡӮⳟ㾕Џ㦰 ऩ: ********************************************************************* **********CLUSTAL W(1.60) Multiple Sequence Alignments****************** ********************************************************************* 1. Sequence Input From Disc 2. Multiple Alignments 3. Profile / Structure Alignments 4. Phylogenetic trees S. Execute a system command H. HELP X. EXIT (leave program) Your choice: 1 䗝ᢽ㦰ऩЁⱘ䗝乍1(Sequence Input From Disc)ҹ䕧ܹ㽕↨ᇍⱘᑣ߫ˈ䗝ᢽৢӮߎ⦃ᑣ߫ 䕧ܹ㦰ऩ: Sequences should all be in 1 title. 6 formats accepted: NBRF PIR, EMBI, SwissProt, Peat son (Fasta), GDE, Clustal, GCG MSF. Enter the name of the sequence file: UIA.seqs ㋏㒳Ӯᦤ⼎⫼᠋᳝݁⾡ৃҹ᥹ফⱘḐᓣˈ✊ৢӮᦤ䯂䕧ܹᑣ߫ⱘ᭛ӊৡˈ೼䖭䞠ᑣ߫䕧ܹ᭛ ㄀ܿゴ໮ᑣ߫↨ᇍⱘᅲ䰙ᑨ⫼ 义ⷕˈ2/11 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ܿゴ໮ᑣ߫↨ᇍⱘᅲ䰙ᑨ⫼.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com