第八章多序列比对的实际应用 页码,3/11 件名为UA.seqs,一旦输入这个文件名,屏幕上会显示读取文件的过程,然后返回主菜单, 这时,用户可以选择选项2进行多序列比对 大大大大大大大大大大大大★大大 MULTI PLE ALI GNMENT MENU*大大大大大大大大*大大大大来 1. D0 COMPLETE MULTI PLE ALI GNMENT NOW(SI OW/Accurate 2. Produce gui de tree file onl y 3. do al i gnment usi ng ol d gui de tree file 4. Toggle Sl ow Fast pai rwi se al i gnments= SLOW 5. Pai rwi se al i gnment parameters 6. Mul tipl e al i gnment parameters 7. Reset gaps between al i gnments?= ON 8. Toggl e screen di spl ay= ON 9. Output format opti ons S. Execute a system command H. HELP or press [RETURN] to go back to mai n menu Your choi ce: 1 从这一点看,用户在执行多序列比对时有很多选择的自由,举例来说,在 Mul ti pl e A| i gnment Parameters下,用户可以实际空位开放和扩展的罚分,指出在组建辅助树时分歧 到什么程度证明可以跳过一个序列,选择一个分值矩阵( BLOSUM或PAM),并且可以选择当 个亲水残基出现(或缺失)在一个特异位点时,是否要执行特异性罚分,如果需要,要罚多 少分。在 Pai rwi se Al i gnment Parameters下,用户可以调整用于慢比对和快比对的罚分和窗 口大小。因为在这个例子中,我们没有可以用来指示我们改变比对参数的任何信息,因此只 有选择选项1(" Do compl ete mul ti pl e al i gnment now")。选择选项1后,程序会在屏幕 上显示构件辅助树的过程,然后开始真正的所序列比对 CLUSTA W结束时,会显示最终的比对结果,上述的例子的结果显示在图8.1中。在比对下方 些位点被标记为星号或圆点,这些标记分别显示这些残基在序列中是绝对或是高度保守 的。如果返回的比对出现太多的空位或是不考虑这些蛋白的任何已知信息,用户就可以再修 正参数,然后返回程序,看它是否影响最终的比对。 CLUSTAL W(1. 60)mul ti pl s sequence al i gnment hum-UlA ------MAVPETRPNHTI YI NNLNEKI KKDELKKSLYAI FSQFGQI LDI LVSRSLKMRGQ mse-UlA MATLATMPVPETRANHTI YI NNLNEKI KKDELKKSLYAL SOFGOI LDI LVSRIMKMRGQ xI a-UIA ------MSI OEVRPNNTL YI NNLNEKI KKDELKKSLYAL ESOFGOI LDELVSRNLKMRGO file://E:wcb生物信息学(中译本)\第八章多序列比对的实际应用.htm 2005-1-18ӊৡЎUIA.seqsˈϔᮺ䕧ܹ䖭Ͼ᭛ӊৡˈሣᐩϞӮᰒ⼎䇏প᭛ӊⱘ䖛⿟ˈ✊ৢ䖨ಲЏ㦰ऩˈ 䖭ᯊˈ⫼᠋ৃҹ䗝ᢽ䗝乍䖯㸠໮ᑣ߫↨ᇍ: **************** MULTIPLE ALIGNMENT MENU ***************** 1. DO COMPLETE MULTIPLE ALIGNMENT NOW (Slow / Accurate) 2. Produce guide tree file only 3. do alignment using old guide tree file 4. Toggle Slow Fast pairwise alignments = SLOW 5. Pairwise alignment parameters 6. Multiple alignment parameters 7. Reset gaps between alignments? = ON 8. Toggle screen display = ON 9. Output format ooptions S. Execute a system command H. HELP or press [RETURN] to go back to main menu Your choice: 1 Ң䖭ϔ⚍ⳟˈ⫼᠋೼ᠻ㸠໮ᑣ߫↨ᇍᯊ᳝ᕜ໮䗝ᢽⱘ㞾⬅ˈВ՟ᴹ䇈ˈ೼Multiple Alignment Parametersϟˈ⫼᠋ৃҹᅲ䰙ぎԡᓔᬒ੠ᠽሩⱘ㔮ߚˈᣛߎ೼㒘ᓎ䕙ࡽᯊᷥߚFAX ࠄҔМ⿟ᑺ䆕ᯢৃҹ䏇䖛ϔϾᑣ߫ˈ䗝ᢽϔϾߚؐⶽ䰉˄BLOSUM៪PAM˅ˈᑊϨৃҹ䗝ᢽᔧϔ Ͼ҆∈⅟෎ߎ៪˄⦃㔎༅˅೼ϔϾ⡍ᓖԡ⚍ᯊˈᰃ৺㽕ᠻ㸠⡍ᓖᗻ㔮ߚˈབᵰ䳔㽕ˈ㽕㔮໮ ᇥߚDŽ೼Pairwise Alignment Parametersϟˈ⫼᠋ৃҹ䇗ᭈ⫼Ѣ᜶↨ᇍ੠ᖿ↨ᇍⱘ㔮ߚ੠に ষ໻ᇣDŽ಴Ў೼䖭Ͼ՟ᄤЁˈ៥Ӏ≵᳝ৃҹ⫼ᴹᣛ⼎៥Ӏᬍব↨ᇍখ᭄ⱘӏԩֵᙃˈ಴ℸা ᳝䗝ᢽ䗝乍˄”Do complete multiple alignment now”˅DŽ䗝ᢽ䗝乍ৢˈ⿟ᑣӮ೼ሣᐩ Ϟᰒ⼎ᵘӊ䕙ࡽᷥⱘ䖛⿟ˈ✊ৢᓔྟⳳℷⱘ᠔ᑣ߫↨ᇍDŽ CLUSTA W㒧ᴳᯊˈӮᰒ⼎᳔㒜ⱘ↨ᇍ㒧ᵰˈϞ䗄ⱘ՟ᄤⱘ㒧ᵰᰒ⼎೼೒8.1ЁDŽ೼↨ᇍϟᮍˈ ϔѯԡ⚍㹿ᷛ䆄Ў᯳ো៪೚⚍ˈ䖭ѯᷛ䆄߿ߚᰒ⼎䖭ѯ⅟෎೼ᑣ߫Ёᰃ㒱ᇍ៪ᰃ催ᑺֱᅜ ⱘDŽབᵰ䖨ಲⱘ↨ᇍߎ໮໾⦃ⱘぎԡ៪ᰃϡ㗗㰥䖭ѯ㲟ⱑⱘӏԩᏆⶹֵᙃˈ⫼᠋ህৃҹݡׂ ℷখ᭄ˈ✊ৢ䖨ಲ⿟ᑣˈⳟᅗᰃ৺ᕅડ᳔㒜ⱘ↨ᇍDŽ CLUSTAL W (1.60) multipls sequence alignment hum-U1A ------MAVPETRPNHTIYINNLNEKIKKDELKKSLYAIFSQFGQILDILVSRSLKMRGQ mse-U1A MATIATMPVPETRANHTIYINNLNEKIKKDELKKSLYAIFSQFGQILDILVSRIMKMRGQ xla-U1A ------MSIQEVRPNNTIYINNLNEKIKKDELKKSLYAIFSQFGQILDELVSRNLKMRGQ ㄀ܿゴ໮ᑣ߫↨ᇍⱘᅲ䰙ᑨ⫼ 义ⷕˈ3/11 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ܿゴ໮ᑣ߫↨ᇍⱘᅲ䰙ᑨ⫼.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com