BLA8TP2.2,10【0ct-19-2004] Identifier of query Query=gi12517444gbAAG58041.1AE005521 9 ribosephosphate sequence isomerase, constitutive [Escherichia coli 0157:H7] (219 letters) Database:All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples 2,205,431 sequences;747,548,157 total letters Distribution of 268 Blast Hits on the Query Sequence Score E ldentifier of Sequences producing significant alignments: (bits)value homologous sequence gi42943 emb|CAA47309.1 unnamed protein product [E.coli] 427 e-118 bond in search gi12517444gbAAG58041.1 ribosephosphate isomerase,const... 927 e-118 Name [species] of homologous gi33126317gbAAK95569.1 ribose 5-phosphate isomerase [H.sapiens]117 2e-25 protein gi29897136gbAAP10413.1 Phosphoglycerate mutase [B.cereus] 370.35 gi|33126317|gb|AAK95569.1| ribose 5-phosphate isomerase [Homo sapiens] Length 237 Amino acid Score 117 bits (294),Expect 2e-25 Sequence 1dent1t1es=82/224(36告)，Positives=118/224(52告)，Gaps=15/224(6者) being queried Query:4 DELKKAVGWAALQ-YVQPGTIVGVGTGSTAAHPIDALGTMKGQIE---GAVSSSDASTEK 59 Sequence of +E KK G AA+++V+ ++G+G+GST H++ Q ++S++ homologous Sbict:5 EEAKKLAGRAAVENHVRNNOVLGIGSGSTIVHAVORIAERVKOENLNLVCIPTSFQAROL 64 protein from Homo sapiens Query:60 LKSLGIHVFDLNEVDSLGIYVDGADEINGHMQMIKGGGAALTREKIIASVAEKFICIADA 119 G++DL+ ++DGADE++ +IKGGG LT+EKI+AA +FI IAD Plus sign Sbict:65 ILQYGLTLSDLDRHPEIDLAIDGADEVDADLNLIKGGGGCLTQEKIVAGYASRFIVIADF 124 "positive,"a frequent Query:120 SKOVDILG---KFPLPVEVIPMARSAVARQL-VKLGGRPEYROG------VVTDNGNVIL 169 substitution IG +P+EVIPMA V+R+K GG E R VVTDNGN IL Sbjct:125 RKDSKNLGDQWHKGIPIEVIPMAYVPVSRAVSQKFGGVVELRMAVNKAGPVVTDNGNFIL 184 Letter= Query:170 DVHGMEILDPIAMENAINAIPGVVTVGLFANRGADVALIGTPDG 213 identity +AI IPGVV GLE N A+ G DG i.e the two Sbjct:185 DWKFDRVHKWSEVNTAIKMIPGVVDTGLFINM-AERVYFGMODG 227 sequences Figure 6-13 Biochemistry,Sixth Edition 2007 W.H.Freeman and Company 图6.13 BLAST搜寻的结果。用Ecoli核糖5-磷酸异构酶（也称为磷酸戊糖异构酶）的序列 BLAST搜寻非冗余序列(n)数据库的部分结果。其中有268个序列是人类同源蛋白的垂直同 源物。这些序列的比对用黄色标出。E数据（用红色标出）显示偶然出现同一水平类似性的 几率是2x1025。由于这个数据远远低于1，因此这种序列比对具有显著的统计意义。 6.3三维结构比较有助于进化关系研究 蛋白质序列比较是了解蛋白质功能和亲缘关系的有力工具。但是，生物分子的功能更取 决于它的三维结构。只有功能才能反映序列变异的效果，而功能是由分子的空间结构决定的。 因此，为了深入了解蛋白质的进化关系，我们必须考虑蛋白质的三维结构，尤其是与三维结 构相关的氨基酸序列。第3章我们介绍了测定蛋白质结构的方法。图 6.13 BLAST 搜寻的结果。用 Ecoli 核糖 5-磷酸异构酶（也称为磷酸戊糖异构酶）的序列 BLAST 搜寻非冗余序列(nr)数据库的部分结果。其中有 268 个序列是人类同源蛋白的垂直同 源物。这些序列的比对用黄色标出。E 数据（用红色标出）显示偶然出现同一水平类似性的 几率是 2 x 10 -25。由于这个数据远远低于 1，因此这种序列比对具有显著的统计意义。 6.3 三维结构比较有助于进化关系研究 蛋白质序列比较是了解蛋白质功能和亲缘关系的有力工具。但是，生物分子的功能更取 决于它的三维结构。只有功能才能反映序列变异的效果，而功能是由分子的空间结构决定的。 因此，为了深入了解蛋白质的进化关系，我们必须考虑蛋白质的三维结构，尤其是与三维结 构相关的氨基酸序列。第 3 章我们介绍了测定蛋白质结构的方法