第四章应用GCG进行序列分析 页码,7/15 咳酸数据库的条目通常有关于位置、编码区、单独的内含子和外显子以及聚腺苷酸化位点的 特征。SwSS- PROTPI US条目通常有关于已知蛋白质模式 modi f的位置、翻译后修饰位点以及二 级结构的特征。这些特征可以在 SeqLab Edi tor中通过涂色残基( Features Col ori ng)或示意 图( Graphic Features)观察到。 选择特征显示方式的方法如下 1。选定 Di spl ay方式按钮中的 Features Col ori ng。 2。选定 Di spl ay方式按钮中的 Graphi cs Features 图4.6的上图给出了一组对比的数据库条目的图形特征显示的实例。 Sealab主窗口(图4.1) 中的1:1滑动条可用于改变示意图的水平比例 通过选取 Wi ndows菜单的 Features选项可以显示一个条目的数据库特征。这一操作将打开一个 Sequence Features窗口(图4.6)。用户可以选择观看所有的特征或是只看选中的那部分特 征。在 Sequence Features窗口上部区域选取一个特征时在下部区域中会显示关于这个特征的 详细信息。双击一个条目中的一个特征也可以打开这个窗口。 SeaLabε di tor另一个独特同时的也是非常有用的特征是可以增加特征或编辑现有特征。这一 操作可以在 Sequence Features和 Feature edi tor窗口中完成(图4.6)。 增加一个特征的方法如下: 1。用光标加亮一个区域(或在 Feature Edi tor的文本框中From和To区域中填上起止范 围) 2。选中 Wi ndows菜单的 Features选项 3。在 Sequence Features窗口中选中Add按钮。 。在 Feature Edi tor窗口中选中 Shape and col or按钮 5。在 Feature Edi tor窗口的关键词文本框中键入特征名。 6。在 Feature Edi tor出口的 Comments域中键入详细的注释。 7。单击K按钮和Cose按钮。 编辑一个特征的方法如下 1。选中 Wi ndows菜单的 Features选项。 2。在 Sequence Features窗口中选中要编辑的特征。 3。在 Sequence Features窗口中选中Edit按钮。 4。修改 Feature edi tor窗口中的形状、颜色、范围、关键词或注释。 5。单击0K按钮和 Close按钍 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第四章应用GCG进行序列分析.htm 2005-1-18Ḍ䝌᭄᥂ᑧⱘᴵⳂ䗮ᐌ᳝݇Ѣԡ㕂ǃ㓪ⷕऎǃऩ⣀ⱘݙ৿ᄤ੠໪ᰒᄤҹঞ㘮㝎㣋䝌࣪ԡ⚍ⱘ ⡍ᕕDŽSWISS-PROTPlusᴵⳂ䗮ᐌ᳝݇ѢᏆⶹ㲟ⱑ䋼῵ᓣmodifⱘԡ㕂ǃ㗏䆥ৢׂ佄ԡ⚍ҹঞѠ 㑻㒧ᵘⱘ⡍ᕕDŽ䖭ѯ⡍ᕕৃҹ೼SeqLab EditorЁ䗮䖛⍖㡆⅟෎˄Features Coloring)៪⼎ᛣ ೒˄Graphic Features˅㾖ᆳࠄDŽ 䗝ᢽ⡍ᕕᰒ⼎ᮍᓣⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽ䗝ᅮDisplayᮍᓣᣝ䪂ЁⱘFeatures ColoringDŽ DŽ䗝ᅮDisplayᮍᓣᣝ䪂ЁⱘGraphics FeaturesDŽ ೒4.6ⱘϞ೒㒭ߎњϔ㒘ᇍ↨ⱘ᭄᥂ᑧᴵⳂⱘ೒ᔶ⡍ᕕᰒ⼎ⱘᅲ՟DŽSeaLabЏにষ˄೒4.1˅ Ёⱘ˖⒥ࡼᴵৃ⫼Ѣᬍব⼎ᛣ೒ⱘ∈ᑇ↨՟DŽ 䗮䖛䗝পWindows㦰ऩⱘFeatures䗝乍ৃҹᰒ⼎ϔϾᴵⳂⱘ᭄᥂ᑧ⡍ᕕDŽ䖭ϔ᪡԰ᇚᠧᓔϔϾ Sequence Featuresにষ˄೒4.6˅DŽ⫼᠋ৃҹ䗝ᢽ㾖ⳟ᠔᳝ⱘ⡍ᕕ៪ᰃাⳟ䗝Ёⱘ䙷䚼ߚ⡍ ᕕDŽ೼Sequence FeaturesにষϞ䚼ऎඳ䗝পϔϾ⡍ᕕᯊ೼ϟ䚼ऎඳЁӮᰒ⼎݇Ѣ䖭Ͼ⡍ᕕⱘ 䆺㒚ֵᙃDŽঠߏϔϾᴵⳂЁⱘϔϾ⡍ᕕгৃҹᠧᓔ䖭ϾにষDŽ SeqLab Editor঺ϔϾ⣀⡍ৠᯊⱘгᰃ䴲ᐌ᳝⫼ⱘ⡍ᕕᰃৃҹ๲ࡴ⡍ᕕ៪㓪䕥⦄᳝⡍ᕕDŽ䖭ϔ ᪡԰ৃҹ೼Sequence Features੠Feature EditorにষЁᅠ៤˄೒4.6˅DŽ ๲ࡴϔϾ⡍ᕕⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽ⫼ܝᷛࡴ҂ϔϾऎඳ˄៪೼Feature Editorⱘ᭛ᴀḚЁFrom੠ToऎඳЁ฿Ϟ䍋ℶ㣗 ೈ˅DŽ DŽ䗝ЁWindows㦰ऩⱘFeatures䗝乍DŽ DŽ೼Sequence FeaturesにষЁ䗝ЁAddᣝ䪂DŽ DŽ೼Feature EditorにষЁ䗝ЁShape and Colorᣝ䪂DŽ DŽ೼Feature Editorにষⱘ݇䬂䆡᭛ᴀḚЁ䬂ܹ⡍ᕕৡDŽ DŽ೼Feature EditorߎষⱘCommentsඳЁ䬂ܹ䆺㒚ⱘ⊼䞞DŽ DŽऩߏOKᣝ䪂੠Closeᣝ䪂DŽ 㓪䕥ϔϾ⡍ᕕⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽ䗝ЁWindows㦰ऩⱘFeatures䗝乍DŽ DŽ೼Sequence FeaturesにষЁ䗝Ё㽕㓪䕥ⱘ⡍ᕕDŽ DŽ೼Sequence FeaturesにষЁ䗝ЁEditᣝ䪂DŽ DŽׂᬍFeature EditorにষЁⱘᔶ⢊ǃ买㡆ǃ㣗ೈǃ݇䬂䆡៪⊼䞞DŽ DŽऩߏOKᣝ䪂੠Closeᣝ䪂DŽ ㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ 义ⷕˈ7/15 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com