第四章应用GCG进行序列分析 页码,6/15 选取 Program窗口中的Run按钮将使用选定的参数运行这一程序并关闭 Program窗口。如果一个 程序在同一个 SeaLab运行进程内再一次运行, Program窗口出现时会保留上一次选定的参数。 通过选定 Save Settings按钮可以在不同的 Sealab运行进程间保存选定的参数。在 Program窗 口中选取 GCG Defaul ts将把 Program和 Programs Options中的参数重新设为缺省值。所有的 Program窗口都有一个Help按钮用于访问此程序特定的在线帮助 六、观察输出 在 Sealab期间运行程序产生的输出文件列于 Output Manager窗口中(如图4.4所示) 打开 Output Manager窗口的方式如下 1。选取 Wi ndows菜单中的 Output Manager选项 这个窗口中列出的输出文件可以被显示或打印出来。单击 Di spl ay按钮可以显示窗口中被加亮 的那个文件。图4.4中给出了一个显示的输出文件的例子。单击 Print按钮可以把选定的文件 传送到网络打印机上。 对于以前启动的 SeaLab运行进程间产生的输出文件必须列在 Output Manager窗口中才能看到 或打印出来。选取 Add text files或 Add Graphi Cs Files按钮并且从出现的 file browser中 根据文件名选取相应文件。产生图形输出的程序将创建以 fi gure为扩展名的文件。当这种类 型的文件被选中要进行显示,它会被转换使其可以显示在一个X- li ndow中。当这种类型的文 件被选中进行打印,它会根据选择的打印机及其设置被转换为 PostScri pt或HPGL格式。 某些输出文件(序列文件,列表文件,MSF文件)可被加入 SeqLab Main Li st或 Edi tor中用作 Wi consin软件包程序的输入。如果在 Output Manager窗口中选中这样一个文件, Add to Main list以及 Add to edi tor按钮将处于激活状态(如图4.4所示)。如果选中的文件不能 加入这些窗口中,这些按钮将处于非激活状态。 七、监视程序执行过程并解决问题 每次 SeaLab进程执行期间运行的程序都记录在 Job Manager窗口中(如图4.5所示)。这个窗 口可从 SeaLab Mai n Wi ndow的 Wi ndows菜单条中访问到。 打开 Job Manager窗口的方法如下: 1。选中 Wi ndows菜单的 Job Manager选项 Job Manager窗口的上半部分是所有当前 SeaLab进程间运行的程序的事件记录。根据名称选中 相应程序即可监视此程序的状态。如果一个程序因某种原因运行失败,会在这个窗口中出现 条消息,并在0 utput Manager窗口中出现这个程序的一个事件文件。从这个窗口中也可以 终止正在运行的程序 八、给序列加注释并在 SeqLab Edi tor中图形化地显示注释。 Sealab有一个独特的特征即它链接到数据库条目的特征表格( Features tabl e)上。例如, file://E:wcb生物信息学(中译本)\第四章应用GCG进行序列分析.htm 2005-1-18䗝পProgramにষЁⱘRunᣝ䪂ᇚՓ⫼䗝ᅮⱘখ᭄䖤㸠䖭ϔ⿟ᑣᑊ݇䯁ProgramにষDŽབᵰϔϾ ⿟ᑣ೼ৠϔϾSeqLab䖤㸠䖯⿟ݡݙϔ⃵䖤㸠ˈProgramにষߎᯊ⦃Ӯֱ⬭Ϟϔ⃵䗝ᅮⱘখ᭄DŽ 䗮䖛䗝ᅮSave Settingsᣝ䪂ৃҹ೼ϡৠⱘSeqLab䖤㸠䖯⿟䯈ֱᄬ䗝ᅮⱘখ᭄DŽ೼Programに ষЁ䗝পGCG DefaultsᇚᡞProgram੠Programs OptionsЁⱘখ᭄䞡ᮄ䆒Ў㔎ⳕؐDŽ᠔᳝ⱘ Programにষ䛑᳝ϔϾHelpᣝ䪂⫼Ѣ䆓䯂ℸ⿟ᑣ⡍ᅮⱘ೼㒓ᐂࡽDŽ ߎǃ㾖ᆳ䕧݁ ೼SeqLabᳳ䯈䖤㸠⿟ᑣѻ⫳ⱘ䕧ߎ᭛ӊ߫ѢOutput ManagerにষЁ˄བ೒4.4᠔⼎˅DŽ ᠧᓔOutput Managerにষⱘᮍᓣབϟ˖ DŽ䗝পWindows㦰ऩЁⱘOutput Manager䗝乍DŽ 䖭ϾにষЁ߫ߎⱘ䕧ߎ᭛ӊৃҹ㹿ᰒ⼎៪ᠧॄߎᴹDŽऩߏDisplayᣝ䪂ৃҹᰒ⼎にষЁ㹿ࡴ҂ ⱘ䙷Ͼ᭛ӊDŽ೒4.4Ё㒭ߎњϔϾᰒ⼎ⱘ䕧ߎ᭛ӊⱘ՟ᄤDŽऩߏPrintᣝ䪂ৃҹᡞ䗝ᅮⱘ᭛ӊ Ӵ䗕ࠄ㔥㒰ᠧॄᴎϞDŽ ᇍѢҹࠡਃࡼⱘSeqLab䖤㸠䖯⿟䯈ѻ⫳ⱘ䕧ߎ᭛ӊᖙ乏߫೼Output ManagerにষЁᠡ㛑ⳟࠄ ៪ᠧॄߎᴹDŽ䗝পAdd Text Files៪Add Graphics Filesᣝ䪂ᑊϨҢߎ⦃ⱘfile browserЁ ḍ᥂᭛ӊৡ䗝পⳌᑨ᭛ӊDŽѻ⫳೒ᔶ䕧ߎⱘ⿟ᑣᇚ߯ᓎҹ.figureЎᠽሩৡⱘ᭛ӊDŽᔧ䖭⾡㉏ ൟⱘ᭛ӊ㹿䗝Ё㽕䖯㸠ᰒ⼎ˈᅗӮ㹿䕀ᤶՓ݊ৃҹᰒ⼎೼ϔϾX-windowЁDŽᔧ䖭⾡㉏ൟⱘ᭛ ӊ㹿䗝Ё䖯㸠ᠧॄˈᅗӮḍ᥂䗝ᢽⱘᠧॄᴎঞ݊䆒㕂㹿䕀ᤶЎPostScript៪HPGLḐᓣDŽ ᶤѯ䕧ߎ᭛ӊ˄ᑣ߫᭛ӊˈ߫㸼᭛ӊˈMSF᭛ӊ˅ৃ㹿ࡴܹSeqLab Main List៪EditorЁ⫼԰ Wisconsin䕃ӊࣙ⿟ᑣⱘ䕧ܹDŽབᵰ೼Output ManagerにষЁ䗝Ё䖭ḋϔϾ᭛ӊˈAdd to Main List ҹঞAdd to Editorᣝ䪂ᇚ໘Ѣ▔⌏⢊ᗕ˄བ೒4.4᠔⼎˅DŽབᵰ䗝Ёⱘ᭛ӊϡ㛑 ࡴܹ䖭ѯにষЁˈ䖭ѯᣝ䪂ᇚ໘Ѣ䴲▔⌏⢊ᗕDŽ ϗǃⲥ㾚⿟ᑣᠻ㸠䖛⿟ᑊ㾷އ䯂乬 ↣⃵SeqLab䖯⿟ᠻ㸠ᳳ䯈䖤㸠ⱘ⿟ᑣ䛑䆄ᔩ೼Job ManagerにষЁ˄བ೒4.5᠔⼎˅DŽ䖭Ͼに ষৃҢSeqLab Main WindowⱘWindows㦰ऩᴵЁ䆓䯂ࠄDŽ ᠧᓔJob Managerにষⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽ䗝ЁWindows㦰ऩⱘJob Manager䗝乍DŽ Job ManagerにষⱘϞञ䚼ߚᰃ᠔᳝ᔧࠡSeqLab䖯⿟䯈䖤㸠ⱘ⿟ᑣⱘџӊ䆄ᔩDŽḍ᥂ৡ⿄䗝Ё Ⳍᑨ⿟ᑣेৃⲥ㾚ℸ⿟ᑣⱘ⢊ᗕDŽབᵰϔϾ⿟ᑣ಴ᶤ⾡ॳ಴䖤㸠༅䋹ˈӮ೼䖭ϾにষЁߎ⦃ ϔᴵ⍜ᙃˈᑊ೼Output ManagerにষЁߎ⦃䖭Ͼ⿟ᑣⱘϔϾџӊ᭛ӊDŽҢ䖭ϾにষЁгৃҹ 㒜ℶℷ೼䖤㸠ⱘ⿟ᑣDŽ ܿǃ㒭ᑣ߫ࡴ⊼䞞ᑊ೼SeqLab EditorЁ೒ᔶ࣪ഄᰒ⼎⊼䞞DŽ SeqLab᳝ϔϾ⣀⡍ⱘ⡍ᕕेᅗ䫒᥹ࠄ᭄᥂ᑧᴵⳂⱘ⡍ᕕ㸼Ḑ˄Features table˅ϞDŽ՟བˈ ㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ 义ⷕˈ6/15 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com