第四章应用GCG进行序列分析 页码,5/15 ↑间隙符号,就好象残基岛向右方移动,同时一个间隙符号出现在岛的左边,这样整个对比 结果保留下来。关于编辑操作的完整列表见 Wi sconsi n软件包的 SeaLab指南 五、用操作( operations)和 Wi sconsi n软件包程序分析序列 旦序列加入并显示在 Sealab主窗口中,就可以运行任何 Wi sconsi n软件包中程序对其进行分 析。程序创建的输出文件列在 Output Manager窗口中(详见下文观察输出部分)。这些文件 有些可以重新加入到 ISegLab Edi tor或 SeaLab Li st模式中进行扩展或相关分析。此外,还有 几种简单的操作可以从 SeaLab Edi tor中直接运行。 执行简单操作 SeaLab Edi tor中的Edit菜单使用户可以对显示的序列进行一些简单的操作而不用运行程序。 这些操作包括翻译核酸序列,反转以及互补核酸序列,计算序列对比结果中的共有序列,寻 找短的序列特征模式。这些操作的优势在于运行迅速并且结果可以自动显示在 SeaLab Edi tor 中,从而可以直接进行编辑和注释,同时也是最重要的是其结果可以作为从 Functi ons菜单中 选中的 Wi sconsi n软件包程序的输入 选择一个操作的方法如下: 1。根据名称选择一个序列或一段序列。 选取Edit菜单中相应的操作选项 运行 Wi scans n软件包程序 Wi sconsi n软件包程序用于对 Sealab Edi tor中显示的序列进行更大规模的或更为鲁棒的分 析。所有可用的程序都列在 Functi ons菜单下并根据分析功能进行了分组。以作图功能组中的 Map程序为例。 运行 Ni sconsi n软件包中Map程序的方法如下: 1。根据名称选定一个序列或用光标选定一段序列 2。选取 Functi ons菜单中的 Mapp ng,然后选定Map选项 根据名称选定一个程序将为此程序打开一个 Program窗口。每个 Program窗口都有相同的基本 格式,其中包括选定的序列名称,运行此程序所需的参数,一组用于选择和存储可选参数的 按钮以及用于运行程序、关闭窗口和获取帮助的按钮。Map程序的 Program窗口如图4.3的左图 所示 用户可以选用参数的缺省值来运行程序,也可以通过 Program窗口中的按钮和文本框来改变参 数值。此外,每个程序都有其独有的一组可选择的参数,可用于修改程序进行的分析或改变 输出显示的方式。这些可选参数列于 Program Opti ons窗口中,当选定 Program窗口的 lOpti ons 按钮时 Program0 pti ons窗口将被打开。通过为Map程序选定必须的以及可选择的参数,用户 可以选择包含在一个限制性酶切图中的酶子集,使其只包含产生图上5突出端的酶,或选择 忽略作为限制性酶切图一部分正常所包含的反转互补链。Map0 ptions窗口如图4.3右图所 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第四章应用GCG进行序列分析.htm 2005-1-18Ͼ䯈䱭ヺোˈህད䈵⅟෎ቯ৥েᮍ⿏ࡼˈৠᯊϔϾ䯈䱭ヺোߎ೼⦃ቯⱘᎺ䖍ˈ䖭ḋᭈϾᇍ↨ 㒧ᵰֱ⬭ϟᴹDŽ݇Ѣ㓪䕥᪡԰ⱘᅠᭈ߫㸼㾕Wisconsin䕃ӊࣙⱘSeqLabᣛफDŽ Ѩǃ⫼᪡԰˄operations˅੠Wisconsin䕃ӊࣙ⿟ᑣߚᵤᑣ߫DŽ ϔᮺᑣ߫ࡴܹᑊᰒ⼎೼SeqLabЏにষЁˈህৃҹ䖤㸠ӏԩWisconsin䕃ӊࣙЁ⿟ᑣᇍ݊䖯㸠ߚ ᵤDŽ⿟ᑣ߯ᓎⱘ䕧ߎ᭛ӊ߫೼Output ManagerにষЁ˄䆺㾕ϟ᭛㾖ᆳ䕧ߎ䚼ߚ˅DŽ䖭ѯ᭛ӊ ᳝ѯৃҹ䞡ᮄࡴܹࠄSeqLab Editor៪SeqLab List῵ᓣЁ䖯㸠ᠽሩ៪Ⳍ݇ߚᵤDŽℸ໪ˈ䖬᳝ ޴辵ㅔऩⱘ᪡԰ৃҹҢSeqLab EditorЁⳈ᥹䖤㸠DŽ ᠻ㸠ㅔऩ᪡԰ SeqLab EditorЁⱘEdit㦰ऩՓ⫼᠋ৃҹᇍᰒ⼎ⱘᑣ߫䖯㸠ϔѯㅔऩⱘ᪡԰㗠ϡ⫼䖤㸠⿟ᑣDŽ 䖭ѯ᪡԰ࣙᣀ㗏䆥Ḍ䝌ᑣ߫ˈড䕀ҹঞѦ㸹Ḍ䝌ᑣ߫ˈ䅵ㅫᑣ߫ᇍ↨㒧ᵰЁⱘ᳝݅ᑣ߫ˈᇏ ᡒⷁⱘᑣ߫⡍ᕕ῵ᓣDŽ䖭ѯ᪡԰ⱘӬ࢓೼Ѣ䖤㸠䖙䗳ᑊϨ㒧ᵰৃҹ㞾ࡼᰒ⼎೼SeqLab Editor ЁˈҢ㗠ৃҹⳈ᥹䖯㸠㓪䕥੠⊼䞞ˈৠᯊгᰃ᳔䞡㽕ⱘᰃ݊㒧ᵰৃҹ԰ЎҢFunctions㦰ऩЁ 䗝ЁⱘWisconsin䕃ӊࣙ⿟ᑣⱘ䕧ܹDŽ 䗝ᢽϔϾ᪡԰ⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽḍ᥂ৡ⿄䗝ᢽϔϾᑣ߫៪ϔ↉ᑣ߫DŽ DŽ䗝পEdit㦰ऩЁⳌᑨⱘ᪡԰䗝乍DŽ 䖤㸠Wisconsin䕃ӊࣙ⿟ᑣ Wisconsin䕃ӊࣙ⿟ᑣ⫼ѢᇍSeqLab EditorЁᰒ⼎ⱘᑣ߫䖯㸠᳈໻㾘῵ⱘ៪᳈Ў剕Ầⱘߚ ᵤDŽ᠔᳝ৃ⫼ⱘ⿟ᑣ䛑߫೼Functions㦰ऩϟᑊḍ᥂ߚᵤࡳ㛑䖯㸠њߚ㒘DŽҹ԰೒ࡳ㛑㒘Ёⱘ Map⿟ᑣЎ՟DŽ 䖤㸠Wisconsin䕃ӊࣙЁMap⿟ᑣⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽḍ᥂ৡ⿄䗝ᅮϔϾᑣ߫៪⫼ܝᷛ䗝ᅮϔ↉ᑣ߫DŽ DŽ䗝পFunctions㦰ऩЁⱘMapping, ✊ৢ䗝ᅮMap䗝乍DŽ ḍ᥂ৡ⿄䗝ᅮϔϾ⿟ᑣᇚЎℸ⿟ᑣᠧᓔϔϾProgramにষDŽ↣ϾProgramにষ䛑᳝Ⳍৠⱘ෎ᴀ Ḑᓣˈ݊Ёࣙᣀ䗝ᅮⱘᑣ߫ৡ⿄ˈ䖤㸠ℸ⿟ᑣ᠔䳔ⱘখ᭄ˈϔ㒘⫼Ѣ䗝ᢽ੠ᄬټৃ䗝খ᭄ⱘ ᣝ䪂ҹঞ⫼Ѣ䖤㸠⿟ᑣǃ݇䯁にষ੠㦋পᐂࡽⱘᣝ䪂DŽMap⿟ᑣⱘProgramにষབ೒4.3ⱘᎺ೒ ᠔⼎DŽ ⫼᠋ৃҹ䗝⫼খ᭄ⱘ㔎ⳕؐᴹ䖤㸠⿟ᑣˈгৃҹ䗮䖛ProgramにষЁⱘᣝ䪂੠᭛ᴀḚᴹᬍবখ ᭄ؐDŽℸ໪ˈ↣Ͼ⿟ᑣ䛑᳝݊⣀᳝ⱘϔ㒘ৃ䗝ᢽⱘখ᭄ˈৃ⫼Ѣׂᬍ⿟ᑣ䖯㸠ⱘߚᵤ៪ᬍব 䕧ߎᰒ⼎ⱘᮍᓣDŽ䖭ѯৃ䗝খ᭄߫ѢProgram OptionsにষЁˈᔧ䗝ᅮProgramにষⱘOptions ᣝ䪂ᯊProgram Optionsにষᇚ㹿ᠧᓔDŽ䗮䖛ЎMap⿟ᑣ䗝ᅮᖙ乏ⱘҹঞৃ䗝ᢽⱘখ᭄ˈ⫼᠋ ৃҹ䗝ᢽࣙ೼৿ϔϾ䰤ࠊᗻ䝊ߛ೒Ёⱘ䝊ᄤ䲚ˈՓ݊াࣙ৿ѻ⫳೒Ϟ5'さߎッⱘ䝊ˈ៪䗝ᢽ ᗑ⬹԰Ў䰤ࠊᗻ䝊ߛ೒ϔ䚼ߚℷᐌ᠔ࣙ৿ⱘড䕀Ѧ㸹䫒DŽMap Optionsにষབ೒4.3ে೒᠔ ⼎DŽ ㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ 义ⷕˈ5/15 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com