第四章应用GCG进行序列分析 页码,4/15 选取 Fil ter文本框中合适的过滤器(缺省值为*.Seq,它将显示目录中文件名以.Seq结尾 的所有文件。如果用*代替*.Seq将显示目录中所有文件) 3。从 Di rectory域中选择合适的目录。 单击 Fil ter按钮。 5。从 Add Sequence窗口的 Files域中选择要加入的文件名 6。单击Ad与 Close按钮。 双击数据库条目或序列名称可以看到有关此条目或序列的参考信息。这一操作将打开 Sequence Informati on窗口。在必要的时候,这一窗口中任何文本框里的信息都可以进行编 辑。例如要给数据库的条目改名或给作为一个大项目的一部分的序列加一个1D号(访问号) 通常是很方便的。 用户可以用箭头键和水平、竖直滚动条浏览显示在 Sealab中的序列。键入残基的编号然后回 车即可移动到序列中相应的残基处。关于在 SeaLab Edi to中浏览用的其它快捷方式,包括移 动到当前光标处等等,在 SeaLab的指南中有详细的介绍。 创建一个新的序列条目 用户可以向 Sealab中输入新的蛋白质或核酸序列 输入一个新的蛋白质或核酸序列的方法如下 1。选取File菜单的 New Sequence选项 2。在 New Sequence框中选择DNA,RNA或蛋白质中的一种。 当列表出现后,单击条目的开始处,然后键入序列或从其它窗口粘贴序列信息。双击新条目 的名称加入参考信息。这一操作会打开 Sequence I nformati on窗口。所有文本框都是可编辑 的,包括改变条目名称,描述,作者名以及1D/访问号。在窗口底部的大文本框中可以加入 般参考信息。 编辑已存在的序列 显示在 SeaLab Edi tor中的已存在序列是受保护的,不可能无意中插入或删除一些残基。然而 这种保护状态是可以改变的。当这种保护被去除时,可以增加或删除残基,也可以在条目间 剪切和粘贴序列或序列的一部分。 改变一个序列的保护状态的方法如下 1。选取File菜单中的 Sequence Protecti ons选项 2。选取 Sequence Protecti ons窗口中所有按钮并单击0K。 Sealab用于编辑多序列对比结果特别有效。因为用户可以移动到独立序列或对比结果内的某 个绝对位置上,可以把序列组成组,这样一组中一条序列的改变同样会影响发生这组中所有 其它的序列,或者把已经组成的组打散,可以在间隙间移动残基岛而不改变整个对比结果 例如,用户可以通过滑动pqat岛将一个包含 gq.. psqal t.…,asw的对比结果改为 psgml t..asw,就好象 psqal t这六个残基连成一个字符串。这个岛代替了右边 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第四章应用GCG进行序列分析.htm 2005-1-18DŽ䗝পFilter᭛ᴀḚЁড়䗖ⱘ䖛Ⓒ఼˄㔎ⳕؐЎ*.seqˈᅗᇚᰒ⼎ⳂᔩЁ᭛ӊৡҹ.seq㒧ሒ ⱘ᠔᳝᭛ӊDŽབᵰ⫼ ҷ᳓*.seqᇚᰒ⼎ⳂᔩЁ᠔᳝᭛ӊ˅DŽ DŽҢDirectoryඳЁ䗝ᢽড়䗖ⱘⳂᔩDŽ DŽऩߏFilterᣝ䪂DŽ DŽҢAdd SequenceにষⱘFilesඳЁ䗝ᢽ㽕ࡴܹⱘ᭛ӊৡDŽ DŽऩߏAddϢCloseᣝ䪂DŽ ঠߏ᭄᥂ᑧᴵⳂ៪ᑣ߫ৡ⿄ৃҹⳟࠄ᳝݇ℸᴵⳂ៪ᑣ߫ⱘখ㗗ֵᙃDŽ䖭ϔ᪡԰ᇚᠧᓔ Sequence Information にষDŽ೼ᖙ㽕ⱘᯊ׭ˈ䖭ϔにষЁӏԩ᭛ᴀḚ䞠ⱘֵᙃ䛑ৃҹ䖯㸠㓪 䕥DŽ՟བ㽕㒭᭄᥂ᑧⱘᴵⳂᬍৡ៪㒭԰ЎϔϾ໻乍Ⳃⱘϔ䚼ߚⱘᑣ߫ࡴϔϾIDো˄䆓䯂ো˅ 䗮ᐌᰃᕜᮍ֓ⱘDŽ ⫼᠋ৃҹ⫼ㆁ༈䬂੠∈ᑇǃオⳈ⒮ࡼᴵ⌣㾜ᰒ⼎೼SeqLabЁⱘᑣ߫DŽ䬂ܹ⅟෎ⱘ㓪ো✊ৢಲ 䔺ेৃ⿏ࠄࡼᑣ߫ЁⳌᑨⱘ⅟෎໘DŽ݇Ѣ೼SeqLab EditorЁ⌣㾜⫼ⱘ݊ᅗᖿ᥋ᮍᓣˈࣙᣀ⿏ ࠄࡼᔧࠡܝᷛ໘ㄝㄝˈ೼SeqLabⱘᣛफЁ᳝䆺㒚ⱘҟ㒡DŽ ߯ᓎϔϾᮄⱘᑣ߫ᴵⳂ ⫼᠋ৃҹ৥SeqLabЁ䕧ܹᮄⱘ㲟ⱑ䋼៪Ḍ䝌ᑣ߫DŽ 䕧ܹϔϾᮄⱘ㲟ⱑ䋼៪Ḍ䝌ᑣ߫ⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽ䗝পFile㦰ऩⱘNew Sequence䗝乍DŽ DŽ೼New SequenceḚЁ䗝ᢽDNA, RNA៪㲟ⱑ䋼Ёⱘϔ⾡DŽ ᔧ߫㸼ߎˈৢ⦃ऩߏᴵⳂⱘᓔྟ໘ˈ✊ৢ䬂ܹᑣ߫៪Ң݊ᅗにষ㉬䌈ᑣֵ߫ᙃDŽঠߏᮄᴵⳂ ⱘৡ⿄ࡴܹখ㗗ֵᙃDŽ䖭ϔ᪡԰ӮᠧᓔSequence InformationにষDŽ᠔᳝᭛ᴀḚ䛑ᰃৃ㓪䕥 ⱘˈࣙᣀᬍবᴵⳂৡ⿄ˈᦣ䗄ˈ԰㗙ৡҹঞID/䆓䯂োDŽ೼にষᑩ䚼ⱘ໻᭛ᴀḚЁৃҹࡴܹϔ 㠀খ㗗ֵᙃDŽ 㓪䕥Ꮖᄬ೼ⱘᑣ߫ ᰒ⼎೼SeqLab EditorЁⱘᏆᄬ೼ᑣ߫ᰃফֱᡸⱘˈϡৃ㛑᮴ᛣЁᦦܹ៪ߴ䰸ϔѯ⅟෎DŽ✊㗠 䖭⾡ֱᡸ⢊ᗕᰃৃҹᬍবⱘDŽᔧ䖭⾡ֱᡸ㹿এ䰸ᯊˈৃҹ๲ࡴ៪ߴ䰸⅟෎ˈгৃҹ೼ᴵⳂ䯈 ߛ࠾੠㉬䌈ᑣ߫៪ᑣ߫ⱘϔ䚼ߚDŽ ᬍবϔϾᑣ߫ⱘֱᡸ⢊ᗕⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽ䗝পFile㦰ऩЁⱘSequence Protections䗝乍DŽ DŽ䗝পSequence ProtectionsにষЁ᠔᳝ᣝ䪂ᑊऩߏOKDŽ SeqLab⫼Ѣ㓪䕥໮ᑣ߫ᇍ↨㒧ᵰ⡍߿᳝ᬜDŽ಴Ў⫼᠋ৃҹ⿏ࠄࡼ⣀ゟᑣ߫៪ᇍ↨㒧ᵰݙⱘᶤ Ͼ㒱ᇍԡ㕂Ϟˈৃҹᡞᑣ߫㒘៤㒘ˈ䖭ḋϔ㒘Ёϔᴵᑣ߫ⱘᬍবৠḋӮᕅડথ⫳䖭㒘Ё᠔᳝ ݊ᅗⱘᑣ߫ˈ៪㗙ᡞᏆ㒣㒘៤ⱘ㒘ᠧᬷˈৃҹ೼䯈䱭䯈⿏ࡼ෎1/ቯ㗠ϡᬍবᭈϾᇍ↨㒧ᵰDŽ ՟བˈ⫼᠋ৃҹ䗮䖛⒥ࡼpsqaltቯᇚϔϾࣙ৿gq...psqalt......aswⱘᇍ↨㒧ᵰᬍЎ gq.......psqalt....aswˈህད䈵psqalt䖭݁Ͼ⅟෎䖲៤ϔϾᄫヺІDŽ䖭Ͼቯҷ᳓њে䖍ϔ ㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ 义ⷕˈ4/15 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com