第四章应用GCG进行序列分析 页码,3/15 ile:从数据库或目录文件中增加序列或创建新的序列。 Edit:移动、编辑序列并执行简单的操作, Functi ons:根据分析主题进行组织的 Wi sconsi n软件包程序。 Extensi ons:可从 Sealab运行的附加程序列表 0 pti ons:用于序列和输出显示、文件管理器以及打印的参数 Wi ndows:用于输出显示,程序监视和特征注释的窗口列表 Help: Wi sconsi n软件包程序和 Sealab界面的在线帮助。 除了Mode选择按钮以外, SeaLab主窗口中还包括一个 Di spl ay.选择按钮用于改变显示序列的颜 色或给它加上阴影,以及一个比例条用于改变水平方向的比例。此外,还有一组图标提供了 另一种选择编辑选项,观看序列信息以及设置保护的方法。当然,窗口中的大部分空间还是 用于显示序列的 (图4.1)。 从数据库中增加条目以及从目录中增加序列文件 个序列首先必须出现在 Sealab主窗口中,然后才能对其进行编辑或用 Wi sconsi n软件包中的 程序进行分析。数据库条目可以通过条目名称或访问号加入。GCG格式的单序列文件、列表文 件、MSF以及RSF文件可以用文件名加入(关于这些文件格式的细节以及如何创建可参考 SeaLab指南)。 要从数据库中往 SeaLab主窗口中增加一个条目,首先使用鼠标左键选取菜单条中的File选项 然后从下拉菜单中选取 Add Sequences From选项。接下来,从出现的扩展菜单中选取 Databases选项 这时将出现一个 Database Browser窗口(如图4.2)。在窗口底部的 Database Speci fi cation文本框中键入要加入的数据库条目的名称或访问号,然后点击Add to main wi ndow按钮和 Close按钮。这一过程可简写如下。(本章中全部采用这种简写方式来 描述键盘和鼠标命令) 从数据库中往 SeaLab主窗口中增加一个条目的方法如下: 1。选取Fie菜单中的 Add Sequences From,单击 Database选项 在 Database browser(图4.2)的 Database speci fi cation文本框中键入条目名称或访问 3。单击 Add to mai n wi ndow与 Close按钮。 用户也可以往 Sealab主窗口显示的列表中加入GCG格式的序列文件。 往 SeaLab主窗口中加入目录文件的方法如下: 1。选取Fie菜单中的 Add Sequences From菜单,单击 Sequence Files选项 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第四章应用GCG进行序列分析.htm 2005-1-18File: Ң᭄᥂ᑧ៪Ⳃᔩ᭛ӊЁ๲ࡴᑣ߫៪߯ᓎᮄⱘᑣ߫DŽ Edit: ⿏ࡼǃ㓪䕥ᑣ߫ᑊᠻ㸠ㅔऩⱘ᪡԰DŽ Functions: ḍ᥂ߚᵤЏ乬䖯㸠㒘㒛ⱘWisconsin䕃ӊࣙ⿟ᑣDŽ Extensions: ৃҢSeqLab䖤㸠ⱘ䰘ࡴ⿟ᑣ߫㸼DŽ Options: ⫼Ѣᑣ߫੠䕧ߎᰒ⼎ǃ᭛ӊㅵ⧚఼ҹঞᠧॄⱘখ᭄DŽ Windows: ⫼Ѣ䕧ߎᰒ⼎ˈ⿟ᑣⲥ㾚੠⡍ᕕ⊼䞞ⱘにষ߫㸼DŽ Help: Wisconsin䕃ӊࣙ⿟ᑣ੠SeqLab⬠䴶ⱘ೼㒓ᐂࡽDŽ 䰸њMode䗝ᢽᣝ䪂ҹ໪ˈSeqLabЏにষЁ䖬ࣙᣀϔϾDisplay䗝ᢽᣝ䪂⫼Ѣᬍবᰒ⼎ᑣ߫ⱘ买 㡆៪㒭ᅗࡴϞ䰈ᕅˈҹঞϔϾ↨՟ᴵ⫼Ѣᬍব∈ᑇᮍ৥ⱘ↨՟DŽℸ໪ˈ䖬᳝ϔ㒘೒ᷛᦤկњ ঺ϔ⾡䗝ᢽ㓪䕥䗝乍ˈ㾖ⳟᑣֵ߫ᙃҹঞ䆒㕂ֱᡸⱘᮍ⊩DŽᔧ✊ˈにষЁⱘ໻䚼ߚぎ䯈䖬ᰃ ⫼Ѣᰒ⼎ᑣ߫ⱘ˄೒4.1˅DŽ Ң᭄᥂ᑧЁ๲ࡴᴵⳂҹঞҢⳂᔩЁ๲ࡴᑣ߫᭛ӊ ϔϾᑣ߫佪ܜᖙ乏ߎ೼⦃SeqLabЏにষЁˈ✊ৢᠡ㛑ᇍ݊䖯㸠㓪䕥៪⫼Wisconsin䕃ӊࣙЁⱘ ⿟ᑣ䖯㸠ߚᵤDŽ᭄᥂ᑧᴵⳂৃҹ䗮䖛ᴵⳂৡ⿄៪䆓䯂োࡴܹDŽGCGḐᓣⱘऩᑣ߫᭛ӊǃ߫㸼᭛ ӊǃMSFҹঞRSF᭛ӊৃҹ⫼᭛ӊৡࡴ݇˄ܹѢ䖭ѯ᭛ӊḐᓣⱘ㒚㡖ҹঞབԩ߯ᓎৃখ㗗 SeqLabᣛफ˅DŽ 㽕Ң᭄᥂ᑧЁᕔSeqLabЏにষЁ๲ࡴϔϾᴵⳂˈ佪ܜՓ⫼哴ᷛᎺ䬂䗝প㦰ऩᴵЁⱘFile䗝乍, ✊ৢҢϟᢝ㦰ऩЁ䗝পAdd Sequences From䗝乍DŽ᥹ϟᴹˈҢߎ⦃ⱘᠽሩ㦰ऩЁ䗝প Databases䗝乍, 䖭ᯊᇚߎ⦃ϔϾDatabase Browserにষ˄བ೒4.2˅DŽ೼にষᑩ䚼ⱘ Database Specification᭛ᴀḚЁ䬂ܹ㽕ࡴܹⱘ᭄᥂ᑧᴵⳂⱘৡ⿄៪䆓䯂োˈ✊ৢ⚍ߏAdd to Main Windowᣝ䪂੠Closeᣝ䪂DŽ䖭ϔ䖛⿟ৃㅔݭབϟDŽ˄ᴀゴЁܼ䚼䞛⫼䖭⾡ㅔݭᮍᓣᴹ ᦣ䗄䬂Ⲭ੠哴ᷛੑҸ˅ Ң᭄᥂ᑧЁᕔSeqLabЏにষЁ๲ࡴϔϾᴵⳂⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽ䗝পFile㦰ऩЁⱘAdd Sequences From, ऩߏDatabase䗝乍DŽ DŽ೼Database Browser˄೒4.2˅ⱘDatabase specification ᭛ᴀḚЁ䬂ܹᴵⳂৡ⿄៪䆓䯂 োDŽ DŽऩߏAdd to Main Window ϢCloseᣝ䪂DŽ ⫼᠋гৃҹᕔSeqLabЏにষᰒ⼎ⱘ߫㸼ЁࡴܹGCGḐᓣⱘᑣ߫᭛ӊDŽ ᕔSeqLabЏにষЁࡴܹⳂᔩ᭛ӊⱘᮍ⊩བϟ˖ DŽ䗝পFile㦰ऩЁⱘAdd Sequences From㦰ऩˈऩߏSequence Files䗝乍DŽ ㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ 义ⷕˈ3/15 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com