第四章应用GCG进行序列分析 页码,2/15 consin软件包支持各种UNX平台以及0 penIS。关于GCG, Wi sconsi n软件包,支持的平台 以及硬件需求的一般性信息可以在GC的主页(wW.gcg.com/)以及Wisconsin软件包的用户 手册中找到。 、 Wi sconsi n软件包使用的数据库 GCG支持五种数据库供 Wi sconsi n软件包使用,其中包括两种核酸数据库和三种蛋白质数据 库。这些数据库既有GCG格式的(供大多数 Wi sconsi n软件包程序使用),也有 BLAST格式的 (供BAST数据库搜索程序使用)。同时还提供了用于 LookUp程序以及数据库参考搜索的索 引 GG支持的两种核酸数据库是 GenBank数据库( Benson et al.,1997)以及仅由 Gen Bank中没有 的序列组成的简化版的EMBL核酸序列数据库( Stoesser et a.,1997)。为了方便进行搜 索,这两个数据库被组合成一个更为广泛的核酸数据库,称为 GenEmbLPl us。这个联合数据库 包括 Gen Bank和EMBL核酸序列数据库的表达序列标记(EST),序列标记位点(STS)以及基因 组序列纵览(GSS)条目部分。可以用特定TAG分别搜索这三部分或用特定 GenEMBL搜索没有这 三部分的 GenEMBLp|us。 GCG支持的三种蛋白质数据库是 Protei n I nformati on Resource(PIR)国际蛋白质序列数据库 ( George et al.1997), SWISS PR0T蛋白质序列数据库( Bai roch and Apweiler,1997)和 SP- TrEMBL数据库( Bai roch and Apwei ler,1997)。SP- TrEMBL是欧洲生物信息学研究所以及 Swi tzen and的 Geneva大学的 Amos bai roch博士联合开发的。它包含了大多数在EMBL数据库条 目中有标记的预测的翻译区域,但不包含已经在SWSs-PR0T中出现的任何条目。SP- TrEMBL中 的条目用SWSS-PR0T的格式进行注释,当这些条目在SWSS-PROT中出现时,就会从SP- TrEMBl 中删除掉。为了方便进行搜索,SWSS-PROT和SP- TrEMBL这两个数据库被结合在一起组成一个 更为广泛的蛋白质数据库&#0&#0:SWSS- PROTP|uS。 GCG支持的数据库两个月更新一次(与 Gen Bank数据库的更新日程同步),这是GG数据库更新 服务的一部分。 Wi sconsi n软件包实体程序和脚本也可用于下载数据库以及格式化站点上的数 据库版本,或者用于数据库版本间的更新以及将个人的数据库转换为 Wi sconsi n软件包可用数 据库的格式。这些实体程序的列表和说明都可在 Wi sconsi n软件包系统支持文档中找到。 FASTA格式的数据库可直接用于 Wi sconsi n软件包中除 BLAST和L0okUp以外的所有程序而不需进 行格式转换。 四、 Sealab环境 SeaLab是 Wi consin软件包基于0 SF/Motif的图形用户界面。它使用户可以在一个基于窗口的 环境中使用大多数 Wi consin软件包中的程序和所有支持的数据库。 Sealab的使用需要在微型 计算机上运行X-termina或X-server。关于X-server软件的介绍可以在GC主页ww.gcg.com 中找到。 Wi consin软件包初始化完成后,在UNX提示符下键入命令 seql ab以启动 Sealab。这时会出现 个标题为 Sealab主窗口的窗口(如图4.1所示)。这个主窗口可以有两种模式: Main li st 模式和 lEdi tor.模式(这里即指 SeaLab Edi tor)。在 Main li st模式中 SeaLab主窗口显示一个 列表文件,文件中包含单序列文件、列表文件、多序列格式(MSF)文件、富含序列格式 RSF)文件以及数据库条目的名称。在 Edi tor模式下 Sealab主窗口显示这些文件和数据库条 目中的序列。用户可用 Sealab主窗口(图4.1)中的Mode:选择按钮在两种模式之间进行切 换。两种模式下都可以访问 Wi consin软件包程序以及所支持的数据库,然而除此以外在 SeaLab Edi tor下用户还可以编辑和注释序列。因此这一章重点介绍 ISeqLab Edi tor。 横贯 Sealab主窗口顶端的是一个菜单条,菜单选项可概括如下: file://E:wcb生物信息学(中译本)\第四章应用GCG进行序列分析.htm 2005-1-18Wisconsin䕃ӊࣙᬃᣕ৘⾡UNIXᑇৄҹঞOpenVMSDŽ݇ѢGCGˈWisconsin䕃ӊࣙᬃˈᣕⱘᑇৄ ҹঞ⹀ӊ䳔∖ⱘϔ㠀ᗻֵᙃৃҹ೼GCGⱘЏ义˄/www.gcg.com/˅ҹঞWisconsin䕃ӊࣙⱘ⫼᠋ DŽࠄЁᡒݠ᠟ ϝǃWisconsin䕃ӊࣙՓ⫼ⱘ᭄᥂ᑧ GCGᬃᣕѨ⾡᭄᥂ᑧկWisconsin䕃ӊࣙՓ⫼ˈ݊Ёࣙᣀϸ⾡Ḍ䝌᭄᥂ᑧ੠ϝ⾡㲟ⱑ䋼᭄᥂ ᑧDŽ䖭ѯ᭄᥂ᑧ᮶᳝GCGḐᓣⱘ˄կ໻໮᭄Wisconsin䕃ӊࣙ⿟ᑣՓ⫼˅ˈг᳝BLASTḐᓣⱘ ˄կBLAST᭄᥂ᑧ᧰㋶⿟ᑣՓ⫼˅DŽৠᯊ䖬ᦤկњ⫼ѢLookUp⿟ᑣҹঞ᭄᥂ᑧখ㗗᧰㋶ⱘ㋶ ᓩDŽ GCGᬃᣕⱘϸ⾡Ḍ䝌᭄᥂ᑧᰃGenBank᭄᥂ᑧ˄Benson et al., 1997)ҹঞҙ⬅GenBankЁ≵᳝ ⱘᑣ߫㒘៤ⱘㅔ࣪⠜ⱘEMBLḌ䝌ᑣ᭄߫᥂ᑧ˄Stoesser et al., 1997˅DŽЎњᮍ֓䖯㸠᧰ ㋶ˈ䖭ϸϾ᭄᥂ᑧ㹿㒘ড়៤ϔϾ᳈Ўᑓ⊯ⱘḌ䝌᭄᥂ᑧˈ⿄ЎGenEMBLPlusDŽ䖭Ͼ㘨ড়᭄᥂ᑧ ࣙᣀGenBank੠EMBLḌ䝌ᑣ᭄߫᥂ᑧⱘ㸼䖒ᑣ߫ᷛ䆄˄EST˅ˈᑣ߫ᷛ䆄ԡ⚍˄STS˅ҹঞ෎಴ 㒘ᑣ߫㒉㾜˄GSS˅ᴵⳂ䚼ߚDŽৃҹ⫼⡍ᅮTAG߿ߚ᧰㋶䖭ϝ䚼ߚ⫼៪⡍ᅮGenEMBL᧰㋶≵᳝䖭 ϝ䚼ߚⱘGenEMBLPlusDŽ GCGᬃᣕⱘϝ⾡㲟ⱑ䋼᭄᥂ᑧᰃProtein Information Resource(PIR)೑䰙㲟ⱑ䋼ᑣ᭄߫᥂ᑧ ˄George et al., 1997), SWISS PROT㲟ⱑ䋼ᑣ᭄߫᥂ᑧ˄Bairoch and Apweiler, 1997)੠ SP-TrEMBL᭄᥂ᑧ(Bairoch and Apweiler, 1997)DŽSP-TrEMBLᰃ⃻⌆⫳⠽ֵᙃᄺⷨお᠔ҹঞ SwitzenlandⱘGeneva໻ᄺⱘAmos Bairochम຿㘨ড়ᓔথⱘDŽᅗࣙ৿њ໻໮᭄೼EMBL᭄᥂ᑧᴵ ⳂЁ᳝ᷛ䆄ⱘ乘⌟ⱘ㗏䆥ऎඳˈԚϡࣙ৿Ꮖ㒣೼SWISS-PROTЁߎ⦃ⱘӏԩᴵⳂDŽSP-TrEMBLЁ ⱘᴵⳂ⫼SWISS-PROTⱘḐᓣ䖯㸠⊼䞞ˈᔧ䖭ѯᴵⳂ೼SWISS-PROTЁߎˈᯊ⦃ህӮҢSP-TrEMBL Ёߴ䰸ᥝDŽЎњᮍ֓䖯㸠᧰㋶ˈSWISS-PROT੠SP-TrEMBL䖭ϸϾ᭄᥂ᑧ㹿㒧ড়೼ϔ䍋㒘៤ϔϾ ᳈Ўᑓ⊯ⱘ㲟ⱑ䋼᭄᥂ᑧ��SWISS-PROTPlusDŽ GCGᬃᣕⱘ᭄᥂ᑧϸϾ᳜᳈ᮄϔ⃵˄ϢGenBank᭄᥂ᑧⱘ᳈ᮄ᮹⿟ৠℹ˅ˈ䖭ᰃGCG᭄᥂ᑧ᳈ᮄ ᳡ࡵⱘϔ䚼ߚDŽWisconsin䕃ӊࣙᅲԧ⿟ᑣ੠㛮ᴀгৃ⫼Ѣϟ䕑᭄᥂ᑧҹঞḐᓣ࣪キ⚍Ϟⱘ᭄ ᥂ᑧ⠜ᴀˈ៪㗙⫼Ѣ᭄᥂ᑧ⠜ᴀ䯈ⱘ᳈ᮄҹঞᇚϾҎⱘ᭄᥂ᑧ䕀ᤶЎWisconsin䕃ӊࣙ⫼ৃ᭄ ᥂ᑧⱘḐᓣDŽ䖭ѯᅲԧ⿟ᑣⱘ߫㸼੠䇈ᯢ䛑ৃ೼Wisconsin䕃ӊࣙLTD㒳ᬃᣕ᭛ḷЁᡒࠄDŽ FASTAḐᓣⱘ᭄᥂ᑧৃⳈ᥹⫼ѢWisconsin䕃ӊࣙЁ䰸BLAST੠LookUpҹ໪ⱘ᠔᳝⿟ᑣ㗠ϡ䳔䖯 㸠Ḑᓣ䕀ᤶDŽ ಯǃSeqLab⦃๗ SeqLabᰃWisconsin䕃ӊࣙ෎ѢOSF/Motifⱘ೒ᔶ⫼᠋⬠䴶DŽᅗՓ⫼᠋ৃҹ೼ϔϾ෎Ѣにষⱘ ⦃๗ЁՓ⫼໻໮᭄Wisconsin䕃ӊࣙЁⱘ⿟ᑣ੠᠔᳝ᬃᣕⱘ᭄᥂ᑧDŽSeqLabⱘՓ⫼䳔㽕೼ᖂൟ 䅵ㅫᴎϞ䖤㸠X-terminal៪X-serverDŽ݇ѢX-server䕃ӊⱘҟ㒡ৃҹ೼GCGЏ义www.gcg.com ЁᡒࠄDŽ Wisconsin䕃ӊࣙྟ߱࣪ᅠ៤ৢˈ೼UNIXᦤ⼎ヺϟ䬂ܹੑҸseqlabҹਃࡼSeqLabDŽ䖭ᯊӮߎ⦃ ϔϾᷛ乬ЎSeqLabЏにষⱘにষ˄བ೒4.1᠔⼎˅DŽ䖭ϾЏにষৃҹ᳝ϸ⾡῵ᓣ˖Main List ῵ᓣ੠Editor῵ᓣ˄䖭䞠ेᣛSeqLab Editor˅DŽ೼Main List῵ᓣЁSeqLabЏにষᰒ⼎ϔϾ ߫㸼᭛ӊˈ᭛ӊЁࣙ৿ऩᑣ߫᭛ӊǃ߫㸼᭛ӊǃ໮ᑣ߫Ḑᓣ˄MSF˅᭛ӊǃᆠ৿ᑣ߫Ḑᓣ ˄RSF˅᭛ӊҹঞ᭄᥂ᑧᴵⳂⱘৡ⿄DŽ೼Editor῵ᓣϟSeqLabЏにষᰒ⼎䖭ѯ᭛ӊ੠᭄᥂ᑧᴵ ⳂЁⱘᑣ߫DŽ⫼᠋ৃ⫼SeqLabЏにষ˄೒4.1˅ЁⱘMode:䗝ᢽᣝ䪂೼ϸ⾡῵ᓣП䯈䖯㸠ߛ ᤶDŽϸ⾡῵ᓣϟ䛑ৃҹ䆓䯂Wisconsin䕃ӊࣙ⿟ᑣҹঞ᠔ᬃᣕⱘ᭄᥂ᑧˈ✊㗠䰸ℸҹ໪೼ SeqLab Editorϟ⫼᠋䖬ৃҹ㓪䕥੠⊼䞞ᑣ߫DŽ಴ℸ䖭ϔゴ䞡⚍ҟ㒡SeqLab EditorDŽ ῾䌃SeqLabЏにষ乊ッⱘᰃϔϾ㦰ऩᴵˈ㦰ऩ䗝乍ৃὖᣀབϟ˖ ㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ 义ⷕˈ2/15 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com