第八章多序列比对的实际应用 页码,8/11 PROBE程序的UNX发行版本的命令行采用这个形式 probe fastafi e database -S<int> [options]>outfile 在这里, fastafile是进行搜索的种子序列文件,采用 FASTA格式存储; database是要搜索的 目标数据库;跟在-s标志后面的数字是进行搜索的随机种子,然后是打分阈值选项,可以是 任意一个数字,再后面是返回序列的最大数目,等等。程序执行一次需要相当长的时间,但 是得到的输出结果是相当值得的。图8.6显示了一个 PROBE得到的输出文件,种子序列是 amphoterin,一种和高度流动组蛋白(HMG-1)相关的DNA-捆绑蛋白;最后找到了两个块,共 包含50多个残基,每个块都是PR0BE用统计学计算出来的最佳比对。对于每个序列,属于块部 分的序列残基数目都被显示出来,后面跟着 标记符以及这个条目的统计值。 PROBE产生 的输出文件包含残基频率信息,以及内容信息,统计信息和” j ack kni fe”程序剔除的序列 列表。 演示方法 上述的比对方法对于寻找最佳比对这一点都很严格,但是它们的输出结果的阅读质量都不是 太好,所以有必要从这些程序中得到输出结果,然后把结果输出到另外一些软件中去,使得 多序列比对的结果可读性更好一些。这些演示方法通常都会让使用者更加容易地识别所有序 列中精巧的序列样式,比通常显示的“一致序列”效果还好 MacBoxShade MacBox shade(或者简写为 MacBox),是WS/UNX应用程序 Box Shade的一个 Maci tosh版本, 它提供一个很简单的机制使得多序列比对结果形成一定的格式。 MacBox只能读 GCG MSF格式的 比对文件,所以必须用其他程序(例如 ReadSeq)把序列文件转化为它可以阅读的形式。虽然 只支持一种输入格式,但是再输出上就有较多的选项了:这包括 PostScri pt,支。虽然 PostScri pt打印机或者用 PostScri pt形式浏览;还有PCT,缺省的 Maci ntos格式,可以输入 到字处理或者图形处理软件中去。通过大量的简单对话框,用户可以指定色彩方案,给残基 记数的形式,以及与计算一致序列有关的选项。 Sims和 Groups是两个重要的对话框,控制了如何计算一致序列,两者的区别很细微但是十分 重要。Sims对话框定义了什么样的残基之间相互相似,并且关系并非相反; Groups.对话框允 许确认离散的群体,再这些群体中,所有同一个群体中的残基都认为是相同的,就是说,如 果一个群体被定义为拥有 I ysi ne, argi ni ne和 hist di ne,那么在一个比对中给定位点出现任 何一个这样的残基都会被认为是匹配的。检测这两个对话框十分重要,因为用户希望用缺省 值计算一致序列。 为了描述 MacBox的使用,一定量的组蛋白H1序列和从酵母中得到的H1经过比对,并且被转化 为MSF格式,这个MSF序列文件被 MacBox打开,并且要求程序通过普通对话框打印一致序列 还是在同一个对话框中,显示一致序列的方法被改为BLU,意思是在一个给定位点,非保守位 点用空格( bl ank)表示,保守残基用小写字母表示,相同残基用大写字母表示。要真正运行 比对程序,可以从“Doit!”下拉菜单中选择“ Di spl ay PICT",会产生如图8.7的窗口 致序列的表示法可以在普通对话框中改变成用户期望的形式。用户可以不象这里所作的根 据所有序列的相似性留下阴影的形式,而是可以指定比对中的一个单个序列,然后根据其他 序列同这个序列相似性的程度留下阴影。 对于没有 Maci tosh或者UNX机器的用户来说,原始的 BoxShade程序可以通过互联网访问,通 过下拉菜单而不是上述的对话框。当然,那样是不可能选择色彩方案或者选择如何显示一个 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第八章多序列比对的实际应用.htm 2005-1-18PROBE⿟ᑣⱘUNIXথ㸠⠜ᴀⱘੑҸ㸠䞛⫼䖭Ͼᔶᓣ˖ probe fastafile database –s<int> [options] > outfile ೼䖭䞠ˈfastafileᰃ䖯㸠᧰㋶ⱘ⾡ᄤᑣ߫᭛ӊˈ䞛⫼FASTAḐᓣᄬټ˗databaseᰃ㽕᧰㋶ⱘ Ⳃ᭄ᷛ᥂ᑧ˗䎳೼-sᷛᖫৢ䴶ⱘ᭄ᄫᰃ䖯㸠᧰㋶ⱘ䱣ᴎ⾡ᄤˈ✊ৢᰃᠧߚ䯜ؐ䗝乍ˈৃҹᰃ ӏᛣϔϾ᭄ᄫˈݡৢ䴶ᰃ䖨ಲᑣ߫ⱘ᳔໻᭄ⳂˈㄝㄝDŽ⿟ᑣᠻ㸠ϔ⃵䳔㽕Ⳍᔧ䭓ⱘᯊ䯈ˈԚ ᰃᕫࠄⱘ䕧ߎ㒧ᵰᰃⳌᔧؐᕫⱘDŽ೒8.6ᰒ⼎њϔϾPROBEᕫࠄⱘ䕧ߎ᭛ӊˈ⾡ᄤᑣ߫ᰃ amphoterinˈϔ⾡੠催ᑺ⌕ࡼ㒘㲟ⱑ˄HMG-1˅Ⳍ݇ⱘDNA-ᤚ㒥㲟ⱑ˗᳔ৢᡒࠄњϸϾഫˈ݅ ࣙ৿50໮Ͼ⅟෎ˈ↣Ͼഫ䛑ᰃPROBE⫼㒳䅵ᄺ䅵ㅫߎᴹⱘ᳔Շ↨ᇍDŽᇍѢ↣Ͼᑣ߫ˈሲѢഫ䚼 ߚⱘᑣ߫⅟෎᭄Ⳃ䛑㹿ᰒ⼎ߎᴹˈৢ䴶䎳ⴔϔϾgiᷛ䆄ヺҹঞ䖭ϾᴵⳂⱘ㒳䅵ؐDŽPROBEѻ⫳ ⱘ䕧ߎ᭛ӊࣙ෎1/৿乥⥛ֵᙃˈҹঞݙᆍֵᙃˈ㒳䅵ֵᙃ੠”jack knife”⿟ᑣࠨ䰸ⱘᑣ߫ ߫㸼DŽ ⓨ⼎ᮍ⊩ Ϟ䗄ⱘ↨ᇍᮍ⊩ᇍѢᇏᡒ᳔Շ↨ᇍ䖭ϔ⚍䛑ᕜϹḐˈԚᰃᅗӀⱘ䕧ߎ㒧ᵰⱘ䯙䇏䋼䞣䛑ϡᰃ ໾དˈ᠔ҹ᳝ᖙ㽕Ң䖭ѯ⿟ᑣЁᕫࠄ䕧ߎ㒧ᵰˈ✊ৢᡞ㒧ᵰ䕧ࠄߎ໪঺ϔѯ䕃ӊЁএˈՓᕫ ໮ᑣ߫↨ᇍⱘ㒧ᵰৃ䇏ᗻ᳈དϔѯDŽ䖭ѯⓨ⼎ᮍ⊩䗮ᐌ䛑Ӯ䅽Փ⫼㗙᳈ࡴᆍᯧഄ䆚߿᠔᳝ᑣ ߫Ё㊒Ꮋⱘᑣ߫ḋᓣˈ↨䗮ᐌᰒ⼎ⱘĀϔ㟈ᑣ߫āᬜᵰ䖬དDŽ MacBoxShade MacBoxShade˄៪㗙ㅔݭЎMacBox˅ˈᰃVMS/UNIXᑨ⫼⿟ᑣBoxShadeⱘϔϾMacintosh⠜ᴀˈ ᅗᦤկϔϾᕜㅔऩⱘᴎࠊՓᕫ໮ᑣ߫↨ᇍ㒧ᵰᔶ៤ϔᅮⱘḐᓣDŽMacBoxা㛑䇏GCG MSFḐᓣⱘ ↨ᇍ᭛ӊˈ᠔ҹᖙ乏⫼݊Ҫ⿟ᑣ˄՟བReadSeq˅ᡞᑣ߫᭛ӊ䕀࣪Ўᅗৃҹ䯙䇏ⱘᔶᓣDŽ㱑✊ াᬃᣕϔ⾡䕧ܹḐᓣˈԚᰃݡ䕧ߎϞህ᳝䕗໮ⱘ䗝乍њ˖䖭ࣙᣀPostScriptˈᬃᣕ PostScriptᠧॄᴎ៪㗙⫼PostScriptᔶᓣ⌣㾜˗䖬᳝PICTˈ㔎ⳕⱘMacintoshḐᓣˈৃҹ䕧ܹ ࠄᄫ໘⧚៪㗙೒ᔶ໘⧚䕃ӊЁএDŽ䗮䖛໻䞣ⱘㅔऩᇍ䆱Ḛˈ⫼᠋ৃҹᣛᅮ㡆ᔽᮍḜˈ㒭⅟෎ 䆄᭄ⱘᔶᓣˈҹঞϢ䅵ㅫϔ㟈ᑣ᳝߫݇ⱘ䗝乍DŽ Sims੠GroupsᰃϸϾ䞡㽕ⱘᇍ䆱Ḛˈ᥻ࠊњབԩ䅵ㅫϔ㟈ᑣ߫ˈϸ㗙ⱘऎ߿ᕜ㒚ᖂԚᰃकߚ 䞡㽕DŽSimsᇍ䆱ḚᅮНњҔМḋⱘ⅟෎П䯈ⳌѦⳌԐˈᑊϨ݇㋏ᑊ䴲Ⳍড˗Groupsᇍ䆱Ḛܕ 䆌⹂䅸⾏ᬷⱘ㕸ԧˈݡ䖭ѯ㕸ԧЁˈ᠔᳝ৠϔϾ㕸ԧЁⱘ⅟෎䛑䅸ЎᰃⳌৠⱘˈህᰃ䇈ˈབ ᵰϔϾ㕸ԧ㹿ᅮНЎᢹ᳝lysineˈarginine੠histidineˈ䙷М೼ϔϾ↨ᇍЁ㒭ᅮԡ⚍ߎ⦃ӏ ԩϔϾ䖭ḋⱘ⅟෎䛑Ӯ㹿䅸Ўᰃऍ䜡ⱘDŽẔ⌟䖭ϸϾᇍ䆱Ḛकߚ䞡㽕ˈ಴Ў⫼᠋Ꮰᳯ⫼㔎ⳕ ؐ䅵ㅫϔ㟈ᑣ߫DŽ Ўњᦣ䗄MacBoxⱘՓ⫼ˈϔᅮ䞣ⱘ㒘㲟ⱑH1ᑣ߫੠Ң䝉↡ЁᕫࠄⱘH1㒣䖛↨ᇍˈᑊϨ㹿䕀࣪ ЎMSFḐᓣˈ䖭ϾMSFᑣ߫᭛ӊ㹿MacBoxᠧᓔˈᑊϨ㽕∖⿟ᑣ䗮䖛᱂䗮ᇍ䆱Ḛᠧॄϔ㟈ᑣ߫DŽ 䖬ᰃ೼ৠϔϾᇍ䆱ḚЁˈᰒ⼎ϔ㟈ᑣ߫ⱘᮍ⊩㹿ᬍЎBLUˈᛣᗱᰃ೼ϔϾ㒭ᅮԡ⚍ˈ䴲ֱᅜԡ ⚍⫼ぎḐ˄blank˅㸼⼎ˈֱᅜ⅟෎⫼ᇣݭᄫ↡㸼⼎ˈⳌৠ⅟෎⫼໻ݭᄫ↡㸼⼎DŽ㽕ⳳℷ䖤㸠 ↨ᇍ⿟ᑣˈৃҹҢ“Do itʽāϟᢝ㦰ऩЁ䗝ᢽ“Display PICT”ˈӮѻ⫳བ೒8.7ⱘにষˈ ϔ㟈ᑣ߫ⱘ㸼⼎⊩ৃҹ೼᱂䗮ᇍ䆱ḚЁᬍব៤⫼᠋ᳳᳯⱘᔶᓣDŽ⫼᠋ৃҹϡ䈵䖭䞠᠔԰ⱘḍ ᥂᠔᳝ᑣ߫ⱘⳌԐᗻ⬭ϟ䰈ᕅⱘᔶᓣˈ㗠ᰃৃҹᣛᅮ↨ᇍЁⱘϔϾऩϾᑣ߫ˈ✊ৢḍ᥂݊Ҫ ᑣ߫ৠ䖭Ͼᑣ߫ⳌԐᗻⱘ⿟ᑺ⬭ϟ䰈ᕅDŽ ᇍѢ≵᳝Macintosh៪㗙UNIXᴎ఼ⱘ⫼᠋ᴹ䇈ˈॳྟⱘBoxShade⿟ᑣৃҹ䗮䖛Ѧ㘨㔥䆓䯂ˈ䗮 䖛ϟᢝ㦰ऩ㗠ϡᰃϞ䗄ⱘᇍ䆱ḚDŽᔧ✊ˈ䙷ḋᰃϡৃ㛑䗝ᢽ㡆ᔽᮍḜ៪㗙䗝ᢽབԩᰒ⼎ϔϾ ㄀ܿゴ໮ᑣ߫↨ᇍⱘᅲ䰙ᑨ⫼ 义ⷕˈ8/11 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ܿゴ໮ᑣ߫↨ᇍⱘᅲ䰙ᑨ⫼.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com