第八章多序列比对的实际应用 页码,9/11 致序列了,但是可以指定一致序列基于字母还是符号 ALSCRI PT ALSCRIPT是一个基于UNX或者PC机平台的程序,它可以灵活地把多序列比对的输出结果格式 化为 PostScri p格式,然后比对就可以在 Postscri p打印机上打印或者用 PostScri pt浏览。 ALSCRIPT的输入必须是如下三种格式之一:一个块文件, CLUSTAL W格式或者GCG格式;使用 CLUS2BLC和MSF2BLC程序可以把其他格式转化为 ALSCRIPT可以阅读的格式,这两个程序都在 ALSCRIPT程序包中。 ALSCRIPT在报告比对时提供了很好的灵活性:用户可以指定字体,部分 比对的方框,选择阴影,增加文本识别,增加符号和行数以及颜色的选择。虽然 ALSCRIPT本 身不能产生或者编辑比对,但是它可以计算出一致序列并且用适当的方式显示匹配于一致序 列的残基。正确使用程序可以揭示序列中的某些特征,比如电荷分布或者序列信号。 图8.8显示了一个 ALSCRIPT命令文件格式的例子,命令文件被分解为两个逻辑部分,称为步骤 1和步骤2。步骤1(step1)命令控制了比对的总体面貌:字体型号,字体大小,记录定向以 及颜色定义等等,步骤1还给出了输入文件(BL0 CK FILE,块文件)的位置以及比对输出的写 入文件(OUT_FLE,输出文件)。步骤2(Step2)与比对的特定部分有关,比如改变同每 个序列相邻的标号,给特定的残基或者区域打上方框或阴影,给比对标上注释以及计算一致 序列。所有这些例子都显示在图8.8中。注意那些注释行(行前标记为#),它们简单地介绍 了每一个代码块的作用,这些代码都是由普通的大多数命令都使用的语法写的。跟在 B0XREG0N命令后面的四个数字显示序列中哪些区域被召集,在这里,第一个BOX_REG|ON命 令后面是63158,意思是从第三个序列的第六个残基开始到第八个序列的第十五个残基扌 上方框。写好的文件可以直接被 ALSCR|PT使用,这些文件可以从网上得到,也可以由发布的 UN|X版本自带 ALSCR|PT和 MacBox shade使用的序列例子是一样的,但是程序本质上是不一样的,报告序列也 是不一样的,图8.7和8.9的区别是很明显的。怎样评估和权衡十分容易: MacBox Shade比较容 易使用,因为所有因素都是对话框形式的,但是选项有限:而 ALSCRIPT提供了更多的输出选 项,但是正如显示的命令文件,学习怎样指定输出的格式需要一定的时间作为代价。实际 上, ALSCRIPT命令文件可以由模式组成,这些模式使用于一个比对到另一个比对,只要用户 对数字作必要的修改,这是一个很专业的产出结果。怎样选择比对格式工具依赖于用户的最 终应用需要�是要进行迅速地浏览观测还是要得到拥有出版质量的图形。 第八章中涉及到的有关课题的互联网地址: 比对方法 HTTP网址 Cal i gnment method) Clustal w http://www2.ebi.ac.uk/culstalw/ http://www.ibc.wustle.edu/ibc/msa.html Mul talin http://www.toulouseinrafr/cgi-bin/multalin.pl 模体和样式HP网址 (moti fs and file://E:wcb生物信息学(中译本)\第八章多序列比对的实际应用.htm 2005-1-18ϔ㟈ᑣ߫њˈԚᰃৃҹᣛᅮϔ㟈ᑣ߫෎Ѣᄫ↡䖬ᰃヺোDŽ ALSCRIPT ALSCRIPTᰃϔϾ෎ѢUNIX៪㗙PCᴎᑇৄⱘ⿟ᑣˈᅗৃҹ♉⌏ഄᡞ໮ᑣ߫↨ᇍⱘ䕧ߎ㒧ᵰḐᓣ ࣪ЎPostScriptḐᓣˈ✊ৢ↨ᇍህৃҹ೼PostScriptᠧॄᴎϞᠧॄ៪㗙⫼PostScript⌣㾜DŽ ALSCRIPTⱘ䕧ܹᖙ乏ᰃབϟϝ⾡ḐᓣПϔ˖ϔϾഫ᭛ӊˈCLUSTAL WḐᓣ៪㗙GCGḐᓣ˗Փ⫼ CLUS2BLC੠MSF2BLC⿟ᑣৃҹᡞ݊ҪḐᓣ䕀࣪ЎALSCRIPTৃҹ䯙䇏ⱘḐᓣˈ䖭ϸϾ⿟ᑣ䛑೼ ALSCRIPT⿟ᑣࣙЁDŽALSCRIPT೼᡹ਞ↨ᇍᯊᦤկњᕜདⱘ♉⌏ᗻ˖⫼᠋ৃҹᣛᅮᄫԧˈ䚼ߚ ↨ᇍⱘᮍḚˈ䗝ᢽ䰈ᕅˈ๲ࡴ᭛ᴀ䆚߿๲ˈࡴヺো੠㸠᭄ҹঞ买㡆ⱘ䗝ᢽDŽ㱑✊ALSCRIPTᴀ 䑿ϡ㛑ѻ⫳៪㗙㓪䕥↨ᇍˈԚᰃᅗৃҹ䅵ㅫߎϔ㟈ᑣ߫ᑊϨ⫼䗖ᔧⱘᮍᓣᰒ⼎ऍ䜡Ѣϔ㟈ᑣ ߫ⱘ⅟෎DŽℷ⹂Փ⫼⿟ᑣৃҹᧁ⼎ᑣ߫Ёⱘᶤѯ⡍ᕕˈ↨བ⬉㥋ߚᏗ៪㗙ᑣֵ߫োDŽ ೒8.8ᰒ⼎њϔϾALSCRIPTੑҸ᭛ӊḐᓣⱘ՟ᄤˈੑҸ᭛ӊ㹿ߚ㾷ЎϸϾ䘏䕥䚼ߚ鹵ˈЎℹ偸 ੠ℹ偸DŽℹ偸˄Step1˅ੑҸ᥻ࠊњ↨ᇍⱘᘏԧ䴶䉠˖ᄫԧൟোˈᄫԧ໻ᇣˈ䆄ᔩᅮ৥ҹ ঞ买㡆ᅮНㄝㄝˈℹ偸䖬㒭ߎњ䕧ܹ᭛ӊ˄BLOCK_FILE, ഫ᭛ӊ˅ⱘԡ㕂ҹঞ↨ᇍ䕧ߎⱘݭ ܹ᭛ӊ˄OUT_FILE, 䕧ߎ᭛ӊ˅DŽℹ偸2 (Step2) Ϣ↨ᇍⱘ⡍ᅮ䚼ߚ↨ˈ᳝݇བᬍবৠ↣ϔ Ͼᑣ߫Ⳍ䚏ⱘᷛোˈ㒭⡍ᅮⱘ⅟෎៪㗙ऎඳᠧϞᮍḚ៪䰈ᕅˈ㒭↨ᇍᷛϞ⊼䞞ҹঞ䅵ㅫϔ㟈 ᑣ߫DŽ᠔᳝䖭ѯ՟ᄤ䛑ᰒ⼎೼೒8.8ЁDŽ⊼ᛣ䙷ѯ⊼䞞㸠˄㸠ࠡᷛ䆄Ў˅ˈᅗӀㅔऩഄҟ㒡 њ↣ϔϾҷⷕഫⱘ԰⫼ˈ䖭ѯҷⷕ䛑ᰃ⬅᱂䗮ⱘ໻໮᭄ੑҸ䛑Փ⫼ⱘ䇁⊩ݭⱘDŽ䎳೼ BOX_REGIONੑҸৢ䴶ⱘಯϾ᭄ᄫᰒ⼎ᑣ߫Ёાѯऎඳ㹿ী䲚ˈ೼䖭䞠ˈ㄀ϔϾBOX_REGIONੑ Ҹৢ䴶ᰃ6 3 15 8ˈᛣᗱᰃҢ㄀ϝϾᑣ߫ⱘ㄀݁Ͼ⅟෎ᓔྟࠄܿ㄀Ͼᑣ߫ⱘ㄀कѨϾ⅟෎ᠧ ϞᮍḚDŽݭདⱘ᭛ӊৃҹⳈ᥹㹿ALSCRIPTՓ⫼ˈ䖭ѯ᭛ӊৃҹҢ㔥Ϟᕫࠄˈгৃҹ⬅থᏗⱘ UNIX⠜ᴀ㞾ᏺDŽ ALSCRIPT੠MacBoxShadeՓ⫼ⱘᑣ߫՟ᄤᰃϔḋⱘˈԚᰃ⿟ᑣᴀ䋼Ϟᰃϡϔḋⱘˈ᡹ਞᑣ߫г ᰃϡϔḋⱘˈ೒8.7੠8.9ⱘऎ߿ᰃᕜᯢᰒⱘDŽᗢḋ䆘Ԅ੠ᴗ㸵कߚᆍᯧ˖MacBoxShade↨䕗ᆍ ᯧՓ⫼ˈ಴Ў᠔᳝಴㋴䛑ᰃᇍ䆱ḚᔶᓣⱘˈԚᰃ䗝乍᳝䰤˗㗠ALSCRIPTᦤկњ᳈໮ⱘ䕧ߎ䗝 乍ˈԚᰃℷབᰒ⼎ⱘੑҸ᭛ӊˈᄺдᗢḋᣛᅮ䕧ߎⱘḐᓣ䳔㽕ϔᅮⱘᯊ䯈԰ЎҷӋDŽᅲ䰙 ϞˈALSCRIPTੑҸ᭛ӊৃҹ⬅῵ᓣ㒘៤ˈ䖭ѯ῵ᓣՓ⫼ѢϔϾ↨ᇍࠄ঺ϔϾ↨ᇍˈা㽕⫼᠋ ᇍ᭄ᄫ԰ᖙ㽕ⱘׂᬍˈ䖭ᰃϔϾᕜϧϮⱘѻߎ㒧ᵰDŽᗢḋ䗝ᢽ↨ᇍḐᓣᎹ݋ձ䌪Ѣ⫼᠋ⱘ᳔ 㒜ᑨ⫼䳔㽕�ᰃ㽕䖯㸠䖙䗳ഄ⌣㾜㾖⌟䖬ᰃ㽕ᕫࠄᢹ᳝ߎ⠜䋼䞣ⱘ೒ᔶDŽ ㄀ܿゴЁ⍝ঞࠄⱘ᳝݇䇒乬ⱘѦ㘨㔥ഄഔ˖ ↨ᇍᮍ⊩ ˄alignment method˅ HTTP㔥ഔ Clustal W http://www2.ebi.ac.uk/culstalw/ MSA http://www.ibc.wustle.edu/ibc/msa.html MultAlin http://www.toulouse.inra.fr/cgi-bin/multalin.pl ῵ԧ੠ḋᓣ (motifs and HTTP㔥ഔ ㄀ܿゴ໮ᑣ߫↨ᇍⱘᅲ䰙ᑨ⫼ 义ⷕˈ9/11 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ܿゴ໮ᑣ߫↨ᇍⱘᅲ䰙ᑨ⫼.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com