第二节：蛋白质结构的测定与理论预测 例八二、蛋白质结构比对 (三)常用结构比对方法 方法 网址 一维码 方法要点 CE http://cl.sdsc.edu/jfatcatserver/ ▣ 分子内距离比较方法，采用最优路径扩张的策略 TM-align http://zhanglab.ccmb med umich edu/TM-align/ ▣▣ 类似于分子间距离比较方法动态规划 DALI 新▣ http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/ 分子内距离比较方法 K2 http://zlab.bu.edu/k2sa/index.shtml 采用遗传算法 SHEBA t回 http://ccrod.cancer.gov/confluence/display/ 分层次的比对 CCRLEESHEBA ▣ MultiProt http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/MultiProt/ 多结构比对方法 ▣9 ▣3 PDBeFold http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/ 基于二级结构单元匹配 ▣2▣ STRUCTURAL http://molmovdb.mbb.yale.edu/align/ 基于双动态规划 2的 VAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/ 基于图论的方法 vastsearch.html ▣ SuperPose http://wishartbiology.ualberta.ca/SuperPose 基于四元数特征值算法比对 8二、蛋白质结构比对 第二节：蛋白质结构的测定与理论预测 1 8 （三）常用结构比对方法