利用蛋白质序列的预测方法 页码,4/20 >pl:b429979.87754 1 5. 17 reti nobl astoma-associ ated protein 2-hl 1:a574679.91 16475.74‖Ra1BP1-rat 图11.1基于氨基酸组成的 PROPSEARCH数据搜索。输入序列是人自身抗原NR-90。为简洁起 见,除去了解释性材料和一张与整个目标数据库距离打分的直方图。表中的列给出的是根据 距离得分排列的顺序、SMSS-PR0T或PIR标识、距离得分、査询序列与该序列重叠的长度、重 叠的位置(从P0S1到P0S2)、计算出的p,以及对该序列的描述 MOWSE 分子量搜索( Mol ecul ar Wei ght Search, MOWSE)算法利用了通过质谱(MS)技术获得的信 息( Pappi n等,1993)。利用完整蛋白质的分子量及其被特定蛋白酶消化后产物的分子量, 种未知蛋白质能被准确无误地确认,给出由若干实验才能决定的结果。由于未知蛋白无需 再全部或部分测序,这一方法显著地减少了实验时间 MOWSE的输入是一个纯文本文件,包含一张实验测定的肽段列表,分子量范围在0.7到4.0Kda 之间。计算过程基于在OW非冗余蛋白质序列库( Aki gg等,1988)中包含的信息。打分基于 在一定分子量范围内蛋白中一个片段分子量出现的次数。输出的结果是得分最佳的30个蛋白 的列表,包括它们在0唰中的条目名称,相符肽段序列,和其它统计信息。模拟研究得出在使 用5个或更少输入肽段分子量时,准确率为99%。该搜索服务可通过向 mowseedaresburg.a.k发送电子邮件实现。为获得更多关于查询格式的细节信息,可以相该 地址发送电子邮件,并在消息正文中写上“help”这个词 基于序列的物理性质 Compute pl/M(ExPASy) Compute pl/M是计算输入序列等电点和分子量的工具。对pl的确定基于早期研究中将蛋白质 从由中性到酸性变性条件下迁移过程中所获得的pK值( Bel l gvi st等,1993)。因此,该作 者警告用户,对于碱性蛋白质所得到的p值可能不准确。分子量的计算是把序列中每个氨基 酸的同位素平均分子量加在一起,再加上一个水分子的分子量。用户可以把序列整理为 FASTA 格式,或提供 SWISS-PR0T标识,或者是可唯一确定的添加号。若用户提供了序列,该工具会 自动计算全序列的p和分子量:若用户提供的是SWSS-PROT标识,程序会显示该条目的描述 和物种记录;如果用户给出了一段序列片段范围则计算将在该片段上进行,而不是针对整个 序列 Pepti deMass (ExPASy) Pepti deMass工具针对肽段谱图分析实验,用于确定蛋白质在与特定蛋白酶或化学试剂作用下 的内切产物( Wi Akins等,1997)。通过 Pepti deMass可以预测水解结果的酶和试剂包括:胰 蛋白酶( trypsi n)、糜蛋白酶( chymotrypsin n)、LysC、溴化氰、ArgC、AspN和GlUC(双羧 酯或磷酸酯)。半胱氨酸和甲硫氨酸可在计算产物肽段前加以修饰。若用户提供的是SMSS PROT标识,而不单是一段序列, Pepti deMass还能利用 SWI SS-PROT库中标注中的信息协助计 算。例如,除去信号序列,后在剪切之前引入已知的翻译后修饰。输出结果会列成表格,其 中将给出输入蛋白的p和分子量,然后是SWSS-PROT中关于变种的分子量、位点、修饰后变 种的信息,最后是肽片段的序列 TGREASE file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十一章利用蛋白质序列的预测方 2005-1-18೒11.1෎Ѣ⇼෎䝌㒘៤ⱘPROPSEARCH᭄᥂᧰㋶DŽ䕧ܹᑣ߫ᰃҎ㞾䑿ᡫॳNOR-90DŽЎㅔ⋕䍋 㾕ˈ䰸এњ㾷䞞ᗻᴤ᭭੠ϔᓴϢᭈϾⳂ᭄ᷛ᥂ᑧ䎱⾏ᠧߚⱘⳈᮍ೒DŽ㸼Ёⱘ߫㒭ߎⱘᰃḍ᥂ 䎱⾏ᕫߚᥦ߫ⱘ乎ᑣǃSWISS-PROT៪PIRᷛ䆚ǃ䎱⾏ᕫߚǃᶹ䆶ᑣ߫Ϣ䆹ᑣ߫䞡঴ⱘ䭓ᑺǃ䞡 ঴ⱘԡ㕂˄ҢPOS1ࠄPOS2˅ǃ䅵ㅫߎⱘpIˈҹঞᇍ䆹ᑣ߫ⱘᦣ䗄DŽ MOWSE ߚᄤ䞣᧰㋶˄Molecular Weight SearchˈMOWSE˅ㅫ⊩߽⫼њ䗮䖛䋼䈅˄MS˅ᡔᴃ㦋ᕫⱘֵ ᙃ˄Pappinㄝˈ1993˅DŽ߽⫼ᅠᭈ㲟ⱑ䋼ⱘߚᄤ䞣ঞ݊㹿⡍ᅮ㲟ⱑ䝊⍜࣪ৢѻ⠽ⱘߚᄤ䞣ˈ ϔ⾡᳾ⶹ㲟ⱑ䋼㛑㹿ޚ⹂᮴䇃ഄ⹂䅸ˈ㒭ߎ⬅㢹ᑆᅲ偠ᠡ㛑އᅮⱘ㒧ᵰDŽ⬅Ѣ᳾ⶹ㲟ⱑ᮴䳔 ݡܼ䚼៪䚼ߚ⌟ᑣˈ䖭ϔᮍ⊩ᰒ㨫ഄޣᇥњᅲ偠ᯊ䯈DŽ MOWSEⱘ䕧ܹᰃϔϾ㒃᭛ᴀ᭛ӊˈࣙ৿ϔᓴᅲ偠⌟ᅮⱘ㚑↉߫㸼ˈߚᄤ䞣㣗ೈ೼0.7ࠄ4.0Kda П䯈DŽ䅵ㅫ䖛⿟෎Ѣ೼OWL䴲ݫԭ㲟ⱑ䋼ᑣ߫ᑧ˄Akriggㄝˈ1988˅Ёࣙ৿ⱘֵᙃDŽᠧߚ෎Ѣ ೼ϔᅮߚᄤ䞣㣗ೈݙ㲟ⱑЁϔϾ⠛↉ߚᄤ䞣ߎ⦃ⱘ⃵᭄DŽ䕧ߎⱘ㒧ᵰᰃᕫߚ᳔Շⱘ30Ͼ㲟ⱑ ⱘ߫㸼ˈࣙᣀᅗӀ೼OWLЁⱘᴵⳂৡ⿄ˈⳌヺ㚑↉ᑣ߫ˈ੠݊ᅗ㒳䅵ֵᙃDŽ῵ᢳⷨおᕫߎ೼Փ ⫼Ͼ៪᳈ᇥ䕧ܹ㚑↉ߚᄤ䞣ᯊˈޚ⥛⹂Ў99ˁDŽ䆹᧰㋶᳡ࡵৃ䗮䖛৥ mowse@daresburg.ac.ukথ䗕⬉ᄤ䚂ӊᅲ⦄DŽЎ㦋ᕫ᳈໮݇Ѣᶹ䆶Ḑᓣⱘ㒚㡖ֵᙃˈৃҹⳌ䆹 ഄഔথ䗕⬉ᄤ䚂ӊˈᑊ೼⍜ᙃℷ᭛ЁݭϞ“help”䖭Ͼ䆡DŽ ෎Ѣᑣ߫ⱘ⠽⧚ᗻ䋼 Compute pI/MW˄ExPASy˅ Compute pI/MWᰃ䅵ㅫ䕧ܹᑣ߫ㄝ⬉⚍੠ߚᄤ䞣ⱘᎹ݋DŽᇍpIⱘ⹂ᅮ෎ѢᮽᳳⷨおЁᇚ㲟ⱑ䋼 Ң⬅Ёᗻࠄ䝌ᗻবᗻᴵӊϟ䖕⿏䖛⿟Ё᠔㦋ᕫⱘpKؐ˄Bjellqvistㄝˈ1993˅DŽ಴ℸˈ䆹԰ 㗙䄺ਞ⫼᠋ˈᇍѢ⺅ᗻ㲟ⱑ䋼᠔ᕫࠄⱘpIؐৃ㛑ϡޚ⹂DŽߚᄤ䞣ⱘ䅵ㅫᰃᡞᑣ߫Ё↣Ͼ⇼෎ 䝌ⱘৠԡ㋴ᑇഛߚᄤ䞣ࡴ೼ϔ䍋ˈࡴݡϞϔϾ∈ߚᄤⱘߚᄤ䞣DŽ⫼᠋ৃҹᡞᑣ߫ᭈ⧚ЎFASTA Ḑᓣˈ៪ᦤկSWISS-PROTᷛ䆚ˈ៪㗙ᰃৃଃϔ⹂ᅮⱘ⏏ࡴোDŽ㢹⫼᠋ᦤկњᑣ߫ˈ䆹Ꮉ݋Ӯ 㞾ࡼ䅵ㅫܼᑣ߫ⱘpI੠ߚᄤ䞣˗㢹⫼᠋ᦤկⱘᰃSWISS-PROTᷛ䆚ˈ⿟ᑣӮᰒ⼎䆹ᴵⳂⱘᦣ䗄 ੠⠽⾡䆄ᔩ˗བᵰ⫼᠋㒭ߎњϔ↉ᑣ߫⠛↉㣗ೈ߭䅵ㅫᇚ೼䆹⠛↉Ϟ䖯㸠ˈ㗠ϡᰃ䩜ᇍᭈϾ ᑣ߫DŽ PeptideMass˄ExPASy˅ PeptideMassᎹ݋䩜ᇍ㚑↉䈅೒ߚᵤᅲ偠ˈ⫼Ѣ⹂ᅮ㲟ⱑ䋼೼Ϣ⡍ᅮ㲟ⱑ䝊៪࣪ᄺ䆩ࠖ԰⫼ϟ ⱘߛݙѻ⠽˄Wilkinsㄝˈ1997˅DŽ䗮䖛PeptideMassৃҹ乘⌟∈㾷㒧ᵰⱘ䝊੠䆩ࠖࣙᣀ˖㛄 㲟ⱑ䝊˄trypsin˅ǃ㊰㲟ⱑ䝊˄chymotrypsin˅ǃLysCǃ⒈࣪∃ǃArgCǃAspN੠GluC˄ঠ㕻 䝃៪⻋䝌䝃˅DŽञ㛅⇼䝌੠⬆⸿⇼䝌ৃ೼䅵ㅫѻ⠽㚑↉ࠡࡴҹׂ佄DŽ㢹⫼᠋ᦤկⱘᰃSWISS￾PROTᷛ䆚ˈ㗠ϡऩᰃϔ↉ᑣ߫ˈPeptideMass䖬㛑߽⫼SWISS-PROTᑧЁᷛ⊼Ёⱘֵᙃणࡽ䅵 ㅫDŽ՟བˈ䰸এֵোᑣ߫ˈৢ೼ߛ࠾ПࠡᓩܹᏆⶹⱘ㗏䆥ৢׂ佄DŽ䕧ߎ㒧ᵰӮ߫៤㸼Ḑˈ݊ Ёᇚ㒭ߎ䕧ܹ㲟ⱑⱘpI੠ߚᄤ䞣ˈ✊ৢᰃSWISS-PROTЁ݇Ѣব⾡ⱘߚᄤ䞣ǃԡ⚍ǃׂ佄ৢব ⾡ⱘֵᙃˈ᳔ৢᰃ㚑⠛↉ⱘᑣ߫DŽ TGREASE 25 >p1;b42997 9.87 754 1 754 5.17 retinoblastoma-associated protein 2 – human 26 >p1;a57467 9.91 647 1 647 5.74 Ra1BP1 – rat ㄀कϔゴ߽⫼㲟ⱑ䋼ᑣ߫ⱘ乘⌟ᮍ⊩ 义ⷕˈ4/20 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϔゴ߽⫼㲟ⱑ䋼ᑣ߫ⱘ乘⌟ᮍ... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com