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本章介绍序列比对时常用的几个概念,包括同一性identity)、相似性(《dcnysimilaiy《)同 源性( homology)等。这些概念,在蛋白质和核酸序列比对时经常使用。双序列比对(pairwise alignement)是指通过一定的算法对两个DNA或蛋白质序列进行比对分析,从而找出两者 之间最大相似性匹配。双序列比对是序列分析常用方法之一,是多序列比对和数据库搜索的 基础
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5.1引言 5.2多序列比对的意义 5.3多序列比对的定义 5.4调和序列 5.5算法复杂性
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近年来大量生物学实验的数据积累,形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标 收集和整理生物学实验数据,并提供相关的数据查询、数据处理的服务。随着因特网的普及,这些数据库 大多可以通过网络来访问,或者通过网络下载。 一般而言,这些生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库的数据都直接来源于实验 获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释二级数据库是在一级数据库
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一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质,基因规定了组成蛋白质的氨基 酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成,但是,它们只有折叠成特定的空间构象才能 具有相应的活性和相应的生物学功能。了解蛋白质的空间结构不仅有利于认识蛋白质的功 能,也有利于认识蛋白质是如何执行其功能的确定蛋白质的结构对于生物学研究是非常重 要的。目前,蛋白质序列数据库的数据积累的速度非常快,但是,已知结构的蛋白质相对比 较少
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PQDD(ProQuest Digital Dissertations)是由美国Bell& Howell信息学术公司Bll Howell Information and learning,原为UM公司)提供的“国际学位论文文摘”数据库的 web版。它是目前世界上独一无二的最具权威性的博士、硕士学位论文检索数据库,主要 收录来自美国、加拿大和欧洲1000多所大学的博、硕士论文的题录、文摘共160余万 篇,其中100多万篇有印刷型或缩微型原文收藏。该数据库每周更新一次数据,每年大约 新增47000篇博土论文和12000篇硕士论文
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一、生物化学的涵义-基本概念 随着现代科学和技术的迅速发展,生物学家正在不 断揭开生命的分子奥秘。生物科学在过去的20多年中出 现了令人惊愕的进展。主要特点是:1.许多其他学科 的科学家如数学家、物理学家、信息学家、化学家等纷 纷地汇聚到这个领域。2.最明显的一个特点就生物技术 的进步与基础领域生物化学发展紧密联系在一起
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新药的创制是一个系统工程,在研究与开发的 过程中,涉及了多种学科与领域,包括有分子生物 学,生物信息学、分子药理学、药物化学、计算机 科学、以及药物分析化学、药理学、毒理学、药剂 学、制药工艺学等。这些环节的有机配合,可以促 进新药研制的质量与速度,使创制的新药更具有安 全性、有效性和可控性
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一、碱基组成 DNA序列一个显而易见的特征是 四种碱基类型的分布。几乎所有的 研究都证明碱基是以不同频率分布 的
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成绩 一、不安排考试 二、每次实验课布置实验报告,共6次作业。 三、期末交一篇综述。 四、期评成绩:作业占60%,综述40%。 五、作业交至我的邮箱
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数据库(Database) 用于收集、整理、储存、加工、发布 和检索数据的系统。 生物类的数据库种类很多, 投稿文章首先要将核苷酸序列或蛋白, 质序列提交到相应的数据库中
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