要在分子生物学领域进行计算分析,从公共数据库( DDBJ/EMBL/GenBank)中获得DNA序列记录 是其必需条件。借助于和一个已了解其生物学功能而被分离出来并测序的基因比较相似性的 方法,我们可以尝试确定某疾病基因的功能,这种方法要求序列记录有精确并且富于信息的 生物学注解。对于将其作为 BLAST或Eηtrez的检索结果来硏究的科学家来说,编码的蛋白质 产物的名称或功能、基因座位的名称以及和该序列最初的公布之间的联系(它因何被测 序?)构成了序列记录的直接的确切涵义 本章的内容是提交DNA序列及其注解到公共数据库,重点介绍了与国际核苷酸序列协作数据 库:DDBJ、EMBL和 Gen Bank密切相关的核苷酸序列数据库

背景 ACEDB(一种线虫C.e/ egans数据库)是一种被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具组。它 是在1991年由 Ri chard duri n和 Jean Thi erry-Mi eg首先提供的,他们发展它来支持和整理 C. elegans领域中的大范围序列和物理图谱的工作。在本章结尾所列出的因特网资源和资料中 可见1和2条。后续的程序由 Durbin和 Thierry- Mi eg编制和完善,还有许多其他人参与了代码 的编制。这一时期, ACEDB适用于许多动物和植物的基因组计划[3]

一级蛋白质和核酸数据库在分子生物学界是如此的司空见惯,以致于我们很少会去考虑这些 普遍存在的工具是如何建立的。但是如果我们能够了解这些序列是如何汇集到一起的,这将 有助于我们加深对生物学的理解,并且能够更加充分地发掘这些记录中蕴藏的信息。 GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库,汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋 白质序列

在生物学的研究中,有一个常用的方法,就是通过比较分析获取有用的信息和知识。达尔文正 是研究比较了 gal pagos finches同其它一些物种的形态学特征,从而提出了自然选择学说 今天,我们对基因和蛋白质序列进行比较,从本质上来讲是同达尔文一样,进行同样的分 析,只不过更加精细,更加详尽。在这个意义上,我们从核酸以及氨基酸的层次去分析序列 的相同点和不同点,以期能够推测它们的结构、功能以及进化上的联系。最常用的比较方法 是序列比对,它为两个或更多个序列的残基之间的相互关系提供了一个非常明确的图谱

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信息送与編码 通信的目的是要把对方不知道的消息及时可靠地(有时是 秘密地)传送给对方

不等长编码的优越性总体上减少码字的长度 不等长编码的特殊问题 ①唯一可译性,或者叫做可识别性。对于一个码,如果 存在一种译码方法,使任意若干个码字所组成的字母串 只能唯一地被翻译成这几个码字所对应的事件序列。这 个码就被称为是唯一可译的 解决方案:适当地编码,使得每个码字都具有识别标记。 (注解:一个唯一可译的、码字长度不超过N的D元码,其 码字个数小于D(D~-1)(D-1)个。这是因为两个码字c)和 c(2)连接成的字母串cc(2)不能是码字)

信息论是在长期通信工程的实践中,由通信技术与概率论 随机过程和数理统计相结合而逐步发展起来的一门科学 奈魁斯特:他在1924年研究影响电报传递速度的因素时,就 察觉到信息传输速度和频带宽度有关系;

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兄弟国际 由于兄弟国际内部对欧洲地区零配件供 应系统运作不满的呼声不断增强,马丁克罗 斯利出任了零部件经理。他到来以后发现欧 洲公司存在很多问题,他该从哪里着手他的 工作?他知道现有的收益水平不会被公司认 同,建立一个有效的物流网络系统,是一件 迫在眉睫的事,他应该怎样决策?分析完各种 条件信息后,他提出了若干个选择方案,而 且必须拿出有说服力的论据,因为这关系着 公司以后的发展