基因组学与应用生物学 nomics and Applied Biology 析,其中台湾鲻科的分类研究是一篇会议论文;关于科( Nectriaceae)和腐霉科( Pythiaceae)的腐霉属(F)th 贝类的论文5篇,分别研究中国近海习见头足类、四ium)的DNA条形码,研究论文2篇,一篇是研究丛赤 角蛤蜊、蚌类、中国沿海缀锦蛤亚科( Tapetinae)以及壳科( Nectriaceae)的会议论文成果的正式发表,另 贻贝科( Mytilidae)等;其余4篇为关于龟鳖类、海参篇则是关于蓝舌病病毒的条形码和鉴定方面的研究。 和岩礁海藻附植动物等的研究论文和综述。这些动 3.2国外DNA条形码文献 物DNA条形码研究论文基本上是应用COI基因的 序列进行分析的,极少数采用了COⅡ基因,肯定了 2011年12月4日,分别在Ncbi(http:/www DNA条形码在这些物种中的有效性 ncbinlmnih.gov/pubmed)fSciencedirect(http://www 3.1.2国内植物DNA条形码文献 sciencedirect. com)网上查询2003年至今的DNA条 形码文献,在NCB中共查题目中含有“ barcoding”或 国内的植物类DNA条形码论文共35篇,其中 者“ barcode的DNA条形码论文165篇,其中研究论 综述13篇,硕士论文1篇。综述文章主要论述的是 文122篇,综述43篇:在 Sciencedirect中共查到题目 DNA条形码技术在整个植物类群中的应用,仅仅涉 及苔藓植物或者大型海洋藻类的综述各1篇,有2篇 或者摘要中含有“ barcoding”或者" barcode”的DNA 综述为DNA条形码在中药鉴定中的应用,还有1篇条形码论文138篇,其中研究论文116篇,综述22 为DNA条形码在植物检疫中的应用。21篇研究论篇。无论是NCBI还是 Sciencedirect,研究论文在 文中,研究海水生绿潮藻的论文1篇,以IS和rps4 2008年以前数量呈逐渐增加趋势,但是论文数量增加 序列研究地衣和苔藓条形码的论文3篇,应用叶绿较慢,2009年论文和2010年研究论文数量显著增加, 体 trnH-psbA序列研究石杉科论文1篇:其余均是关截至2011年12月初,研究论文有一定的增加,但是 于被子植物的研究,尤以姜科( Zingiberaceae)植物的增加数量不大。综述论文均呈起伏不定状态,没有表 研究较多,有4篇论文,其余为研究百合科(Lⅲ-现出明显的增加或者减少趋势,而且自200年起与 acae芸香科( Rutaceae)、锦葵科( Malvaceae、景天属研究论文数量的差距一直较大(图2.相比较而言,国 Scdm、石斛属( Dendrobium黄芪属( Astragalus)、重内查询到的条形码研究论文数量2009年以前的变化 楼属(Pai)龙胆科植物秦艽( Gentiana macrophylla较缓,2010年才显著增加:另一方面,国内研究论文数 Pal)l、毛茛科威灵仙( Clematis chinensis osbeck)、大量相对较少而综述相对较多 戟科京大戟(Eψ phobia pekinensis)、柑橘及其近缘属 NCB研究论文 植物条形码论文。 article 最近,中国科学院昆明植物研究所等国内19个 科研院所和高校组建了中国植物条形码研究团队 ( China Plant bol group),研究了42目75科141属 1757种共约6286个样本种子植物质体的tbL、10 maK、 trnH-psbA序列和核糖体的Is序列( China Plant BOL Group,2011)结果显示:3个质体DNA标 200320042005200620072008200920102011 记的通用性高达87.1%927%,而IS在被子植物 Year 中的通用性也高达79%,但是在裸子植物中较低;图2国外NCBI和 Sciendirect期刊查找的关于DNA条形码 IS的物种分辩率最高,其与任何一个质体DNA标论文数量 记组合的物种鉴别水平为699%79.1%,显著高于 Figure2 Paper numbers about dNa barcoding searched from bcL+maK组合的497%,IS全序列难以获取时, 其部分序列IIS2也是物种鉴别的很好选择。据此, NCBI的条形码文献中仅仅涉及植物、动物和真 该文认为SI2应与已经广泛采用的质体rbcL菌的文献分别有33篇、79篇和10篇,其它的43篇则 和maK结合,共同作为种子植物的核心条形码 可能是关于多类生物或者DNA条形码的开发、软件 3.1.3国内真菌和微生物等DNA条形码文献 应用等。 Sciencedirect的条形码文献中仅仅涉及植物 真菌和微生物等论文较少,仅有7篇。其中,综动物和真菌的文献分别有29篇、77篇和7篇,其余 述论文3篇,介绍DNA条形码在真菌分类和病毒鉴25篇涉及两类以上生物以及条形码研究的取样数量 别中的应用;会议论文2篇分别研究真菌的丛赤壳估计等。有关动物条形码的论文较多,超过植物的相 91994-2012ChinaAcademicJournalElectronicPublishingHouse.Allrightsreservedhttp:/www.cnki.net基因组学与应用生物学 Genomics and Applied Biology 析，其中台湾鲻科的分类研究是一篇会议论文；关于 贝类的论文 5 篇，分别研究中国近海习见头足类、四 角蛤蜊、蚌类、中国沿海缀锦蛤亚科(Tapetinae)以及 贻贝科(Mytilidae)等；其余 4 篇为关于龟鳖类、海参 和岩礁海藻附植动物等的研究论文和综述。这些动 物 DNA 条形码研究论文基本上是应用 COⅠ基因的 序列进行分析的，极少数采用了 COⅡ基因，肯定了 DNA 条形码在这些物种中的有效性。 3.1.2 国内植物 DNA 条形码文献 国内的植物类 DNA 条形码论文共 35 篇，其中 综述 13 篇，硕士论文 1 篇。综述文章主要论述的是 DNA 条形码技术在整个植物类群中的应用，仅仅涉 及苔藓植物或者大型海洋藻类的综述各 1 篇，有 2篇 综述为 DNA 条形码在中药鉴定中的应用，还有 1 篇 为 DNA 条形码在植物检疫中的应用。21 篇研究论 文中，研究海水生绿潮藻的论文 1 篇，以 ITS 和 rps4 序列研究地衣和苔藓条形码的论文 3 篇，应用叶绿 体 trnH-psbA 序列研究石杉科论文 1 篇；其余均是关 于被子植物的研究，尤以姜科(Zingiberaceae)植物的 研究较多，有 4 篇论文，其余为研究百合科(Lili￾aceae)、芸香科(Rutaceae)、锦葵科(Malvaceae)、景天属 (Sedum)、石斛属(Dendrobium)、黄芪属(Astragalus)、重 楼属(Paris)、龙胆科植物秦艽(Gentiana macrophylla Pall.)、毛茛科威灵仙(Clematis chinensis Osbeck)、大 戟科京大戟(Euphorbia pekinensis)、柑橘及其近缘属 植物条形码论文。 最近，中国科学院昆明植物研究所等国内 19 个 科研院所和高校组建了中国植物条形码研究团队 (China Plant BOL Group)，研究了 42 目 75 科 141 属 1 757 种共约 6 286 个样本种子植物质体的 rbcL、 matK、trnH-psbA 序 列 和 核 糖 体 的 ITS 序 列(China Plant BOL Group, 2011)。结果显示：3 个质体 DNA 标 记的通用性高达 87.1%~92.7%，而 ITS 在被子植物 中的通用性也高达 79%，但是在裸子植物中较低； ITS 的物种分辩率最高，其与任何一个质体 DNA 标 记组合的物种鉴别水平为 69.9%~79.1%，显著高于 rbcL+matK 组合的 49.7%，ITS 全序列难以获取时， 其部分序列 ITS2 也是物种鉴别的很好选择。据此， 该文认为 ITS/ITS2 应与已经广泛采用的质体 rbcL 和 matK 结合，共同作为种子植物的核心条形码。 3.1.3 国内真菌和微生物等 DNA 条形码文献 真菌和微生物等论文较少，仅有 7 篇。其中，综 述论文 3 篇，介绍 DNA 条形码在真菌分类和病毒鉴 别中的应用；会议论文 2 篇分别研究真菌的丛赤壳 科(Nectriaceae)和腐霉科(Pythiaceae)的腐霉属(Fyth￾ium)的 DNA 条形码，研究论文 2 篇，一篇是研究丛赤 壳科(Nectriaceae)的会议论文成果的正式发表，另一 篇则是关于蓝舌病病毒的条形码和鉴定方面的研究。 3.2 国外 DNA 条形码文献 2011 年 12 月 4 日，分别在 NCBI (http://www. ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)和 Sciencedirect (http://www. sciencedirect.com/)网上查询 2003 年至今的 DNA 条 形码文献，在 NCBI 中共查题目中含有“barcoding”或 者“barcode”的 DNA 条形码论文 165 篇，其中研究论 文 122 篇，综述 43 篇；在 Sciencedirect 中共查到题目 或者摘要中含有“barcoding”或者“barcode”的 DNA 条形码论文 138 篇，其中研究论文 116 篇，综述 22 篇。无论是 NCBI 还是 Sciencedirect，研究论文在 2008 年以前数量呈逐渐增加趋势，但是论文数量增加 较慢，2009 年论文和 2010 年研究论文数量显著增加， 截至 2011 年 12 月初，研究论文有一定的增加，但是 增加数量不大。综述论文均呈起伏不定状态，没有表 现出明显的增加或者减少趋势，而且自 2009 年起与 研究论文数量的差距一直较大(图 2)。相比较而言，国 内查询到的条形码研究论文数量 2009 年以前的变化 较缓，2010 年才显著增加；另一方面，国内研究论文数 量相对较少而综述相对较多。 NCBI 的条形码文献中仅仅涉及植物、动物和真 菌的文献分别有 33 篇、79 篇和 10 篇，其它的 43 篇则 可能是关于多类生物或者 DNA 条形码的开发、软件 应用等。Sciencedirect 的条形码文献中仅仅涉及植物、 动物和真菌的文献分别有 29 篇、77 篇和 7 篇，其余 25 篇涉及两类以上生物以及条形码研究的取样数量 估计等。有关动物条形码的论文较多，超过植物的相 图 2 国外 NCBI 和 Sciendirect 期刊查找的关于 DNA 条形码 论文数量 Figure 2 Paper numbers about DNA barcoding searched from NCBI and Sciencedirect 752