大多数柔性大分子可以在一系列不同的构象态之间变化。因此比较柔性分子的重要任 务之一就是进行构象态的比较。尽管大部分的构象态是那些具有低能量的构象态。但是并 不是说只有低能量的构象态才能参加分子间的相互作用。 人 60120180240300360 图31,2-二氯乙烯的内旋转位能曲线 ·表示氯原子 “分子模拟”是用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子的结构与行为,进 而模拟分子体系的各种物理和化学性质。分子模拟法不但可以模拟分子的静态结构,也可 以模拟分子的动态行为(如分子链的弯曲运动,分子间氢键的缔合作用与解缔行为,分子在 表面的吸附行为以及分子的扩散等)。该法还能应用分子力学及分子动态学来进行分子动态 的计算。把“分子模拟”用来计算构象能量是该软件的重要用途之 原子组成分子。原子与原子之间的空间位置,由于键与键之间的伸缩、弯曲和 扭转角的变化而不断变化。占主导地位的排列方式当然是低能量的。通过分子力学及分子 动态学的计算,可将分子几何以及相应的能量计算出来,并由此得到逼近真实分子体系的 知识。 分子中原子之间的拓扑结构是由分子力场而不是重力场确定的。整个分子的势 能被分子力场确定,或者说,分子力场在分子的势能函数中被表达。分子的势函数由原子 间键合相互作用项与非键合相互作用项两部分组成。 V= Bonded Vnon-bonded 描述键合项的势函数叫“内坐标势函数”。即由分子的键长伸缩、键角弯曲、键扭转和面 外弯曲组成的坐标系。由四项组成的键合项势函数为 Bonded=Vb+vet vt va 这里Vb是键伸缩、Ve键角弯曲、Vτ键扭转、Va键角面外弯曲。非键合项的势函数也 叫“原子对儿势函数”2 大多数柔性大分子可以在一系列不同的构象态之间变化。因此比较柔性分子的重要任 务之一就是进行构象态的比较。尽管大部分的构象态是那些具有低能量的构象态。但是并 不是说只有低能量的构象态才能参加分子间的相互作用。 “分子模拟”是用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子的结构与行为，进 而模拟分子体系的各种物理和化学性质。分子模拟法不但可以模拟分子的静态结构，也可 以模拟分子的动态行为(如分子链的弯曲运动，分子间氢键的缔合作用与解缔行为，分子在 表面的吸附行为以及分子的扩散等)。该法还能应用分子力学及分子动态学来进行分子动态 的计算。把“分子模拟”用来计算构象能量是该软件的重要用途之一。 原子组成分子。原子与原子之间的空间位置，由于键与键之间的伸缩、弯曲和 扭转角的变化而不断变化。占主导地位的排列方式当然是低能量的。通过分子力学及分子 动态学的计算，可将分子几何以及相应的能量计算出来，并由此得到逼近真实分子体系的 知识。 分子中原子之间的拓扑结构是由分子力场而不是重力场确定的。整个分子的势 能被分子力场确定，或者说，分子力场在分子的势能函数中被表达。分子的势函数由原子 间键合相互作用项与非键合相互作用项两部分组成。 V = Vbonded + Vnon-bonded 描述键合项的势函数叫“内坐标势函数”。即由分子的键长伸缩、键角弯曲、键扭转和面 外弯曲组成的坐标系。由四项组成的键合项势函数为 Vbonded = Vb + V + V + V 这里Vb 是键伸缩、 V 键角弯曲、 V 键扭转、V 键角面外弯曲。非键合项的势函数也 叫 “原子对儿势函数”： 图 3 1,2-二氯 乙 烷的 内 旋 转位能 曲 线 表 示 氯 原子 0 60 120 180 240 300 360 ф ( ) o U( ) ф