Vnon-bonded= Ve+ Vydwt vhb 包括静电能(e)、范得华能(ww)、氢键能(hb)三个子项。在本软件中分子力场是以 MM为基础的改进力场 原子的种类”是指同种元素的原子由不同的键接方式或不同的原子轨道杂 化方式所引起的种类上的不同(这里不是讲化学元素各异的原子的种类),是一个十分重 要的问题。因此,sp成键方式的碳和sp成键方式的碳不是一种碳,它将造成相应的力场 参数在内坐标势函数和原子对儿势函数的不同 区别原子种类采用“原子种类的编码”,如C2、C3、CR、N2、0-3、Br、S该 编码的头一或两位是用字母表达元素,在“”后面的数字表示原子轨道杂化形式:2为 sp,3为s,R为芳香环上的等。有时第四位上也会出现数字,如C32,表示它含有两个 本软件提供使用的元素有C、H、O、N、F、F、C、Br、、S、Si P、B、Sn、Se、Te、A、Ga、As、Sb、Na、Ca、Fe、zn24个。 整个分子结构的能量优化过程如下 选定一个分子的初始结构 (2) 找出分子中的全部内坐标 建立该分子体系的势能函数表达式 (4) 计算该势能对笛卡尔坐标的一阶、二阶导数 计算出结构优化所需要的笛卡尔坐标的增量 得到新的结构,重复(4)、(5)、(6) 般来说,原子的笛卡尔坐标用矢量来表示: n 对于势能的一阶导数为 EV/eX2 EV/eXn 其二阶导数为: E2V/oX15X2 / E2V/EX223 Vnon-bonded = Ve + Vvdw+ Vhb 包括静电能（e）、范得华能（vdW）、氢键能（hb）三个子项。在本软件中分子力场是以 MM2为基础的改进力场。 “原子的种类” 是指同种元素的原子由不同的键接方式或不同的原子轨道杂 化方式所引起的种类上的不同（这里不是讲化学元素各异的原子的种类），是一个十分重 要的问题。因此，sp2 成键方式的碳和 sp3 成键方式的碳不是一种碳，它将造成相应的力场 参数在内坐标势函数和原子对儿势函数的不同。 区别原子种类采用“原子种类的编码”，如C-2、C-3、C-R、N-2、O-3、Br、Si该 编码的头一或两位是用字母表达元素，在 “-”后面的数字表示原子轨道杂化形式：2为 sp2，3为 sp3，R 为芳香环上的等。有时第四位上也会出现数字，如C-32，表示它含有两个 氢。 本软件提供使用的元素有C、 H、 O、 N、 F、 F、 Cl、 Br、 I、 S、 Si、 P、 B、 Sn、 Se、 Te、 Al、 Ga、 As、 Sb、 Na、 Ca、 Fe、 Zn 24个。 整个分子结构的能量优化过程如下： （1） 选定一个分子的初始结构 （2） 找出分子中的全部内坐标 （3） 建立该分子体系的势能函数表达式 （4） 计算该势能对笛卡尔坐标的一阶、二阶导数 （5） 计算出结构优化所需要的笛卡尔坐标的增量 （6） 得到新的结构，重复（4）、（5）、（6） 一般来说，原子的笛卡尔坐标用矢量来表示： X = [ x1 y1 z1 x2 y2 z2 ... xn yn zn] T 对于势能的一阶导数为： V/X1 V/X2 . g = . V/Xn 其二阶导数为： 2V/X1 2 2V /X1X2 . . . 2V /X1Xn 2V/X2X1 2V/X2 2 . . . 2V/X2Xn G =