E2V/eXn X1 a2V/EXn oX2 E2V/2X02 在执行上述第五步时,要得到:X+1=X+Δ中的Δ。这是从分子势函数的梯度或一阶 导数g算起的。一阶导数g也是原子的受力方向。把它按 Taylor展开有 g(X+△)=g+G△ 当逼近到能量优化的极小状态时,我们有 代入得到牛顿法的基本方程-g=G△,从而得到所需的卡尔坐标的增量, △=G1g 本软件可计算200个原子,可计算孤立分子,也可计算多分子体系。由于范得 华相互作用在原子相距9A以上贡献很小,在软件中增加cut-of(距离截断功能)。距离 截断功能自动把超过限定距离(cut- off value)的能量计算停掉。限定距离可以从屏幕的对 话框中加入。 尽管本实验仅仅是计算聚丙烯酸甲酯的构象能量,但对上述分子力学计算的基 本原理的了解还是很必要的。 实验装备 1.CPU386以上计算机、5兆以上的硬盘; 2.VGA以上显示器 3.鼠标器; 4.DOS3.30以上、运行于386增强模式下的 Windows3.1 5MP( Molecular Properties)分子模拟软件(三张1.44兆软盘) 四.实验步骤 打开MP的程序,整个屏幕就呈现出由主窗口、图形窗口、按钮窗口和菜单窗口组成的 软件界面(图4)。屏幕的右上角是主窗口,由它可弹出对话框[ About]、从而可以选择显 示或隐藏图形窗口和菜单窗口。也可通过关闭主窗口来退出了MP软件。最大的图形窗口是 用来显示三维的分子图形的。通常原子是被忽略的,而用不同颜色表示白色为氢,绿色为 碳,红色为氧。而化学键则用线段表示。如果必要,可以通过标签[ Label]菜单窗口中的 [ Element]、 Charge和 Atom Number]来标出每个原子的元素符号、电荷和编号(见下面的 说明)。按钮窗口有三个按钮:将菜单窗口变为主菜单窗口可按“主菜单窗口按钮” 按“居中按钮”,计算机将根据所画的分子的大小和形状,自动选择合适的放大比例,把 分子图形显示在图形窗口的中间。而按“全不选中按钮”将使所有的原子推出被选中状 态。4 2V /Xn X1 2V /Xn X2 . . . 2V/Xn 2 在执行上述第五步时，要得到：Xi+1 = Xi +  中的  。这是从分子势函数的梯度或一阶 导数 g 算起的。一阶导数g 也是原子的受力方向。把它按 Taylor 展开有 g（X +  ）= g (X) + G 当逼近到能量优化的极小状态时，我们有 g（X +  ）= 0 代入得到牛顿法的基本方程 – g = G  , 从而得到所需的卡尔坐标的增量，  =G-1 g 本软件可计算200个原子，可计算孤立分子，也可计算多分子体系。由于范得 华相互作用在原子相距 9Å 以上贡献很小，在软件中增加cut-off（距离截断功能）。距离 截断功能自动把超过限定距离（cut-off value）的能量计算停掉。限定距离可以从屏幕的对 话框中加入。 尽管本实验仅仅是计算聚丙烯酸甲酯的构象能量，但对上述分子力学计算的基 本原理的了解还是很必要的。 三. 实验装备 1. CPU 386 以上计算机、5 兆以上的硬盘; 2. VGA以上显示器 3. 鼠标器 ; 4. DOS 3.30以上、运行于386增强模式下的Windows 3.1 5 MP(Molecular Properties)分子模拟软件(三张1.44兆软盘) 四. 实验步骤 打开MP的程序，整个屏幕就呈现出由主窗口、图形窗口、按钮窗口和菜单窗口组成的 软件界面（图 4）。屏幕的右上角是主窗口，由它可弹出对话框[About]、从而可以选择显 示或隐藏图形窗口和菜单窗口。也可通过关闭主窗口来退出了MP软件。最大的图形窗口是 用来显示三维的分子图形的。通常原子是被忽略的，而用不同颜色表示白色为氢，绿色为 碳，红色为氧。而化学键则用线段表示。如果必要，可以通过标签[Label] 菜单窗口中的 [Element]、[Charge]和[Atom Number]来标出每个原子的元素符号、电荷和编号（见下面的 说明）。 按钮窗口有三个按钮：将菜单窗口变为主菜单窗口可按“主菜单窗口按钮”； 按“居中按钮”，计算机将根据所画的分子的大小和形状，自动选择合适的放大比例，把 分子图形显示在图形窗口的中间。而按“全不选中按钮”将使所有的原子推出被选中状 态