16 材料：籼稻“9311”。 完成单位：华大基因研究中心、中科院遗传与 发育生物学研究所等12个单位，2001年7月启动。 水平：水稻基因组的总基因数约为 46022~55615个（接近人类基因数的两倍），工作 框架图序列已覆盖水稻整个基因组92％以上的基因。 方法：“鸟枪射击法”，利用国产曙光2000、曙 光3000超级计算机(1000亿次/秒)对随机DNA碎片进 行排序和组装，确定其在基因组的正确位置。 计划：功能基因分析和蛋白质研究。 国际水稻基因组测序计划： 国际水稻（粳稻）基因组计划始于1998年， 日、美、中、法等国家和地区参加。 2004年4月美国Monsanto公司完成粳稻全基因组工作框架图。 染色体 4：36 Mb (占9~10%) 2002年12月21日《Nature》宣布中国独立 绘制完成粳稻基因组第四号染色体精确测序图， 我国对国际水稻基因组测序计划贡献率为10%。 材料：粳稻“日本晴”。 完成单位：中科院国家基因研究中心等4家单位。 水平：第四号染色体中的总碱基数目为0.35亿碱基对，覆盖了 该染色体全长序列98％的区域，只剩下7个小空洞，碱基序列的精 确度达到99.99%。完整测定的着丝粒序列在高等生物中属于首次。 计划：对预测鉴定的4658个基因作进一步分析，并对着丝粒功 能等作研究。 浙江大学 遗传学第十二章 94 1996年，完成酵母菌基因组测序 。 1998年12月，宣告完成线虫完整基因组序列的测定工作， 这是第一次绘出多细胞动物的基因组图谱。 2000年3月，已完成了果蝇的基因组测序 2001年12月14日，美、英等国科学家宣布绘制出拟南芥基 因组的完整图谱。 (5)模式生物基因组研究： 由于以人类为对象的研究实际上受到诸多限制，也受伦 理学的约束，所以人类基因组计划还将对有关的模式生物， 如酵母、线虫、果蝇、小鼠、拟南芥等进行研究，为人类的 基因组研究提供重要的依据。 2004年3月1日，科学家宣布绘制完成首幅 禽鸟类物种的基因组序列草图。 材料：红原鸡（鸡的远祖）。 完成单位：中国、美国、德国、英国、瑞典、荷兰等。 水平：总碱基数目约为10亿碱基对，该序列草图与人类 基因组序列进行了并列比较（由美国华盛顿大学负责）。同 时完成一张鸡遗传差异图谱（由中科院负责），对红原鸡、 肉鸡（英）、蛋鸡（瑞典）、乌鸡（中）进行序列差别分析。 作用：鸡是研究低等脊椎动物和人类等哺乳动物的理想 中介，因此在禽流感防治、改善家禽和人类健康等方面有明 显应用价值。 解决方法：大规模序列测定前，构建基因组图谱可作为序列测定 中制定测序方案的依据，以便锚定测知的核酸序列在染色体上的位置。 基因组中核苷酸顺序的测定方法： 利用现有DNA测序方法，每个测序 反应通常只能得到 800个核苷酸的序列。 ∴小基因组物种常用鸟枪射击法。 大基因组测序存在两个问题： €片段数(n)庞大，片段间连接和装配 非常复杂，重叠数为2n2–2n； €基因组中相同或相似的重复序列在 连接和装配时容易出错。 一、基因组图谱的构建： 一、基因组图谱的构建：16 材料：籼稻“9311”。 完成单位：华大基因研究中心、中科院遗传与 发育生物学研究所等12个单位，2001年7月启动。 水平：水稻基因组的总基因数约为 46022~55615个（接近人类基因数的两倍），工作 框架图序列已覆盖水稻整个基因组92％以上的基因。 方法：“鸟枪射击法”，利用国产曙光2000、曙 光3000超级计算机(1000亿次/秒)对随机DNA碎片进 行排序和组装，确定其在基因组的正确位置。 计划：功能基因分析和蛋白质研究。 国际水稻基因组测序计划： 国际水稻（粳稻）基因组计划始于1998年， 日、美、中、法等国家和地区参加。 2004年4月美国Monsanto公司完成粳稻全基因组工作框架图。 染色体 4：36 Mb (占9~10%) 2002年12月21日《Nature》宣布中国独立 绘制完成粳稻基因组第四号染色体精确测序图， 我国对国际水稻基因组测序计划贡献率为10%。 材料：粳稻“日本晴”。 完成单位：中科院国家基因研究中心等4家单位。 水平：第四号染色体中的总碱基数目为0.35亿碱基对，覆盖了 该染色体全长序列98％的区域，只剩下7个小空洞，碱基序列的精 确度达到99.99%。完整测定的着丝粒序列在高等生物中属于首次。 计划：对预测鉴定的4658个基因作进一步分析，并对着丝粒功 能等作研究。 浙江大学 遗传学第十二章 94 1996年，完成酵母菌基因组测序 。 1998年12月，宣告完成线虫完整基因组序列的测定工作， 这是第一次绘出多细胞动物的基因组图谱。 2000年3月，已完成了果蝇的基因组测序 2001年12月14日，美、英等国科学家宣布绘制出拟南芥基 因组的完整图谱。 (5)模式生物基因组研究： 由于以人类为对象的研究实际上受到诸多限制，也受伦 理学的约束，所以人类基因组计划还将对有关的模式生物， 如酵母、线虫、果蝇、小鼠、拟南芥等进行研究，为人类的 基因组研究提供重要的依据。 2004年3月1日，科学家宣布绘制完成首幅 禽鸟类物种的基因组序列草图。 材料：红原鸡（鸡的远祖）。 完成单位：中国、美国、德国、英国、瑞典、荷兰等。 水平：总碱基数目约为10亿碱基对，该序列草图与人类 基因组序列进行了并列比较（由美国华盛顿大学负责）。同 时完成一张鸡遗传差异图谱（由中科院负责），对红原鸡、 肉鸡（英）、蛋鸡（瑞典）、乌鸡（中）进行序列差别分析。 作用：鸡是研究低等脊椎动物和人类等哺乳动物的理想 中介，因此在禽流感防治、改善家禽和人类健康等方面有明 显应用价值。 解决方法：大规模序列测定前，构建基因组图谱可作为序列测定 中制定测序方案的依据，以便锚定测知的核酸序列在染色体上的位置。 基因组中核苷酸顺序的测定方法： 利用现有DNA测序方法，每个测序 反应通常只能得到 800个核苷酸的序列。 ∴小基因组物种常用鸟枪射击法。 大基因组测序存在两个问题： €片段数(n)庞大，片段间连接和装配 非常复杂，重叠数为2n2–2n； €基因组中相同或相似的重复序列在 连接和装配时容易出错。 一、基因组图谱的构建： 一、基因组图谱的构建：