17 浙江大学 遗传学第十二章 97 测序方法： €克隆连续序列法(clone contig)： 将基因组DNA切割成长度为0.1~ 1Mb的大片段 ¨ 克隆到YAC或BAC载体上¨分别测定单个克隆的序列 ¨ 再装配连接成连续的DNA分子。 €定向鸟枪射击法(directed shotgun)： 以基因组图谱中标记为依据 ¨ 测序装配和构建 不同DNA片段的序列。 浙江大学 遗传学第十二章 98 基因组图谱根据构建的途径，可分为两种： €遗传图谱： 根据遗传性状(如已知基因位点、 功能未知的DNA标记、可鉴别的表型 性状)的分离比例¨将其定位在基因组 中，构建相应的连锁图谱。 €物理图谱： 将各种标记直接定位在基因库中 的某一点上。 浙江大学 遗传学第十二章 99 ㈠、遗传图谱的构建： 1. 图谱标记：可用基因或DNA作为可鉴别的标记(marker)。 ⑴. 基因标记：基因控制性状的表现，利用可鉴别的形态、 生化等表型性状作标记¨根据连锁交换原理来分析基因 之间的连锁关系和遗传距离¨绘制连锁图谱。 缺点：基因数目有限、所构建遗传图谱不详细、标记间 的遗传距离较大。 浙江大学 遗传学第十二章 100 ⑵. DNA标记： 每种生物DNA具有稳定性。 ∴DNA本身可作为构建遗传图谱的标记，主要有以下3种 类型： ①. 限制性内切酶多态性: 限制性内切酶能识别和切割特异核苷酸序列，DNA 序列能或不能被某一酶酶切，实际上相当于一对等位基因 的差异。 如一对同源染色体二个 DNA分子，一个具有某种酶 的酶切位点，另一个无此位 点¨酶切后形成的DNA片段 长度就会有差异，即多态性 (RFLP) ¨根据该等位基因的 遗传，将RFLP作为标记定位 在基因组的某一位置上。 dd 浙江大学 遗传学第十二章 102 ②. 简单序列长度多态性 (simple sequence length polymor-phisms，SSLP) ： SSLP是一些长度不等的重复序列、有多个等位基因位点。 €多次重复序列(variable number of tandem repeats，VNTR) ： 也称微随体(minisatellite)，重复序列长度为几十个核苷酸。 €简单重复序列(simple tandem repeats，STRs)： 又称为小随体 (microsatellite) ，常只有2~4个核苷酸重复单位。 利用STR作为标记更为普遍： ∵ STR分布在整个基因组中，而VNTR主要集中在染色体末端； STR的PCR检测速度更快、准确性更高，因为STR长度 通常在300bp以下，而VNTR相反。17 浙江大学 遗传学第十二章 97 测序方法： €克隆连续序列法(clone contig)： 将基因组DNA切割成长度为0.1~ 1Mb的大片段 ¨ 克隆到YAC或BAC载体上¨分别测定单个克隆的序列 ¨ 再装配连接成连续的DNA分子。 €定向鸟枪射击法(directed shotgun)： 以基因组图谱中标记为依据 ¨ 测序装配和构建 不同DNA片段的序列。 浙江大学 遗传学第十二章 98 基因组图谱根据构建的途径，可分为两种： €遗传图谱： 根据遗传性状(如已知基因位点、 功能未知的DNA标记、可鉴别的表型 性状)的分离比例¨将其定位在基因组 中，构建相应的连锁图谱。 €物理图谱： 将各种标记直接定位在基因库中 的某一点上。 浙江大学 遗传学第十二章 99 ㈠、遗传图谱的构建： 1. 图谱标记：可用基因或DNA作为可鉴别的标记(marker)。 ⑴. 基因标记：基因控制性状的表现，利用可鉴别的形态、 生化等表型性状作标记¨根据连锁交换原理来分析基因 之间的连锁关系和遗传距离¨绘制连锁图谱。 缺点：基因数目有限、所构建遗传图谱不详细、标记间 的遗传距离较大。 浙江大学 遗传学第十二章 100 ⑵. DNA标记： 每种生物DNA具有稳定性。 ∴DNA本身可作为构建遗传图谱的标记，主要有以下3种 类型： ①. 限制性内切酶多态性: 限制性内切酶能识别和切割特异核苷酸序列，DNA 序列能或不能被某一酶酶切，实际上相当于一对等位基因 的差异。 如一对同源染色体二个 DNA分子，一个具有某种酶 的酶切位点，另一个无此位 点¨酶切后形成的DNA片段 长度就会有差异，即多态性 (RFLP) ¨根据该等位基因的 遗传，将RFLP作为标记定位 在基因组的某一位置上。 dd 浙江大学 遗传学第十二章 102 ②. 简单序列长度多态性 (simple sequence length polymor-phisms，SSLP) ： SSLP是一些长度不等的重复序列、有多个等位基因位点。 €多次重复序列(variable number of tandem repeats，VNTR) ： 也称微随体(minisatellite)，重复序列长度为几十个核苷酸。 €简单重复序列(simple tandem repeats，STRs)： 又称为小随体 (microsatellite) ，常只有2~4个核苷酸重复单位。 利用STR作为标记更为普遍： ∵ STR分布在整个基因组中，而VNTR主要集中在染色体末端； STR的PCR检测速度更快、准确性更高，因为STR长度 通常在300bp以下，而VNTR相反