Bovine ribonuclease Human ribonuclease adoen 图6.1牛和人核酸酶结构。功能类似性的蛋白质常常具有结构类似性。Drawn from8 RAT.pdb. and 2RNF.pdb] Angiogenin 的n 图62血管生成素的结构。该蛋白质能促进血管生长，具有与核酸酶非常相似的三维结构。 遗憾的是，知道三维结构的蛋白质数量有限。我们知道很多蛋白质的编码基因序列或氨 基酸序列（得盏于DNA克隆和DNA序列测定）。在蛋白质氨基酸序列水平就能观测到蛋白 质的进化关系。例如牛核糖核酸酶和血管生成素的氨基酸序列有35%的氨基酸残基是一致 的。那么这种相似性水平是否足以保证蛋白质的进化关系？如果不够，需要多高的相似性才 能说明蛋白质有进化关系？本章介绍氨基酸序列比较的方法和推测蛋白质进化关联的方法。 序列比较已经成为现代生物化学研究的最有力工具之一。最新鉴定的新序列与数据库比 较，确定与该序列相关的分子。利用这些信息，能够研究具有这种新近测序分子功能和机制。 如果三维结构也清楚，我们能比较三维结构、证实序列比较的结论，还能揭示那些序列比较 没有发现的成员。 考察现有蛋白序列的脚印，生化学家成了分子考古学家，能了解分子进化史所发生的事 件。序列比较能够确定进化途径、估计特定进化事件发生的时间。利用这些信息能够构建特 定蛋白质或核酸从古生菌和细菌到真核生物（包括人类）的进化树。也可以用实验方法研究 分子进化。有些化石的DNA分子也可以进行PCR扩增和测序，直接观察古代的分子序列。 此外科研人员也可以进行一些核酸复制实验观察实验室的分子进化。这些研究的结果能揭示 更多的分子进化机制。图 6.1 牛和人核酸酶结构。功能类似性的蛋白质常常具有结构类似性。[Drawn from 8RAT.pdb. and 2RNF.pdb] 图 6.2 血管生成素的结构。该蛋白质能促进血管生长，具有与核酸酶非常相似的三维结构。 遗憾的是，知道三维结构的蛋白质数量有限。我们知道很多蛋白质的编码基因序列或氨 基酸序列（得益于 DNA 克隆和 DNA 序列测定）。在蛋白质氨基酸序列水平就能观测到蛋白 质的进化关系。例如牛核糖核酸酶和血管生成素的氨基酸序列有 35%的氨基酸残基是一致 的。那么这种相似性水平是否足以保证蛋白质的进化关系？如果不够，需要多高的相似性才 能说明蛋白质有进化关系？本章介绍氨基酸序列比较的方法和推测蛋白质进化关联的方法。 序列比较已经成为现代生物化学研究的最有力工具之一。最新鉴定的新序列与数据库比 较，确定与该序列相关的分子。利用这些信息，能够研究具有这种新近测序分子功能和机制。 如果三维结构也清楚，我们能比较三维结构、证实序列比较的结论，还能揭示那些序列比较 没有发现的成员。 考察现有蛋白序列的脚印，生化学家成了分子考古学家，能了解分子进化史所发生的事 件。序列比较能够确定进化途径、估计特定进化事件发生的时间。利用这些信息能够构建特 定蛋白质或核酸从古生菌和细菌到真核生物（包括人类）的进化树。也可以用实验方法研究 分子进化。有些化石的 DNA 分子也可以进行 PCR 扩增和测序，直接观察古代的分子序列。 此外科研人员也可以进行一些核酸复制实验观察实验室的分子进化。这些研究的结果能揭示 更多的分子进化机制