下面的部分介绍如何在 Whitehead图上,通过 Whitehead网址安置新的STS。从STS设 计和针对 Whitehead和放射性杂交图进行制图开始。 设计一个STS,置于 Whitehead上 设计一个STS需要一个高质量的DNA序列,至少长达所需的PCR产物。为得到最好的结果 这些序列应不含重复元素和载体序列,并且质量相对高些。任何支持一个WwW浏览器的计算 机系统都可以使用该程序,支持TCP/IP的网络连接也是必须的。 首先,将浏览器连到 Whitehead genome center的主页。寻找并点击指向 WWW Primer Picking的链接。接着出现一页,在其上方有一个很大的输入框。剪切原始序列并粘贴到该 处,只用粘贴原始序列,不需用名称或其它标记词。这些碱基可以小写或大写,而白色空格 可以忽略。 现在,向下滚动窗口,将PCR的条件调至需要值。那些关于盐浓度、温度和产物大小范 围等的默认值均是W所设定的。如果有必要的改变需输入时,按标有 Pick primers键返回 套引物处进行特定设定。这些引物现在在对感兴趣的序列的审查实验中用得上。通过放大 基因组DNA中的一条特定带,可以对这些引物的能力进行经验性鉴定。引物的失败主要与引 物扫描区域中的重复元素有关。相反,通过进行 BLAST或 FASTA搜索,再选择引物对,来对 输入序列中的重复序列进行筛选则是比较明智的,如果STS成功地放大了一条特定带,它就 可以与 Whitehead sts/TAC含量图或放射性杂交图相联系,被制成图。 与 Whitehead sts/YAC含量图联系对STS制图一旦被制出后,一个STS就可以通过对CEPT mega-YAC库的扫描确定在STS/YAC含量图上的位置。而对含有超过30000个克隆,其中又 有1200个排列、板块和柱池(row、 plate和 column pool)的YAC库进行搜索,实在是 件头疼的任务。可喜的是,几个生物技术公司已经提供了 CEPH YAC的复本和(或)筛选系 统,包括 Research Genetics Corporation Whitehead图就是仅从YAC库的后一部分构建 起来的。这意味着库模块中位于709-972的范围仍需筛选。STS接着就可以用以下步骤放 在图上了。 使浏览器连向 Whitehead的主页,并点击标有 Human Physical Mapping Project的链 接以跳到该组织的物理制图页。从这儿,再找到并选择“ Search for a yac to its address”,接着出现一页,内有一系列pop-up菜单,能用于输入单个YAC的地址、或一个 输入单个YAC名称的主题栏、或一个能粘贴一列YAC地址的大型区域。后者适用于将多个 YAC用于研究的时候。在这个地方输入YAC列表,再使用“ plate row column”形式,这里 是用“”号分离板块、排和列这三维(如709A1),也可输入多个YAC地址,用空格或 carriage回车隔开。搜索过程输入格式并不固定,它也可识别多个YAC模式(包括709a_1 和709a1)。 当YAC表完成后,按 Search键,得到一个表,列有各个YAC,其重叠群位置和染色体 分配,以及附近STS的位置。这些STS位于放射性杂交图和(或)基因图上 要理解该搜索结果,应该知道CEH库中相当数量(40-50%)的克隆都是嵌合体,这 意味着单个YAC可能存在于位于基因组不同部分的重叠群中。由于这个原因,需要找到多个下面的部分介绍如何在 Whitehead 图上，通过 Whitehead 网址安置新的 STS。从 STS 设 计和针对 Whitehead 和放射性杂交图进行制图开始。 设计一个 STS，置于 Whitehead 上 设计一个 STS 需要一个高质量的 DNA 序列，至少长达所需的 PCR 产物。为得到最好的结果， 这些序列应不含重复元素和载体序列，并且质量相对高些。任何支持一个 WWW 浏览器的计算 机系统都可以使用该程序，支持 TCP/IP 的网络连接也是必须的。 首先，将浏览器连到 Whitehead Genome Center 的主页。寻找并点击指向 WWW Primer Picking 的链接。接着出现一页，在其上方有一个很大的输入框。剪切原始序列并粘贴到该 处，只用粘贴原始序列，不需用名称或其它标记词。这些碱基可以小写或大写，而白色空格 可以忽略。 现在，向下滚动窗口，将 PCR 的条件调至需要值。那些关于盐浓度、温度和产物大小范 围等的默认值均是 WI 所设定的。如果有必要的改变需输入时，按标有 Pick Primers 键返回 一套引物处进行特定设定。这些引物现在在对感兴趣的序列的审查实验中用得上。通过放大 基因组 DNA 中的一条特定带，可以对这些引物的能力进行经验性鉴定。引物的失败主要与引 物扫描区域中的重复元素有关。相反，通过进行 BLAST 或 FASTA 搜索，再选择引物对，来对 输入序列中的重复序列进行筛选则是比较明智的，如果 STS 成功地放大了一条特定带，它就 可以与 Whitehead STS/TAC 含量图或放射性杂交图相联系，被制成图。 与 Whitehead STS/YAC 含量图联系对 STS 制图一旦被制出后，一个 STS 就可以通过对 CEPT mega-YAC 库的扫描确定在 STS/YAC 含量图上的位置。而对含有超过 30000 个克隆，其中又 有 1200 个排列、板块和柱池（row、plate 和 column pool）的 YAC 库进行搜索，实在是一 件头疼的任务。可喜的是，几个生物技术公司已经提供了 CEPH YAC 的复本和（或）筛选系 统，包括 Research Genetics Corporation。Whitehead 图就是仅从 YAC 库的后一部分构建 起来的。这意味着库模块中位于 709－972 的范围仍需筛选。STS 接着就可以用以下步骤放 在图上了。 使浏览器连向 Whitehead 的主页，并点击标有 Human Physical Mapping Project 的链 接以跳到该组织的物理制图页。从这儿，再找到 并选择“Search for a YAC to its address”，接着出现一页，内有一系列 pop-up 菜单，能用于输入单个 YAC 的地址、或一个 输入单个 YAC 名称的主题栏、或一个能粘贴一列 YAC 地址的大型区域。后者适用于将多个 YAC 用于研究的时候。在这个地方输入 YAC 列表，再使用“plate_row_column”形式，这里 是用“_”号分离板块、排和列这三维（如 709_A_1），也可输入多个 YAC 地址，用空格或 carriage 回车隔开。搜索过程输入格式并不固定，它也可识别多个 YAC 模式（包括 709_a_1 和 709a1）。 当 YAC 表完成后，按 Search 键，得到一个表，列有各个 YAC，其重叠群位置和染色体 分配，以及附近 STS 的位置。这些 STS 位于放射性杂交图和（或）基因图上。 要理解该搜索结果，应该知道 CEPH 库中相当数量（40－50％）的克隆都是嵌合体，这 意味着单个 YAC 可能存在于位于基因组不同部分的重叠群中。由于这个原因，需要找到多个