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YAC来证明单个STS分配到了某一特定重叠群中,或是从其它方法来证明(比如FISH,体细 胞杂交制图,放射性杂交图制图数据) 每张图对应输入的一个YAC地址,每个表包括已知YAC中的STS表,以及STS制图信息 对于每个STS,染色体分配、基因图位置和放射性杂交图位置只要已知就会给出。另外,STS 所属的已命名的重叠群也列成表,这些表中大多数元素是超文字链接,选择合适的链接可以 获得关于一个STS或一个重叠群更多的信息。由于历史原因,许多STS有两个重叠群。双链 接重叠群(例如由成对YAC共有的重叠群)短一些,在构图的起始阶段中是可创造的更可靠 的重叠群,它们可以被放心地忽略。单个重叠群长一些,在不同方式下也应承认其合理性。 Whitehead放射性杂交图 STS也能被置于 Whitehead放射性杂交图中,这比STS/YAC含量图的问题简单很多,因 为在放射性杂交图上搜索一个STS只用93次PCR,而不是1000次。 Whitehead放射性杂交 图使用 Genebridge4 radiation hybrid panel。与 CEPH YAC库一样,这些细胞谱系的DNA 也可以从一些生物技术公司那儿得到。而有些公司还提供搜索服务。为得到最好的结果,PCR 必须在与制作 Whitehead图的相同条件下进行,并应在复制时进行。复制PCR间出现的不同 结果说明应继续重复或以未知物对待。 首先,将杂交模板筛选结果重定为“rhv”格式,看上去如下: 001001011000001000000011010001101110011100101001211001110101010100101000 sts name 2 000001111000001000000011010000001110011100101001211001110101010100100000 每个数字代表每个放射性杂交细胞系的PCR结果:0说明PCR结果为负(无反应产物) 1说明为正,2说明为“未知”或“未完成”。载体上数字的顺序是很重要的,必须与G4rhp 中的正式顺序相对应。为找到该顺序,可沿( Whitehead物理图页上)标有“ How the radiation hybrid maps were constructed”(如何构建放射性杂交图)的链接,再按下标 有“G40”的链接。该顺序与它们由 Research genetics运输时包装的DNA顺序相同,所以 它一般还不是结果。要增加可读性,可在载体内加入空格,用一个或多个空格、或Tab键就 可以将STS名称与扫描数据分离开了。 从 Whitehead物理图页上,按下标有“Pla ace your own StSs on ti ome iramewo map”(将你自己的STS放入基因组框架图中)的链接,再输入提示的合适的 Email地址 并将PCR值粘贴至位于该页上的大型主题框。输入正确的 Email地址很重要,否则制图结果 将有可能被误解 默认时,制图数据会以正文形式返回。为产生放在 Whitehead图上的STS的图形,选择 个标有 Mac pict(针对 Macintosh系统)或GIF(针对 Windows和Uinx系统)的选项按 钮YAC 来证明单个 STS 分配到了某一特定重叠群中,或是从其它方法来证明(比如 FISH,体细 胞杂交制图,放射性杂交图制图数据)。 每张图对应输入的一个 YAC 地址,每个表包括已知 YAC 中的 STS 表,以及 STS 制图信息。 对于每个 STS,染色体分配、基因图位置和放射性杂交图位置只要已知就会给出。另外,STS 所属的已命名的重叠群也列成表,这些表中大多数元素是超文字链接,选择合适的链接可以 获得关于一个 STS 或一个重叠群更多的信息。由于历史原因,许多 STS 有两个重叠群。双链 接重叠群(例如由成对 YAC 共有的重叠群)短一些,在构图的起始阶段中是可创造的更可靠 的重叠群,它们可以被放心地忽略。单个重叠群长一些,在不同方式下也应承认其合理性。 Whitehead 放射性杂交图 STS 也能被置于 Whitehead 放射性杂交图中,这比 STS/YAC 含量图的问题简单很多,因 为在放射性杂交图上搜索一个 STS 只用 93 次 PCR,而不是 1000 次。Whitehead 放射性杂交 图使用 Genebridge 4 radiation hybrid panel。与 CEPH YAC 库一样,这些细胞谱系的 DNA 也可以从一些生物技术公司那儿得到。而有些公司还提供搜索服务。为得到最好的结果,PCR 必须在与制作 Whitehead 图的相同条件下进行,并应在复制时进行。复制 PCR 间出现的不同 结果说明应继续重复或以未知物对待。 首先,将杂交模板筛选结果重定为“rhv”格式,看上去如下: sts_name1 001001011000001000000011010001101110011100101001211001110101010100101000 sts_name2 000001111000001000000011010000001110011100101001211001110101010100100000 每个数字代表每个放射性杂交细胞系的 PCR 结果:0 说明 PCR 结果为负(无反应产物), 1 说明为正,2 说明为“未知”或“未完成”。载体上数字的顺序是很重要的,必须与 G4rhp 中的正式顺序相对应。为找到该顺序,可沿(Whitehead 物理图页上)标有“How the radiation hybrid maps were constructed”(如何构建放射性杂交图)的链接,再按下标 有“G40”的链接。该顺序与它们由 Research Genetics 运输时包装的 DNA 顺序相同,所以 它一般还不是结果。要增加可读性,可在载体内加入空格,用一个或多个空格、或 Tab 键就 可以将 STS 名称与扫描数据分离开了。 从 Whitehead 物理图页上,按下标有“Place your own STSs on the genome framework map”(将你自己的 STS 放入基因组框架图中)的链接,再输入提示的合适的 Email 地址, 并将 PCR 值粘贴至位于该页上的大型主题框。输入正确的 Email 地址很重要,否则制图结果 将有可能被误解。 默认时,制图数据会以正文形式返回。为产生放在 Whitehead 图上的 STS 的图形,选择 一个标有 Mac PICT(针对 Macintosh 系统)或 GIF(针对 Windows 和 Uinx 系统)的选项按 钮
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