畜牧与兽医2020年第52卷第2期 2.5水牛CART蛋白信号肽及跨膜结构预测分析 2.6水牛CART蛋白二级和三级结构预测及亚细胞 TMHMM2.0预测结果显示,水牛CART蛋白非定位 跨膜蛋白,序列1~30位氨基酸处存在1段N端信号 使用 SOPMA分析显示,水牛CART蛋白二级结 肽,是分泌蛋白(图7) 构主要为α螺旋,无规则卷曲和延伸链,分别占 50.86%、37.93%、10.34%,属于α类蛋白质(图 8)。采用 SWISS-MODEL在线软件预测水牛CART蛋 白三级结构,结果显示该蛋白主要由α-螺旋和无规 则卷曲组成,与二级结构预测结果一致。利用 PSORTⅡ prediction在线软件预测CART蛋白的亚细 胞定位,结果显示该蛋白在在细胞外、线粒体、空 泡、细胞核的分布比例分别为667%、11.1% 跨膜区 膜内区 膜外区 l1.1%、11.1%。 图7水牛CART蛋白跨膜结构预测分析结果 长竖线.α螺旋;中长竖线.延伸链;短竖线.无规则卷曲 图8水牛CART蛋白二级结构预测 2.7蛋白质互作及功能预测 使用 STRING蛋白质互作数据库检索水牛CART 蛋白质序列,检索到该序列与牛可卡因-苯丙胺调解 转录肽前肽( cocaine- and amphetamine- regulated tran- AGRP script peptide concentrations, CARTPT)蛋白质一致, 互作网络结果如下图。由图可见并不能找到有确切证 CDI 据(论文和试验数据)证明与 CARTPT互作的蛋白 CARTPT 质,与之共表达的蛋白有白细胞分化抗原19( cluster of differentiation19,CD19)、神经肽Y( neuropeptide NerSEs Y,NPY)和促肾上腺皮质激素释放激素( corticotro- pin releasing hormone,CRH),其余蛋白质均为文本 关联(图9)。在htp:// kiharalab.og/web/ index.php 网站上进行蛋白质功能预测,预测结果显示,未能预 测出达到置信度的分子功能,找到35条低置信度生 化通路,PFP分数最高的5条为G蛋白偶联受体信 CARTPT:可卡因-苯丙胺调解转录肽前肽;CD19:白细胞分化 号通路、突触传递、细胞饥锇反应、神经冲动传递的抗原19;NPY:神经肽Y;CHH:促肾上腺皮质激素释放激素 正向调节和骨吸收负调节。亚细胞定位预测结果为细 POMC:阿黑皮素原;CCK:胆囊收缩素;LEP:瘦素;AGRP:刺鼠 基因相关蛋白;cR℃3:环状腺嘌呤核糖核苷酸响应蛋白3 胞间隙和分泌泡,与 PSORTⅡ prediction预测结果Nss9:.肿瘤坏死因子受体超家族成员9:MLN:间皮素深色线为 致 共表达,浅色线为基因相邻 图9水牛CART基因蛋白质互作数据库检索结果２􀆰 ５ 水牛 ＣＡＲＴ 蛋白信号肽及跨膜结构预测分析 ＴＭＨＭＭ ２􀆰 ０ 预测结果显示， 水牛 ＣＡＲＴ 蛋白非 跨膜蛋白， 序列 １～３０ 位氨基酸处存在 １ 段 Ｎ 端信号 肽， 是分泌蛋白 （图 ７）。 图 ７ 水牛 ＣＡＲＴ 蛋白跨膜结构预测分析结果 ２􀆰 ６ 水牛 ＣＡＲＴ 蛋白二级和三级结构预测及亚细胞 定位 使用 ＳＯＰＭＡ 分析显示， 水牛 ＣＡＲＴ 蛋白二级结 构主要为 α 螺旋， 无规则卷曲和延伸链， 分别占 ５０􀆰 ８６％、 ３７􀆰 ９３％、 １０􀆰 ３４％， 属于 α 类蛋白质 （ 图 ８）。 采用 ＳＷＩＳＳ－ＭＯＤＥＬ 在线软件预测水牛 ＣＡＲＴ 蛋 白三级结构， 结果显示该蛋白主要由 α－螺旋和无规 则 卷 曲 组 成， 与 二 级 结 构 预 测 结 果 一 致。 利 用 ＰＳＯＲＴ Ⅱ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ 在线软件预测 ＣＡＲＴ 蛋白的亚细 胞定位， 结果显示该蛋白在在细胞外、 线粒体、 空 泡、 细 胞 核 的 分 布 比 例 分 别 为 ６６􀆰 ７％、 １１􀆰 １％、 １１􀆰 １％、 １１􀆰 １％。 长竖线． α 螺旋； 中长竖线． 延伸链； 短竖线． 无规则卷曲 图 ８ 水牛 ＣＡＲＴ 蛋白二级结构预测 ２􀆰 ７ 蛋白质互作及功能预测 使用 ＳＴＲＩＮＧ 蛋白质互作数据库检索水牛 ＣＡＲＴ 蛋白质序列， 检索到该序列与牛可卡因－苯丙胺调解 转录肽前肽 （ｃｏｃａｉｎｅ－ａｎｄ ａｍｐｈｅｔａｍｉｎｅ－ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｔｒａｎ⁃ ｓｃｒｉｐｔ ｐｅｐｔｉｄｅ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎｓ， ＣＡＲＴＰＴ） 蛋白质一致， 互作网络结果如下图。 由图可见并不能找到有确切证 据 （论文和试验数据） 证明与 ＣＡＲＴＰＴ 互作的蛋白 质， 与之共表达的蛋白有白细胞分化抗原 １９ （ｃｌｕｓｔｅｒ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ １９， ＣＤ１９）、 神经肽 Ｙ （ ｎｅｕｒｏｐｅｐｔｉｄｅ Ｙ， ＮＰＹ） 和促肾上腺皮质激素释放激素 （ｃｏｒｔｉｃｏｔｒｏ⁃ ｐｉｎ ｒｅｌｅａｓｉｎｇ ｈｏｒｍｏｎｅ， ＣＲＨ）， 其余蛋白质均为文本 关联 （图 ９）。 在 ｈｔｔｐ： ／ ／ ｋｉｈａｒａｌａｂ． ｏｒｇ ／ ｗｅｂ ／ ｉｎｄｅｘ． ｐｈｐ 网站上进行蛋白质功能预测， 预测结果显示， 未能预 测出达到置信度的分子功能， 找到 ３５ 条低置信度生 化通路， ＰＦＰ 分数最高的 ５ 条为 Ｇ 蛋白偶联受体信 号通路、 突触传递、 细胞饥饿反应、 神经冲动传递的 正向调节和骨吸收负调节。 亚细胞定位预测结果为细 胞间隙和分泌泡， 与 ＰＳＯＲＴ Ⅱ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ 预测结果 一致。 ＣＡＲＴＰＴ： 可卡因－苯丙胺调解转录肽前肽； ＣＤ１９： 白细胞分化 抗原 １９； ＮＰＹ： 神 经 肽 Ｙ； ＣＲＨ： 促 肾 上 腺 皮 质 激 素 释 放 激 素； ＰＯＭＣ： 阿黑皮素原； ＣＣＫ： 胆囊收缩素； ＬＥＰ： 瘦素； ＡＧＲＰ： 刺鼠 基因 相 关 蛋 白； ＣＲＴＣ３： 环 状 腺 嘌 呤 核 糖 核 苷 酸 响 应 蛋 白 ３； ＴＮＦＲＳＦ９： 肿瘤坏死因子受体超家族成员 ９； ＭＳＬＮ： 间皮素深色线为 共表达， 浅色线为基因相邻 图 ９ 水牛 ＣＡＲＴ 基因蛋白质互作数据库检索结果 畜牧与兽医 ２０２０ 年 第 ５２ 卷 第 ２ 期 ·５·