VMD教程 简介： 这个教程为新用户介绍了VMD的用法。老用户也可以用本教程进一步熟悉程序的应 用，以更好地利用VMD。本教程是针对VMD1.8.3设计的，需要约3个小时来完成。 本教程新增的内容可用三个独立的单元讲解。第一个单元主要内容是分子图形表现方法 基础，还会介绍制作形象逼真的图像要了解的知识。另外的两个单元是针对高级用户，介 绍了VMD的脚本。尽管非技术性用户可以略去脚本的阅读，但是我们鼓励每个人都去试一 试着读一下，因为它会提供一些有力而易用的工具，这些工具是简单的图形用户界面所无法 提供的。 本教程以一种有趣的小蛋白质泛素的研究为例来说明VM①的应用。在本文中，一些资 料是在小框中出现的。这些小框中包括教程的补充内容，例如泛素扮演的生物学角色，使用 VMD的一些提示和捷径等等。 如果你有对本教程的评论和问题，请发邮件至tutorial-1@ks.uiuc.edu。邮件列表可以在 http:lwww.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/mailing list/tutorial-l/.中找到。 泛素本教程会用VMD来显示泛素。泛素是一个由76个氨基酸组成 的小蛋白质，在所有的真核生物中普遍存在。在所有真核生物蛋白 质中，泛素是最为保守的蛋白质之一（在昆虫，鱼，牛和人中，前 74个氨基酸是完全一样的)。它己被证明存在于细胞核、细胞质和 细胞表面。它首要的功能是介导蛋白质降解，在降解过程中，作为 细胞内蛋白水解酶识别的标志。 需要的程序： 以下是本教程中需要的程序 VMD:可以从htp:wwks.uiuc.edu/Research/vmd过下载（在所有平台上均可使用）。 绘图程序：要观看从VMD输出的图像，需要专门的程序。VMD有一个内置的绘图程序， 也可以应用外部程序。应用什么程序是由你的操作系统决定的。例如： -Unix/Linux:xmgrace,http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ -Windows:Excel,http://office.microsoft.com/en-us/FX010858001033.aspx (需要购买) -Mac/Multiple Platforms:Mathematica,http://www.wolfram.com/ (需要购买)，gnuplot,http://www.gnuplot info/(免费下载) 现在开始学习VMD 你可以在VMD-tutorial-files目录里找到本教程的文件。如图1所示的VMD-tutorial-files的 文件和目录VMD 教程 简介： 这个教程为新用户介绍了 VMD 的用法。老用户也可以用本教程进一步熟悉程序的应 用，以更好地利用 VMD。本教程是针对 VMD 1.8.3 设计的，需要约 3 个小时来完成。 本教程新增的内容可用三个独立的单元讲解。第一个单元主要内容是分子图形表现方法 基础， 还会介绍制作形象逼真的图像要了解的知识。另外的两个单元是针对高级用户，介 绍了 VMD 的脚本。尽管非技术性用户可以略去脚本的阅读，但是我们鼓励每个人都去试一 试着读一下，因为它会提供一些有力而易用的工具，这些工具是简单的图形用户界面所无法 提供的。 本教程以一种有趣的小蛋白质泛素的研究为例来说明 VMD 的应用。在本文中，一些资 料是在小框中出现的。这些小框中包括教程的补充内容，例如泛素扮演的生物学角色，使用 VMD 的一些提示和捷径等等。 如果你有对本教程的评论和问题，请发邮件至tutorial-l@ks.uiuc.edu。邮件列表可以在 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/mailing list/tutorial-l/.中找到。 泛素 本教程会用VMD来显示泛素。泛素是一个由76个氨基酸组成 的小蛋白质，在所有的真核生物中普遍存在。在所有真核生物蛋白 质中，泛素是最为保守的蛋白质之一（在昆虫，鱼，牛和人中，前 74个氨基酸是完全一样的）。它已被证明存在于细胞核、细胞质和 细胞表面。它首要的功能是介导蛋白质降解，在降解过程中，作为 细胞内蛋白水解酶识别的标志。 需要的程序： 以下是本教程中需要的程序 VMD: 可以从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/下载（在所有平台上均可使用）。 绘图程序：要观看从 VMD 输出的图像，需要专门的程序。VMD 有一个内置的绘图程序， 也可以应用外部程序。应用什么程序是由你的操作系统决定的。例如： –Unix/Linux: xmgrace, http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ –Windows: Excel, http://office.microsoft.com/en-us/FX010858001033.aspx (需要购买) –Mac/Multiple Platforms: Mathematica, http://www.wolfram.com/ (需要购买); gnuplot, http://www.gnuplot.info/(免费下载) 现在开始学习 VMD 你可以在 VMD-tutorial-files 目录里找到本教程的文件。如图 1 所示的 VMD-tutorial-files 的 文件和目录