1UBQ.pdb coloring.tcl equilibration.dcd example-output mmsd.dat pulling.dcd vmd-tutorial-files rmsd-fullthrottle.tcl rmsd dat rmsd.tcl ubiquitin-equilibrated coor ubiquitin psf 图l:VMD-tutorial-files的目录结构 运行VMD,可以在Unix终端窗口中键入vmd,在Mac OS X的应用文件夹中双击VMD应用 程序图标或者在windows中单击开始一程序一VMD。 1VMD基础 在本单元中你会通过构建一个泛素的较美观的图形来熟悉VMD的基本命令。另外，你 可以学习怎样用VMD来寻找蛋白质结构上的有趣的特点。 1.1导入分子 600 D 0 Fle Molecule Graphics Display Mouse Extensions Help 第一个步骤是导入分子。在教程中提 New Molecule... 供了一个pdb文件IUBQ.pdb,文件中包含 Atoms Frames 了泛素的原子坐标。 Load State. Save State. Render.. I在VMD主窗口的菜单栏中选择File一 I Qult K灯200m◆Lcop口 step 1 speed I H> New Molecule,.如图2(a),屏幕上会显 000 Holecule Fils r 示另外一个窗口，即Molecule File Browser Load files for:New Molecule (b)。 Filename: Determine file type 2 应用Browse.(c)按钮在 Automatically三 Load vmd-tutorial-files中找到文件 /olumetric Data的ets IUBQ.pdb,注意到当你选择这个文 件的时候，就会回到Molecule File oLoad in backaroun oLoad all at ance Browser窗口。为了精确地导入你要 导入的文件一定不要忘了按下Load(d)按钮。 图2导入分子 现在，泛素在你的OpenGL Displayi窗口中显示出来。你可以随时选择Molecule File Browser 窗口。图 1：VMD-tutorial-files 的目录结构 运行VMD， 可以在Unix 终端窗口中键入vmd, 在Mac OS X的应用文件夹中双击VMD应用 程序图标或者在windows中单击开始——程序——VMD。 1 VMD基础 在本单元中你会通过构建一个泛素的较美观的图形来熟悉VMD的基本命令。另外，你 可以学习怎样用VMD来寻找蛋白质结构上的有趣的特点。 1．1 导入分子 第一个步骤是导入分子。在教程中提 供了一个pdb文件1UBQ.pdb，文件中包含 了泛素的原子坐标。 1在VMD主窗口的菜单栏中选择File —— New Molecule，如图2（a），屏幕上会显 示另外一个窗口，即Molecule File Browser (b)。 2 应用Browse.（c）按钮在 vmd-tutorial-files中找到文件 1UBQ.pdb，注意到当你选择这个文 件的时候，就会回到Molecule File Browser窗口。为了精确地导入你要 导入的文件一定不要忘了按下Load（d）按钮。 现在，泛素在你的OpenGL Display窗口中显示出来。你可以随时选择Molecule File Browser 窗口。 图 2 导入分子