Webpdb.如果网络连接可用，VMD可以从蛋白质数据库中下载pdb文件。只 要在Molecule File Browse窗口的File Name中键入四个字母的蛋白质号，再点 一下load就可以了。VMD会自动下载该pdb文件： 坐标文件。文件1UBQ.pdb与泛素的X射线衍射1.8埃分辨率侧的结果 香对应(Senadhi Vijay-.Kumar,,Charles E.Bugg and William J.Cook,J. Mol.Biol (1987)194,531)。注意蛋白质被58个水分子包围，结果中不包含氢 原子。 1.2显示蛋白质 为了观察蛋白质的三维结构， 我们要用到多种鼠标模式。 1在OpenGL Display中，按下 鼠标左键同时移动鼠标。进一 步观察有什么现象。这是鼠标 的旋转模式，通过这种模式， 你可以让这个分子绕一个与 (a) (b) 屏幕平行的轴旋转。图3(a) 图3旋转模式 2如果你按下鼠标右键，重复上一步骤，分子会绕一个与屏幕垂直的轴旋转(b)(对于Mac 用户来说，右键产生的效果与在按下nouse?菜单选项后点击命令按钮是一样的)。 3在VMD主窗口中，看一下Mouse菜单 000 WD O (图4)，这里，你可以把鼠标模式从 File Molecule Graphics Display Mouse Extensions Help Rotation更换到Translation或者Scale ID TA D F Molecule Rotate Mode r Translate Mode modes。 Scale Mode Center 4 Translation模式允许你按住鼠标左 个Quey 0 键，在屏幕上移动分子。在Translation Label 模式下，你可以通过按下鼠标中键来改 ■Move √zo0m◆ step ■Force PID 变剪切板。 Move Light ◇Add/Remove Bonds 5 在Scale模式下，你可以按住左键水 平移动鼠标来缩小或放大分子。 图4鼠标模式 需要注意的是：鼠标运动不会改变分子中的原子坐标。Webpdb. 如果网络连接可用，VMD可以从蛋白质数据库中下载pdb文件。只 要在Molecule File Browse窗口的File Name中键入四个字母的蛋白质号，再点 一下load就可以了。VMD会自动下载该pdb文件。 坐标文件。文件1UBQ.pdb与泛素的X射线衍射1.8埃分辨率侧的结果 香对应（Senadhi Vijay-Kumar, Charles E. Bugg and William J. Cook, J. Mol. Biol. (1987) 194, 531）。注意蛋白质被58个水分子包围，结果中不包含氢 原子。 1．2 显示蛋白质 为了观察蛋白质的三维结构， 我们要用到多种鼠标模式。 1 在OpenGL Display中,按下 鼠标左键同时移动鼠标。进一 步观察有什么现象。这是鼠标 的旋转模式，通过这种模式， 你可以让这个分子绕一个与 屏幕平行的轴旋转。图3（a） 2 如果你按下鼠标右键，重复上一步骤，分子会绕一个与屏幕垂直的轴旋转（b）（对于Mac 用户来说，右键产生的效果与在按下mouse菜单选项后点击命令按钮是一样的）。 3 在VMD主窗口中，看一下Mouse菜单 （图4），这里，你可以把鼠标模式从 Rotation 更换到Translation或者Scale modes。 4 Translation模式允许你按住鼠标左 键，在屏幕上移动分子。在Translation 模式下，你可以通过按下鼠标中键来改 变剪切板。 5 在Scale模式下，你可以按住左键水 平移动鼠标来缩小或放大分子。 需要注意的是：鼠标运动不会改变分子中的原子坐标。 图 3 旋转模式 图 4 鼠标模式