图13泛素最初和最后状态三维结构拟合 2.6用颜色来显示偏离值 一旦两个分子被排列在一起，你可以比较两个原子的位置。你可以用一个预写的脚本（因为 直接写比较麻烦)来完成。如果你喜欢刺激的话，那就看一下这个脚本。如果你已经对此很 熟练，写这样一个脚本就是小菜一碟了。从文件中运行一个脚本，可以用Tl源命令： source file-runs a script from a text file 1脚本在vmd-tutorial--files的文件coloring.tcl中。在VMD Tk Con窗口中应用cd命令找到这个 目录。它会改变晶体分子的ta值，反映在平衡后分子中原子的位置改变。我们输入以下命 令，运行这个脚本： source coloring.tcl 2要看到新的beta值，需设置分子crystal的Coloring Method为Beta,隐藏分子simulation(通 过双击VMD主窗口中的D实现)。 晶体分子现在依据模拟中的总改变程度上色。为了进一步的工作，我们来调整一下颜色的范 围。 3在Graphical Representations窗口中，选择Trajectory标签。在Color Scale Range标签下，你 可以设置beta值颜色范围的最大和最小值。确保晶体分子右边的显示法被选定，然后输入0 和5，单击set。这就把颜色的范围设置为0到5埃之间。 Color Scale Data Range: 0 5 Set Autoscale 图l4 Representation窗口中的颜色范围控制2．6 用颜色来显示偏离值 一旦两个分子被排列在一起，你可以比较两个原子的位置。你可以用一个预写的脚本（因为 直接写比较麻烦）来完成。如果你喜欢刺激的话，那就看一下这个脚本。如果你已经对此很 熟练，写这样一个脚本就是小菜一碟了。从文件中运行一个脚本，可以用 Tcl 源命令： source file –runs a script from a text file 1 脚本在vmd-tutorial-files的文件coloring.tcl中。在VMD Tk Con窗口中应用cd命令找到这个 目录。它会改变晶体分子的beta值，反映在平衡后分子中原子的位置改变。我们输入以下命 令，运行这个脚本： source coloring.tcl 2 要看到新的beta值，需设置分子crystal的Coloring Method为Beta， 隐藏分子simulation（通 过双击VMD主窗口中的D实现）。 晶体分子现在依据模拟中的总改变程度上色。为了进一步的工作，我们来调整一下颜色的范 围。 3 在Graphical Representations窗口中，选择Trajectory标签。在Color Scale Range标签下，你 可以设置beta值颜色范围的最大和最小值。确保晶体分子右边的显示法被选定，然后输入0 和5，单击set。这就把颜色的范围设置为0到5埃之间。 图 13 泛素最初和最后状态三维结构拟合 图 14 Representation 窗口中的颜色范围控制