2.5 Aligning Two Molecules 要正确地观察泛素在模拟中是怎么变化的，你必须首先确保两个分子在空间上尽量重合。 VM①提供了很多方便的命令可以完成这个功能。现在要给两个分子上不同的颜色以区别它 们。 1确保两个分子都处于显示状态（可以通过双击VMD主窗口中的D来实现）。 2在Graphical Representations窗口，改变晶体分子的图像显示（记得要从窗口顶部的菜单中 选择它)。把Coloring Method设为ColorID,color设为0blue,Drawing Method设为Tube. 3可以在Graphical Representations窗口最顶部的Selected Molecule菜单中选择目标分子，在不 同的分子上应用不同的显示方法。对分子simulationi选择同样的显示法(ColorID and Tube),而 把颜色设为lred。 4在Tk控制台窗口中键入下面的命令，为每个分子新建一个包括蛋白质骨架中碳的原子选 择： set atomsell [atomselect 0 "alpha"] set atomsel2 [atomselect 1 "alpha"] 这里我们选择α碳是因为它们比蛋白质松散的侧链更稳定，而且它们给出了蛋白质空间构象 方面有用的信息。 即使这两个分子非常不同（晶体结构中没有氢），你所建立的选择也包括了完全相同的原子。 VMD提供了一个命令measure fiti可以用于找出两个选择中相同原子的最佳吻合度。 measure fit atomsell atomsel2-calculates the best fit matrix 注意atomsel1和atomsel22必须具有相同数目的原子。可以用Satomsel1num命令来检查原子的 个数。 5用下面的命令可以找出能够使两个选择以最佳方式配对的转换矩阵M set M [measure fit Satomsell Satomsel2] 6通过输入命令 Scrystal move $M 你可以把刚刚得到的矩阵应用于第一个分子所有部分（即你以前定义的叫做crystal的原子 选择) 在OpenGL窗口，两个分子以a碳的位置为基础排列。注意到分子的一部分吻合得很好，但另 一些摆动的尾部和Ioop区看起来比较松散（它们在平衡中的运动性更强）。用了α螺旋后， 再用折叠重新排列分子，得到一个如图13的图像2.5 Aligning Two Molecules 要正确地观察泛素在模拟中是怎么变化的，你必须首先确保两个分子在空间上尽量重合。 VMD提供了很多方便的命令可以完成这个功能。现在要给两个分子上不同的颜色以区别它 们。 1 确保两个分子都处于显示状态（可以通过双击VMD主窗口中的D来实现）。 2 在Graphical Representations窗口，改变晶体分子的图像显示（记得要从窗口顶部的菜单中 选择它）。把Coloring Method 设为 ColorID, color 设为 0 blue，Drawing Method 设为Tube. 3 可以在Graphical Representations窗口最顶部的Selected Molecule菜单中选择目标分子，在不 同的分子上应用不同的显示方法。对分子simulation选择同样的显示法(ColorID and Tube),而 把颜色设为1 red。 4 在Tk控制台窗口中键入下面的命令，为每个分子新建一个包括蛋白质骨架中α碳的原子选 择： set atomsel1 [atomselect 0 "alpha"] set atomsel2 [atomselect 1 "alpha"] 这里我们选择α碳是因为它们比蛋白质松散的侧链更稳定，而且它们给出了蛋白质空间构象 方面有用的信息。 即使这两个分子非常不同（晶体结构中没有氢），你所建立的选择也包括了完全相同的原子。 VMD提供了一个命令measure fit可以用于找出两个选择中相同原子的最佳吻合度。 measure fit atomsel1 atomsel2 –calculates the best fit matrix 注意atomsel1和 atomsel2必须具有相同数目的原子。可以用$atomsel1 num命令来检查原子的 个数。 5 用下面的命令可以找出能够使两个选择以最佳方式配对的转换矩阵M set M [measure fit $atomsel1 $atomsel2] 6 通过输入命令 $crystal move $M 你可以把刚刚得到的矩阵应用于第一个分子所有部分（即你以前定义的叫做 crystal 的原子 选择） 在OpenGL窗口，两个分子以α碳的位置为基础排列。注意到分子的一部分吻合得很好，但另 一些摆动的尾部和loop区看起来比较松散（它们在平衡中的运动性更强）。用了α螺旋后， 再用β折叠重新排列分子，得到一个如图13的图像