图12在VMD显示模式下的泛素分子，上色的依据是残基的疏水性 疏水残基。就像你在渲染泛素分子的过程中可能注意到的那 样，疏水残基绝大部分都处于蛋白质的核心区。这在小的可 溶性蛋白质中是很典型的。当蛋白质折叠的时候，疏水残基 就有停留在界面的趋势。这样疏水基团汇集在一起，扮演着 结构上的角色。这可以帮助蛋白质正确折叠，并提高稳定性。 原子选择不止在设置原子数据方面有用，而且可以用来获取信息。如果你想得到疏水基团， 你要做的只是新建一个疏水选择，这里应该用get,而不是st。 9在你选择的疏水原子上应用get Ssel get resname 但这里有个问题。每个残基都包含了很多原子，这样导致的结果是有很多重复输入。你能想 到一个办法来克服这个问题吗？我们知道，每个氨基酸都有同样的骨架原子。如果你在每个 残基中只选择一个这样的原子，每个残基就只会在你的选择中出现一次。 l0让我们试试这种解决办法。每一个原子有且只有一个a-碳（命名CA=alpha): set sel [atomselect top "hydrophobic and alpha"] Ssel get resname 哈，成功了！ 1你也可以同时得到多种属性。试试下面的命令： Ssel get resid Ssel get (resname resid) Ssel get {x y z) 12一旦你完成了一个选择，可以很方便地用下面的命令来删除它们以节省内存开支： Ssel delete疏水残基。就像你在渲染泛素分子的过程中可能注意到的那 样，疏水残基绝大部分都处于蛋白质的核心区。这在小的可 溶性蛋白质中是很典型的。当蛋白质折叠的时候，疏水残基 就有停留在界面的趋势。这样疏水基团汇集在一起，扮演着 结构上的角色。这可以帮助蛋白质正确折叠，并提高稳定性。 原子选择不止在设置原子数据方面有用，而且可以用来获取信息。如果你想得到疏水基团， 你要做的只是新建一个疏水选择，这里应该用get，而不是set。 9 在你选择的疏水原子上应用get $sel get resname 但这里有个问题。每个残基都包含了很多原子，这样导致的结果是有很多重复输入。你能想 到一个办法来克服这个问题吗？我们知道，每个氨基酸都有同样的骨架原子。如果你在每个 残基中只选择一个这样的原子，每个残基就只会在你的选择中出现一次。 10 让我们试试这种解决办法。每一个原子有且只有一个α-碳(命名CA = alpha): set sel [atomselect top "hydrophobic and alpha"] $sel get resname 哈，成功了！ 11 你也可以同时得到多种属性。试试下面的命令： $sel get resid $sel get {resname resid} $sel get {x y z} 12 一旦你完成了一个选择，可以很方便地用下面的命令来删除它们以节省内存开支： $sel delete 图 12 在 VMD 显示模式下的泛素分子，上色的依据是残基的疏水性