复发分析的总体方法都是参照第一组测序的病例(UPN933124)。总共有1到 3层的413个变异样本被测定，其中78个变异有复发特异性，5个变异点有原发 肿瘤特异性，其余330个位于原发肿瘤和复发样本之间。 所有患者都接受了阿糖胞苷和蒽环霉素的诱导治疗，并且辅助以细胞毒素 的化疗进行巩固，所有的治疗过程都可参见补充表格2以及补充信息。为了研究 治疗方法对于复发性变异类型的可能影响，我们将八位患者原发肿瘤细胞中六个 阶段的转移性或转换性变异同复发特异性变异进行了比对。 我们首先利用深度测序精确定义了病例933124急性髓性白血病基因组变 异种多变的等位基因频率，在这里我们细化并扩展了这项技术，应用于对于复发 时克隆演变的测定。对于八例原发性急性髓性白血病以及其复发对照组的分析， 清晰地展现出肿瘤亚群基本的生发状况：在所有的病例的原发性肿瘤样本中都发 现了代表原始克隆体的主导变异簇。关于白血病原发细胞与原始克隆体之间的关 系还不清晰，要建立两者之间的联系还要进行克隆体群的纯化以及功能测定。在 一半的病例中，我们观察到了原发性肿瘤亚克隆体的减少，这可能暗示着一些亚 克隆体的确因为治疗而消除。在复发时积累的一些变异可能改变急性髓性白血病 细胞的生长特性，或者导致对于附加化学疗法的抗性。不论如何，每个病例中的 肿瘤细胞在复发时都表现出了明确的克隆演变特性，以及可能由化疗引发的DNA 受损导致的较高的基因交换频率。尽管化疗被应用于急性髓性白血病病人的初始 治疗，但是我们的数据仍然说明了一个极大的可能：化疗可能在原始克隆体或者 它的亚克隆体上产生新的变异，而这样的变异经过选择以及克隆扩增后将导致疾 病的复发。这些数据说明，需要有一个标准来鉴别出导致急性髓性白血病的变异， 这样才可以研发出一些具有针对性的治疗手段，来避免细胞毒素类药物的应用， 因为这类药物本身就可能是诱导有机体突变的物质。 创新点： 1.照排胶片配对端读取运用BWA0.5.5被排列到NCB|build36 2.利用Somatic Sniper以及修订版本的SAMtools插入缺失标记调用方 识别基因突变 3.利用BreakDancer识别结构变化 4.所有预期的非重复的突变的标准正态变量，插入缺失标记以及所有的结 构变异都包含在来自Roche Nimblegen的自定义序列捕获阵列中 5.23100-bp照排胶片配对端读取在从捕获阵列中洗脱被生成 6.VarScan和一种利用Crossmatch(P.Green,unpublished data)和 BWA的读取重新映射策略被运用于确定预期的标准正态变量，插入缺失 标记以及所有的结构变异的验证状态 7.Supplementary Information中提供了有关于原料和方法的完整描述 8.所有来自八个病例的急性髓性白血病肿瘤样本的测序变体都呈递给了 dbGaP复发分析的总体方法都是参照第一组测序的病例(UPN933124)。总共有 1 到 3 层的 413 个变异样本被测定，其中 78 个变异有复发特异性，5 个变异点有原发 肿瘤特异性，其余 330 个位于原发肿瘤和复发样本之间。 所有患者都接受了阿糖胞苷和蒽环霉素的诱导治疗，并且辅助以细胞毒素 的化疗进行巩固，所有的治疗过程都可参见补充表格 2 以及补充信息。为了研究 治疗方法对于复发性变异类型的可能影响，我们将八位患者原发肿瘤细胞中六个 阶段的转移性或转换性变异同复发特异性变异进行了比对。 我们首先利用深度测序精确定义了病例 933124 急性髓性白血病基因组变 异种多变的等位基因频率，在这里我们细化并扩展了这项技术，应用于对于复发 时克隆演变的测定。对于八例原发性急性髓性白血病以及其复发对照组的分析， 清晰地展现出肿瘤亚群基本的生发状况；在所有的病例的原发性肿瘤样本中都发 现了代表原始克隆体的主导变异簇。关于白血病原发细胞与原始克隆体之间的关 系还不清晰，要建立两者之间的联系还要进行克隆体群的纯化以及功能测定。在 一半的病例中，我们观察到了原发性肿瘤亚克隆体的减少，这可能暗示着一些亚 克隆体的确因为治疗而消除。在复发时积累的一些变异可能改变急性髓性白血病 细胞的生长特性，或者导致对于附加化学疗法的抗性。不论如何，每个病例中的 肿瘤细胞在复发时都表现出了明确的克隆演变特性，以及可能由化疗引发的 DNA 受损导致的较高的基因交换频率。尽管化疗被应用于急性髓性白血病病人的初始 治疗，但是我们的数据仍然说明了一个极大的可能：化疗可能在原始克隆体或者 它的亚克隆体上产生新的变异，而这样的变异经过选择以及克隆扩增后将导致疾 病的复发。这些数据说明，需要有一个标准来鉴别出导致急性髓性白血病的变异， 这样才可以研发出一些具有针对性的治疗手段，来避免细胞毒素类药物的应用， 因为这类药物本身就可能是诱导有机体突变的物质。 创新点： 1. 照排胶片配对端读取运用 BWA 0.5.5 被排列到 NCBI build36 2. 利用 Somatic Sniper 以及修订版本的 SAMtools 插入缺失标记调用方 识别基因突变 3. 利用 BreakDancer 识别结构变化 4. 所有预期的非重复的突变的标准正态变量，插入缺失标记以及所有的结 构变异都包含在来自 Roche Nimblegen 的自定义序列捕获阵列中 5. 23100-bp 照排胶片配对端读取在从捕获阵列中洗脱被生成 6. VarScan 和一种利用 Crossmatch (P. Green, unpublished data) 和 BWA 的读取重新映射策略被运用于确定预期的标准正态变量，插入缺失 标记以及所有的结构变异的验证状态 7. Supplementary Information 中提供了有关于原料和方法的完整描述 8. 所有来自八个病例的急性髓性白血病肿瘤样本的测序变体都呈递给了 dbGaP