1.7 Sequence Viewer Extension (a) 当第一次处理一个蛋白质分子的 时候，快速找出和显示不同的氨基 000 VMD Sequence 1UBO (mol 0) 0 酸是非常有用的。Sequence File Help 23 ILE Viewer Extension可以让你很容易 24 GLU 25 ASN K 地选出和显示氨基酸残基。 26 VAL X 27 LYS b Close Window 28 ALA 29 LYS X 1选择Extensions一Analysis- 30 ILE X 31 GLN 一Sequence Viewer菜单项，一个 ASP (e) 33 LYS x 包含氨基酸（图9e)和它们属性的 34 GLU X 列表(b)和(c)的窗口（图9a) Molecule:0 6 ILE 37 PRO X 会出现在屏幕上。 38PR0 Z00m 39 ASP 0.01 41 OLN 2用鼠标点击列表中不同的氨基 42 ARG X 0.51 43 LEU X 酸残基（ε），观察它们是如何被 44 ILE 1.011.00 45PH匝X 标记为高亮的。另外，高亮的残基 46 ALA X 1.51 47 GLY X 还会在DpenGL Display窗口中以 48Ls8 2.01 49 OLN X 黄色bond drawing方式显示，因此 50 LEU X fit all 51 GLU X 你可以很容易地观察它们。用鼠标 ASP every residue 53 GLY 右键可以解除选择。 54 ARG X LEU 1-letter code SER 3用Zoom滑块控制窗口(f),使 58 ASP 其能够显示所有残基。这在大的蛋 60 61 ILE 白质分子中比较有用。 62 GLN X 63LYs室 B value 4按住shif键时同时按下鼠标，就 150 可以同时选择多个残基。看一下图 中显示的残基48.63,11 和29(e)。 图9 sequence窗口 5观察Graphical Representations窗口，用SequenceViewer Extension,你应该能发现一种新的 显示所选残基的方法。就像你以前做过的那样，你可以修改、隐藏、或者删除这种显示方法。 赖氨酸的相关性。多个泛素链可以被C和N末端肽键连接，也可以通 过ys48,63,11或者29连接（就是你在sequence窗口中选择的）不 同连接形成的链有着与功能相关的不同的属性。 关于残基的信息用柱状彩色标记表示，它们是从STRIDE中得到的。B-value表示的是温度因1．7 Sequence Viewer Extension 当第一次处理一个蛋白质分子的 时候，快速找出和显示不同的氨基 酸是非常有用的。Sequence Viewer Extension可以让你很容易 地选出和显示氨基酸残基。 1 选择Extensions ——Analysis— — Sequence Viewer菜单项，一个 包含氨基酸（图9e）和它们属性的 列表（b）和（c）的窗口（图9 a） 会出现在屏幕上。 2 用鼠标点击列表中不同的氨基 酸残基（e），观察它们是如何被 标记为高亮的。另外，高亮的残基 还会在OpenGL Display窗口中以 黄色bond drawing方式显示，因此 你可以很容易地观察它们。用鼠标 右键可以解除选择。 3 用Zoom滑块控制窗口（f），使 其能够显示所有残基。这在大的蛋 白质分子中比较有用。 4 按住shift键时同时按下鼠标，就 可以同时选择多个残基。看一下图 中显示的残基48, 63, 11 和29 (e)。. 5 观察Graphical Representations窗口，用SequenceViewer Extension，你应该能发现一种新的 显示所选残基的方法。就像你以前做过的那样，你可以修改、隐藏、或者删除这种显示方法。 赖氨酸的相关性。多个泛素链可以被C和N末端肽键连接，也可以通 过lys48，63，11或者29连接（就是你在sequence窗口中选择的）不 同连接形成的链有着与功能相关的不同的属性。 关于残基的信息用柱状彩色标记表示，它们是从STRIDE中得到的。B-value表示的是温度因 图 9 sequence 窗口