4注意到，窗口最顶端的菜单上显示：1：ubiquitin..psf这保证了载入的下一个文件会增加到 那个分子(molecule ID 1)。因为你在用PSF文件合并数据，所以你不需要把菜单切换到New Molecule。现在，在vmd-tutorial--files中找到文件ubiquitin-equilibrated.coor,单击Load ，这就可以导入新的坐标，并把新坐标与先前载入的结构信息合并。 你现在可以看到两个有层次的没有相互重叠的分子，一个是原始的晶体泛素结构，另外一 个是一个由水盒包围的分子。， 2.2主窗口的应用 现在需要为你的分子命名，这样就可以区别它们。 1在Main窗口的分子列表中双击第一个分子的名字，Rename Molecule对话框弹出。键入 crystal。.以同样的操作为第二个分子命名为simulation。 这时，Main窗口如图10。在分子的名字之前，有四个字母，你可以用它们来实现一些操作。 OVMD Main 000 File Molecule Graphics Display Mouse Extensions Help ID T A D F Molecule Atoms Frames Vol A crystal FF0 T A D F simulation 26190 0 回 1zoom Loop step 1 speed 图10初始和最后坐标导入两个分子的主窗口显示 F的意义是“Fixd”,意思是当你移动屏幕时，分子不会随之移动。当F显示黑色时，分子 是固定的：当显示灰色时，分子可以自由移动。 2在主窗口，双击分子名左边的F,当一个分子被固定时，试着用鼠标调动屏幕。然后试一 试两个分子都被固定时的情况。 3完成操作后，把两个分子都解固定，选择Display-一Reset View,让其显示两个分子之间 原来的相对位置。 4然后，双击一个分子的D,D表示的是“Display”。当D灰化的时候，分子是隐藏的。你 可以通过双击D来显示或者隐藏分子。 5当操作完时，确保只有晶体结构分子显示，两个分子都未固定。4 注意到,窗口最顶端的菜单上显示：1: ubiquitin.psf. 这保证了载入的下一个文件会增加到 那个分子(molecule ID 1)。因为你在用PSF文件合并数据，所以你不需要把菜单切换到New Molecule。现在，在vmd-tutorial-files中找到文件ubiquitin-equilibrated.coor，单击Load ，这就可以导入新的坐标，并把新坐标与先前载入的结构信息合并。 你现在可以看到两个有层次的没有相互重叠的分子，一个是原始的晶体泛素结构，另外一 个是一个由水盒包围的分子。， 2．2 主窗口的应用 现在需要为你的分子命名，这样就可以区别它们。 1 在Main窗口的分子列表中双击第一个分子的名字，Rename Molecule对话框弹出。键入 crystal。以同样的操作为第二个分子命名为simulation。 这时，Main窗口如图10。在分子的名字之前，有四个字母，你可以用它们来实现一些操作。 F的意义是“Fixed”，意思是当你移动屏幕时，分子不会随之移动。当F显示黑色时，分子 是固定的；当显示灰色时，分子可以自由移动。 2 在主窗口，双击分子名左边的F，当一个分子被固定时，试着用鼠标调动屏幕。然后试一 试两个分子都被固定时的情况。 3 完成操作后，把两个分子都解固定，选择Display——Reset View，让其显示两个分子之间 原来的相对位置。 4 然后，双击一个分子的D，D表示的是“Display”。当D灰化的时候，分子是隐藏的。你 可以通过双击D来显示或者隐藏分子。 5 当操作完时，确保只有晶体结构分子显示，两个分子都未固定。 图 10 初始和最后坐标导入两个分子的主窗口显示