尽管一级数据库,如 Entrez和GDB是已发表的图谱的重要来源,但是它们还没有能替代 原始数据的东西。有能力制作自己的物理图谱的实验室一般都有自己的网址,连向它们的图 谱数据库。通过从这一渠道直接获取资料,我们可以看到制图实验室所使用的图的形式、下 载原始数据、并且了解实验室制图时的协议。另外,一些图在出现于 Entrez和GDB前经 常被丢掉。 Entrez和GDB数据库选择的表达方式,对那些希望将新的标记物定位于已知 物理图谱上的研究者来说,只提供了最小的帮 基因组的基因图谱 基因图谱是制作许多物理图谱时工作的基本骨架,也是许多制图项目的起点。有两种基 因组范围的基因图谱可供选择。 Genethon图含5264个多样性微卫星重复片断,间隔 1.6cM。完整的数据库文件,以及图谱的 PostScript方式图形表示,在 Genethon的FTP 站点上均可获得,这些图通过GDB也可以获得。 第二大基因图谱由人类连锁合作中心( Cooperative Human Linkage Center)制造,CHLC 图由10775个标记物组成,大多数为微卫星重复片断,间隔3.7cM。 人类基因组的转录物图 在1996年10月, Horno sapiens的一个全基因组转录物图由一个国际合作的研究实 验室发表于 Science上。这个图由~15000个不同的表达序列组成,由放射性杂交法定位 与 Genet hon基因图谱衍生的框架相近。通过对酵母人工染色体作STS含量法又增添了1000 个表达序列。在这张图中,大约1/5的标记物有已知的或是假定的功能,而余下的代表了未 知功能的表达序列。制成图的序列一般由 UniGeneset衍生而来,它是一个由NCBI管理的公 用重复ESTs数据库。 转录物图是通过将八家不同实验室的图谱数据综合而得到的。为协调制图方法的些微不 同,表达序列被放在由 Genethon基因图谱衍生的框架上。结果,该图的最大分辨率为~ 2cM。很多情况下,可以从各个实验室的数据库里得到针对某一部分数据更好的制图信息, 特别是 the Whitehead Institute和 Stanford University的。 浏览NCBI转录物图 转录物图可在两个网址上得到。数据的“亲本”站点为NCBI。在那儿可以找到含有全 基因组转录物图的 Science文章的全文,以及彩色的图象,但一般都只有装饰性的墙面图 案。另外,也有搜索页可以让浏览者对特别感兴趣的基因进行査询,或是通过对功能未知, 但其读码框与某已知功能的蛋白质相近的表达序列图谱进行搜索 NCBI网址的一个限制就是它不能在低分辨率标记物分布柱形图上提供转录物图的图形。但 是通过 Mapview微程序就可以得到其图形显示。从GDB的首页,沿着 What s new的链接, 可找到全基因组转录物图(到本书出版时链接形式可能已有所不同)。同样,可以认为转录 物图也是 Entrez网将要制作的一部分 White head Institute提供的人类物理图谱尽管一级数据库，如 Entrez 和 GDB 是已发表的图谱的重要来源，但是它们还没有能替代 原始数据的东西。有能力制作自己的物理图谱的实验室一般都有自己的网址，连向它们的图 谱数据库。通过从这一渠道直接获取资料，我们可以看到制图实验室所使用的图的形式、下 载原始数据、并且了解实验室制图时的协议。另外，一些图在出现于 Entrez 和 GDB 前经 常被丢掉。 Entrez 和 GDB 数据库选择的表达方式，对那些希望将新的标记物定位于已知 物理图谱上的研究者来说，只提供了最小的帮助。 基因组的基因图谱 基因图谱是制作许多物理图谱时工作的基本骨架，也是许多制图项目的起点。有两种基 因组范围的基因图谱可供选择。 Genethon 图含 5264 个多样性微卫星重复片断，间隔 1.6cM 。完整的数据库文件，以及图谱的 PostScript 方式图形表示，在 Genethon 的 FTP 站点上均可获得，这些图通过 GDB 也可以获得。 第二大基因图谱由人类连锁合作中心（ Cooperative Human Linkage Center ）制造， CHLC 图由 10775 个标记物组成，大多数为微卫星重复片断，间隔 3.7cM 。 人类基因组的转录物图 在 1996 年 10 月， Horno sapiens 的一个全基因组转录物图由一个国际合作的研究实 验室发表于 Science 上。这个图由～15000 个不同的表达序列组成，由放射性杂交法定位， 与 Genethon 基因图谱衍生的框架相近。通过对酵母人工染色体作 STS 含量法又增添了 1000 个表达序列。在这张图中，大约 1/5 的标记物有已知的或是假定的功能，而余下的代表了未 知功能的表达序列。制成图的序列一般由 UniGeneset 衍生而来，它是一个由 NCBI 管理的公 用重复 ESTs 数据库。 转录物图是通过将八家不同实验室的图谱数据综合而得到的。为协调制图方法的些微不 同，表达序列被放在由 Genethon 基因图谱衍生的框架上。结果，该图的最大分辨率为～ 2cM 。很多情况下，可以从各个实验室的数据库里得到针对某一部分数据更好的制图信息， 特别是 the Whitehead Institute 和 Stanford University 的。 浏览 NCBI 转录物图 转录物图可在两个网址上得到。数据的“亲本”站点为 NCBI。在那儿可以找到含有全 基因组转录物图的 Science 文章的全文， 以及彩色的图象，但一般都只有装饰性的墙面图 案。另外，也有搜索页可以让浏览者对特别感兴趣的基因进行查询，或是通过对功能未知， 但其读码框与某已知功能的蛋白质相近的表达序列图谱进行搜索。 NCBI 网址的一个限制就是它不能在低分辨率标记物分布柱形图上提供转录物图的图形。但 是通过 Mapview 微程序就可以得到其图形显示。从 GDB 的首页，沿着 What s New 的链接， 可找到全基因组转录物图（到本书出版时链接形式可能已有所不同）。同样，可以认为转录 物图也是 Entrez 网将要制作的一部分。 White head Institute 提供的人类物理图谱